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Life Sciences; Natural Sciences and Engineering; Environment and Sustainable Development

Jesse Shapiro

Évolution des populations microbiennes en temps réel

Professeur agrégé

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

Marie-Victorin, room F-208-6

jesse.shapiro@umontreal.ca

Secondary number: 514 343-6033 (Travail 1)

Profile

Research expertise

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

  1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
  2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
  3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
  4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.

education

  • 2003 — BSc — Biologie et autres sciences connexesUniversité McGill
  • 2004 — MSc — Biologie et autres sciences connexesUniversité Oxford
  • 2010 — PhD — Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatiqueMassachusetts Institute of Technology
  • 2012 — Postdoc — Biologie et autres sciences connexesUniversité Harvard

Projects

Research projects

2019 - 2025

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2019 - 2025

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte
2017 - 2024

Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL)

Lead researcher : Beatrix Beisner
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018 - 2023

Microbial Evolutionary Genomics

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2015 - 2022

CALCUL QUEBEC

Lead researcher : Paul Charbonneau , Timothée Poisot
Co-researchers : Jesse Shapiro , Mohamed Hijri , Daniel Sinnett , Mark E. Samuels , Laurent J. Lewis , Normand Mousseau , Anne Bruneau , Georges Michaud , François Schiettekatte , Rémy Sauvé , Michel Côté , Pierre-Louis Bellec , Damian Labuda , Jacques Drouin , Louis Jean Dubé , Guy Dumas , Marc Parizeau , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Hugo Martel , Christian Gagné , Arnaud Droit , Frédéric Maps , R Platt , Alan C Evans , W Robert J Funnell , Hong Guo , Victoria Kaspi , Sang Yong Jeon , Nikolas Provatas , Russell Davidson , Jackalyn Marie Vogel , Nicolas Moitessier , Guy Moore , Sivakumaran Nadarajah , Abdelkader Baggag , Erica Moodie , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Guillaume Bourque , Stefan Sinclair , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Brigitte Jaumard , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , François Bertrand , Alain Rochefort , Frédéric Sirois , Éric Laurendeau , Georges Dionne , Wagdi Habashi , G. Peslherbe , Thomas Fevens , Marius Paraschivoiu , Ali Dolatabadi , André Dieter Bandrauk , André-Marie Tremblay , Pierre Proulx , Noureddine Atalla , David Sénéchal , Armand Soldera , Kalifa Goïta , Alexandre Blais , Claude Legault , Stéphane Moreau , Hugo Larochelle , Pierre-Étienne Jacques , Gabriel Crainic , René Laprise , Pierre Gauthier , Laxmi Sushama , Simon Guillotte , Adam Skorek , Patrizio Antici , Dany Dumont , François Vidal , Jannette Frandsen , Lorne Archie Nelson , Martin Aube , Leandro Coelho
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018 - 2021

Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales.

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro , Jerome Dupras , Fernando Martínez-Jerónimo
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2018 - 2021

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU

Lead researcher : Leonid Chindelevitch
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2018 - 2021

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Leonid Chindelevitch
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2017 - 2021

Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing

Lead researcher : David Guttman
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)
2014 - 2021

GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2018 - 2020

Nutrient analyzer for an aquatic research platform

Lead researcher : Roxane Maranger
Co-researchers : Jesse Shapiro , Jean-François Lapierre , Marc Amyot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2017 - 2020

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Steven Kembel
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2017 - 2020

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises

Lead researcher : Steven Kembel
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2016 - 2020

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics.

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Funding sources: Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Grant programs:
2016 - 2020

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Funding sources: Génome Canada , Génome Québec
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. ,
2013 - 2020

EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2016 - 2019

Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection

Lead researcher : Sarah Dorner
Co-researchers : Jesse Shapiro , Sébastien Sauvé
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
2016 - 2019

A toolkit for genome-wide association studies in bacteria

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Luis Barreiro
Funding sources: Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2015 - 2018

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms

Co-researchers : Jesse Shapiro , Nicolas Tromas
Funding sources: Commission européenne (La)
Grant programs:
2015 - 2018

Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale
2014 - 2018

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2013 - 2018

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2015 - 2017

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Nicolas Tromas
Funding sources: Commission européenne (La)
Grant programs:
2013 - 2016

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2015

Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention)

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:

Outreach

Publications and presentations

Disciplines

  • Biology and Related Sciences
  • Genomics
  • Virology
  • Microbiology
  • Water and Environment

Areas of expertise

  • Water quality
  • Cyanobacteria
  • Ecological networks
  • Bacteria
  • Microbial ecology
  • Soil microbiology
  • Molecular biology
  • Biological control
  • Genomics
  • Soil metagenomics