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Life Sciences; Natural Sciences and Engineering; Environment and Sustainable Development

Jesse Shapiro

Évolution des populations microbiennes en temps réel

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

jesse.shapiro@umontreal.ca

Profile

Research expertise

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

  1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
  2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
  3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
  4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.

education

  • 2003 — BSc — Biologie et autres sciences connexesUniversité McGill
  • 2004 — MSc — Biologie et autres sciences connexesUniversité Oxford
  • 2010 — PhD — Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatiqueMassachusetts Institute of Technology
  • 2012 — Postdoc — Biologie et autres sciences connexesUniversité Harvard

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2022

Hunting for causal variants in microbial genomes

Graduate : Chen, Peter
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2021

Évolution intra-hôte de Vibrio cholerae et interactions avec le microbiome intestinal

Graduate : Levade, Inès
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2021

L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines

Graduate : N'Guessan, Arnaud
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2017

Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite

Graduate : Dubois, Geneviève
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Projects

Research projects

2019 - 2025

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2019 - 2025

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte
2017 - 2025

Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL)

Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018 - 2023

Microbial Evolutionary Genomics

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2015 - 2023

CALCUL QUEBEC

Co-researchers : Laurent J. Lewis , Anne Bruneau , Damian Labuda , Georges Michaud , Rémy Sauvé , Michel Côté , Jacques Drouin , Normand Mousseau , François Schiettekatte , Daniel Sinnett , Mohamed Hijri , Jesse Shapiro , Mark E. Samuels , Pierre-Louis Bellec , Armand Soldera , David Sénéchal , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Nicolas Moitessier , Stefan Sinclair , Georges Dionne , Erica Moodie , Victoria Kaspi , Lorne Archie Nelson , Jackalyn Marie Vogel , Alan C Evans , Brigitte Jaumard , Russell Davidson , Martin Aube , Ali Dolatabadi , Pierre Proulx , François Vidal , Claude Legault , Hong Guo , Alain Rochefort , André-Marie Tremblay , Alexandre Blais , Sivakumaran Nadarajah , François Bertrand , Frédéric Sirois , G. Peslherbe , Marius Paraschivoiu , André Dieter Bandrauk , Noureddine Atalla , Adam Skorek , R Platt , Hugo Larochelle , Guillaume Bourque , W Robert J Funnell , Sang Yong Jeon , Guy Moore , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , Éric Laurendeau , Wagdi Habashi , Thomas Fevens , Kalifa Goïta , Stéphane Moreau , Patrizio Antici , Dany Dumont , Jannette Frandsen , Gabriel Crainic , Marc Parizeau , Leandro Coelho , Hugo Martel , Laxmi Sushama , Guy Dumas , Christian Gagné , Pierre Gauthier , Louis Jean Dubé , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Arnaud Droit , Frédéric Maps , Abdelkader Baggag , René Laprise , Simon Guillotte , Marie-Jean Meurs
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2016 - 2022

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Funding sources: Génome Canada , Génome Québec , Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , , PVXXXXXX-Programme d'aide lié à la COVID-19
2016 - 2022

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics.

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Funding sources: Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Grant programs:
2014 - 2022

GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2020 - 2021

Supplément COVID-19 CRSNG_The origins of bacterial species and pangenomes in the wild

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19
2018 - 2021

Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales.

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro , Jerome Dupras , Fernando Martínez-Jerónimo
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2018 - 2021

Nutrient analyzer for an aquatic research platform

Lead researcher : Roxane Maranger
Co-researchers : Marc Amyot , Jesse Shapiro , Jean-François Lapierre
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2018 - 2021

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Leonid Chindelevitch
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2018 - 2021

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU

Lead researcher : Leonid Chindelevitch
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2017 - 2021

Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing

Lead researcher : David Guttman
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)
2016 - 2021

A toolkit for genome-wide association studies in bacteria

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Luis Barreiro
Funding sources: Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2013 - 2021

EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2017 - 2020

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises

Lead researcher : Steven Kembel
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2016 - 2019

Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection

Lead researcher : Sarah Dorner
Co-researchers : Sébastien Sauvé , Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
2015 - 2018

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms

Co-researchers : Jesse Shapiro , Nicolas Tromas
Funding sources: Commission européenne (La)
Grant programs:
2015 - 2018

Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale
2014 - 2018

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2013 - 2018

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2013 - 2016

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2015

Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention)

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:

Outreach

Publications and presentations

Disciplines

  • Biology and Related Sciences
  • Genomics
  • Virology
  • Microbiology
  • Water and Environment

Areas of expertise

  • Water quality
  • Cyanobacteria
  • Ecological networks
  • Bacteria
  • Microbial ecology
  • Soil microbiology
  • Molecular biology
  • Biological control
  • Genomics
  • Soil metagenomics
  • COVID-19
  • COVID19