Marc St-Arnaud
Biodiversité et écologie microbienne du sol
- Professeur associé
-
Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques
Institut de recherche en biologie végétale, local C316
Portrait
Expertise de recherche
Les communautés microbiennes du sol sont extrèmement diversifiées et formées de milliers d’espèces habitant un seul gramme de sol. Beaucoup de ces microorganismes interagissent avec les plantes et peuvent favoriser l’assimilation des nutriments, réduire les dégats causés par les organismes pathogènes ou protéger les plantes contre des substances toxiques. Mon programme de recherche vise à comprendre comment les plantes sélectionnent les microorganismes favorables et stimulent leur activité, ainsi que inversement comment les microorganismes profitent aux plantes. Nous utilisons une variété d’approches de séquençage à haut débit pour cibler les communautés microbiennes entières dans différents environnements végétaux, à l’aide de métagénomique pour identifier les microorganismes et les fonctions présentes et de métatranscriptomique pou identifier les gènes exprimés.
Affiliations et responsabilités
Affiliations de recherche
Unités de recherche
Membre
Enseignement et encadrement
Encadrement
Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)
Structural and functional diversity of bacterial communities in petroleum hydrocarbons contaminated soils subjected to phytoremediation
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Structure, variations temporelles et interactions biotiques du microbiote souterrain du canola (B. napus L.) dans les Prairies Canadiennes
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Étude des déterminants génétiques de la pathogénicité chez les nématodes du genre Globodera
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Le microbiome fongique de la rhizosphère du canola : structure et variations.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
The effect of mycorrhizal fungi associated with willows growing on marginal agricultural land
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Biodiversity of arbuscular mycorrhizal fungi from extreme petroleum hydrocarbon contaminated site
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Structure fonctionnelle du plasmidome rhizosphérique dans un contexte de contamination aux hydrocarbures
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Contribution des légumineuses, des champignons endophytes et mycorhiziens dans la nutrition azotée des prairies indigènes semi-arides
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Molecular biodiversity of microbial communities in polluted soils and their role in soil phytoremediation
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Diversité des champignons endophytes mycorhiziens et de classe II chez le pois chiche, et influence du génotype de la plante
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Étude de l’interaction entre le champignon mycorhizien Glomus irregulare et les bactéries du sol
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Impacts de la fertilisation phosphatée sur la biodiversité microbienne de sols agricoles
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Extent of intra-isolate genetic polymorphism in glomus etunicatum using a molecular genetic approach
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Efficacité d'espèces ligneuses en symbiose mycorhizienne arbusculaire pour la phytoremédiation d'un site urbain contaminé
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Étude du polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline chez des espèces de champignons mycorhiziens à arbuscules en vue de développer des marqueurs moléculaires
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Réhabilitation d'un site contaminé de la ville de Montréal par des approches de phytoremédiation
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Rôles des modifications de la microflore bactérienne et de l'exudation racinaire de la tomate par la symbiose mycorhizienne dans le biocontrôle sur le Phytophthora nicotianae
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Caractérisation moléculaire de la biodiversité des Fusarium associés à la fusariose de l'asperge (Asparagus officinalis L.) au Québec
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Projets
Projets de recherche
Enhancing the Beneficial Root Microbiome in Canola
INTEGRATED RESPONSES OF PLANTS AND ASSOCIATED RHIZOSPHERE MICROBIAL COMMUNITIES TO ABIOTIC DISTURBANCES CAUSED BY ORGANIC AND INOGARNIC SOIL CONTAMINATION
Novel holobiont-based approaches to rapidly adapt wheat to drought stress.
CENTRE DE LA SCIENCE DE LA BIODIVERSITE DU QUEBEC
Improving the efficiency of cropping systems through the management of root microbiota in the Canadian Prairies
Applying ecology for simple, nutrient use efficient pulse-based cropping systems: Phosphorus sources for organic growers of the Prairies, and agronomic strategies for effective soil microbiology to make better uses of these P sources.
PHD RESEARCH PROJECT OF MR. FAHAD AL-OTAIBI
RESEAU D'INNOVATION SUR LES GRAINS (INNOVAGRAINS)
GENOREM IMPROVING BIOREMEDIATION OF POLLUTED SOILS THROUGH ENVIRONMENTAL GENOMICS
IMPACT OF ARBUSCULAR MYCORRHIZA TO SOIL MICROBIAL COMMUNITIES AND BIOCONTROL OF SOIL-BORNE PATHOGENS
RESEAU D'INNOVATION SUR LES GRAINS (INNOVAGRAINS)
RESEAU D'INNOVATION SUR LES GRAINS (INNOVAGRAINS)
POTENTIEL DE DISSOLUTION BIOLOGIQUE DES PHOSPHATES PAR LES MYCORHIZES ET LES MICROORGANISMES ASSOCIES POUR SATISFAIRE LES BESOINS EN PHOSPHORE DES PLANTES A PARTIR DES MINERAIS DU QUEBEC
CENTRE DE LA SCIENCE DE LA BIODIVERSITE DU QUEBEC
POTENTIEL DE DISSOLUTION BIOLOGIQUE DES PHOSPHATES PAR LES MYCORHIZES ET LES MICROORGANISMES ASSOCIES POUR SATISFAIRE LES BESOINS EN PHOSPHORE DES PLANTES A PARTIR DES MINERAIS DU QUEBEC
Projets de valorisation
Réseau Canadensys
Description
Descriptif du projet
Les collections biologiques contiennent de grandes quantités d’informations d’ordre taxonomique, géographique, temporel, numérique, et historique. Ces informations sont essentielles à une bonne compréhension et gestion de la biodiversité et des écosystèmes mais sont souvent difficiles à obtenir. Le réseau Canadensys, géré par le Centre sur la biodiversité de l’Université de Montréal, est un projet pancanadien visant à rendre l’information contenue dans les collections biologiques accessible à tous.
Pendant sa phase initiale, le réseau se concentre sur les données de trois groupes d’organismes parmi les plus divers et les plus importants du point de vue écologique et économique: les plantes, les insectes et les champignons. Malgré l’attention accrue accordée récemment aux deux derniers groupes, nos connaissances restent incomplètes et il est encore difficile d’avancer des chiffres sur le nombre d’espèces qu’ils représentent. Pour l’instant le réseau comprend 11 universités participantes, cinq jardins botaniques et deux musées qui hébergent collectivement plus de 13 millions de spécimens.
Nous avons l’intention d’informatiser, de publier et de géoréférencer 3 millions de spécimens (20%) pendant les cinq années initiales du projet, grâce à un réseau de bases de données distribuées compatible avec le Système canadien d’information sur la biodiversité (SCIB) et le Système mondial d’information sur la biodiversité (SMIB/GBIF). Les conservateurs des collections publieront leurs données en format Darwin Core, un format standard d’information sur la biodiversité accepté internationalement. Un portail Web central donnera accès aux données sur les spécimens mises en réseau (incluant les images et les données géospatiale) ainsi qu’à d’autres informations, telles que les noms provenant de la Base de données des plantes vasculaires canadiennes (VASCAN) et du Catalogue of Life.
Grâce à Canadensys, il sera possible d’analyser ces données et de les entrer dans des modèles environnementaux et géospatiaux, ce qui aboutira à une meilleure compréhension des problématiques environnementales mondiales et à la mise en place de politiques judicieuses en matière de biodiversité à travers le pays.
Rayonnement
Publications et communications
Disciplines
- Biologie et autres sciences connexes
Champ d’expertise
- Écologie microbienne du sol
- Symbioses mycorhiziennes
- Agriculture durable
- Biocontrôle
- Biofertilisation
- Biorémediation
- Écologie
- Métagénomique du sol
- Pyroséquençage
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