Life Sciences; Natural Sciences and Engineering; Environment and Sustainable Development
Jesse Shapiro
Évolution des populations microbiennes en temps réel
- Professeur associé
-
Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques
Profile
Research expertise
La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:
- les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
- l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
- les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
- l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.
education
- 2003 — BSc — Biologie et autres sciences connexes — Université McGill
- 2004 — MSc — Biologie et autres sciences connexes — Université Oxford
- 2010 — PhD — Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique — Massachusetts Institute of Technology
- 2012 — Postdoc — Biologie et autres sciences connexes — Université Harvard
For more information…
- 24-08-2015 Les origines du virus de Lassa sont enfin connues
- 08-12-2016 L’UdeM reçoit 12,3 M$ pour étudier les algues bleu-vert de nos lacs
- 11-01-2017 Rencontre avec la «dame caca» du Canada
- 22-02-2017 Deux nouvelles options en sciences biologiques
- 30-03-2017 Catherine Girard présentera sa thèse en 180 secondes à la finale provinciale
- 04-05-2018 L’UdeM obtient huit nouvelles chaires de recherche du Canada et quatre renouvellements
- 19-08-2019 These Companies Are Selling Custom Diets—But Do They Work?
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Teaching and supervision
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
2023
Eco-evolutionary dynamics of microbial communities in disturbed freshwater ecosystems
Graduate : Barbosa da Costa, Naíla
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2022
Hunting for causal variants in microbial genomes
Graduate : Chen, Peter
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2021
Évolution intra-hôte de Vibrio cholerae et interactions avec le microbiome intestinal
Graduate : Levade, Inès
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2021
L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines
Graduate : N'Guessan, Arnaud
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2018
Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain
Graduate : Girard, Catherine
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2017
Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite
Graduate : Dubois, Geneviève
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
2019
- 2025
The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2019
- 2025
The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte
2017
- 2025
Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL)
Co-researchers :
Pierre Legendre
,
Bernadette Pinel-Alloul
,
Daniel Boisclair
,
Bernard Angers
,
Sébastien Sauvé
,
Marc Amyot
,
Jacques Brisson
,
Roxane Maranger
,
Christopher B. Cameron
,
Jesse Shapiro
,
Jan Franssen
,
Sophie Breton
,
Irene Gregory-Eaves
,
Pierre Magnan
,
Normand Bergeron
,
Andrea Bertolo
,
Anthony Ricciardi
,
Elena Bennett
,
P. Biron
,
Dylan Fraser
,
David Walsh
,
Yannick Huot
,
Jay Lacey
,
Gilbert Cabana
,
Hélène Glémet
,
Stéphane Campeau
,
Raphaël Proulx
,
Milla Rautio
,
Marco A. Rodriguez
,
Isabelle Laurion
,
Karem Chokmani
,
Claude Lavoie
,
Monique Poulin
,
Dolorès Planas
,
Paul Del Giorgio
,
Béatrix Beisner
,
David Bird
,
Yves Prairie
,
Alison Derry
,
Philippe Juneau
,
Andrew P. Hendry
,
Gregor Fussman
,
Elena Melania Cristescu
,
All Arkamose Assani
,
Maikel Rosabal Rodriguez
,
Jérôme Comte
,
Cassandre Lazar
,
Lars Lonsmann Iversen
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018
- 2023
Microbial Evolutionary Genomics
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2015
- 2023
CALCUL QUEBEC
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
,
Anne Bruneau
,
Damian Labuda
,
Georges Michaud
,
Rémy Sauvé
,
Michel Côté
,
Jacques Drouin
,
Normand Mousseau
,
François Schiettekatte
,
Daniel Sinnett
,
Mohamed Hijri
,
Jesse Shapiro
,
Mark E. Samuels
,
Pierre-Louis Bellec
,
Armand Soldera
,
David Sénéchal
,
Nikolas Provatas
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Nicolas Moitessier
,
Stefan Sinclair
,
Georges Dionne
,
Erica Moodie
,
Victoria Kaspi
,
Lorne Archie Nelson
,
Jackalyn Marie Vogel
,
Alan C Evans
,
Brigitte Jaumard
,
Russell Davidson
,
Martin Aube
,
Ali Dolatabadi
,
Pierre Proulx
,
François Vidal
,
Claude Legault
,
Hong Guo
,
Alain Rochefort
,
André-Marie Tremblay
,
Alexandre Blais
,
Sivakumaran Nadarajah
,
François Bertrand
,
Frédéric Sirois
,
G. Peslherbe
,
Marius Paraschivoiu
,
André Dieter Bandrauk
,
Noureddine Atalla
,
Adam Skorek
,
Hugo Larochelle
,
Guillaume Bourque
,
W Robert J Funnell
,
Sang Yong Jeon
,
Guy Moore
,
Jacek A. Majewski
,
Andrew Piper
,
Luc Mongeau
,
Daniel Joseph Kirshbaum
,
Jun Song
,
Jean-Yves Trépanier
,
François Guibault
,
Éric Laurendeau
,
Wagdi Habashi
,
Thomas Fevens
,
Kalifa Goïta
,
Stéphane Moreau
,
Patrizio Antici
,
Dany Dumont
,
Jannette Frandsen
,
Gabriel Crainic
,
Marc Parizeau
,
Leandro Coelho
,
Hugo Martel
,
Laxmi Sushama
,
Guy Dumas
,
Christian Gagné
,
Pierre Gauthier
,
Louis Jean Dubé
,
Louis Pérusse
,
Alain De Champlain
,
Daniel Reinharz
,
Arnaud Droit
,
Frédéric Maps
,
Abdelkader Baggag
,
René Laprise
,
Simon Guillotte
,
Marie-Jean Meurs
,
Rober Platt
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2016
- 2022
ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics
Lead researcher :
Sébastien Sauvé
Co-researchers :
Hélène Trudeau
,
Peter Dietsch
,
Roxane Maranger
,
Jesse Shapiro
,
Hugo Tremblay
,
Nicolas Tromas
,
Justin Leroux
,
Benoit Barbeau
,
Jerome Dupras
,
Michèle Prévost
,
Charles Will Greer
,
Sarah Dorner
,
Sophie Bernard
,
Satinder Kaur Brar
,
Maximiliano Cledon
,
Paul Lanoie
,
Thomas Poder
Funding sources:
Génome Canada
,
Génome Québec
,
Génome Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
,
,
PVXXXXXX-Programme d'aide lié à la COVID-19
2016
- 2022
ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics.
Lead researcher :
Sébastien Sauvé
Co-researchers :
Hélène Trudeau
,
Peter Dietsch
,
Roxane Maranger
,
Jesse Shapiro
,
Hugo Tremblay
,
Nicolas Tromas
,
Justin Leroux
,
Benoit Barbeau
,
Jerome Dupras
,
Michèle Prévost
,
Charles Will Greer
,
Sarah Dorner
,
Sophie Bernard
,
Thomas Poder
,
Satinder Kaur Brar
,
Maximiliano Cledon
,
Paul Lanoie
Funding sources:
Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Grant programs:
2014
- 2022
GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2020
- 2021
Supplément COVID-19 CRSNG_The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19
2018
- 2021
Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales.
Lead researcher :
Sébastien Sauvé
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2018
- 2021
Nutrient analyzer for an aquatic research platform
Lead researcher :
Roxane Maranger
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (de 7 001 $ à 150 000 $)
2018
- 2021
Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Co-researchers :
Leonid Chindelevitch
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
2018
- 2021
Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU
Lead researcher :
Leonid Chindelevitch
Co-researchers :
Jesse Shapiro
Funding sources:
Génome Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2017
- 2021
Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing
Lead researcher :
David Guttman
Co-researchers :
Jesse Shapiro
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)
2016
- 2021
A toolkit for genome-wide association studies in bacteria
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Co-researchers :
Luis Barreiro
Funding sources:
Génome Canada
,
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
,
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2013
- 2021
EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2017
- 2020
La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises
Lead researcher :
Steven Kembel
Co-researchers :
Jesse Shapiro
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2016
- 2019
Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection
Lead researcher :
Sarah Dorner
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
2015
- 2018
Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms
Funding sources:
Commission européenne (La)
Grant programs:
2015
- 2018
Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale
2014
- 2018
LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2013
- 2018
CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2013
- 2016
LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS
Lead researcher :
Jesse Shapiro
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2015
Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention)
Lead researcher :
Sébastien Sauvé
Co-researchers :
Jesse Shapiro
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
Outreach
Publications and presentations
Disciplines
- Biology and Related Sciences
- Genomics
- Virology
- Microbiology
- Water and Environment
Areas of expertise
- Water quality
- Cyanobacteria
- Ecological networks
- Bacteria
- Microbial ecology
- Soil microbiology
- Molecular biology
- Biological control
- Genomics
- Soil metagenomics
- COVID-19
- COVID19