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Sciences médicales

Daniel Zenklusen

Expression des gènes dans les systèmes complexes

Professeur sous octroi agrégé

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Roger-Gaudry, local D-340

daniel.r.zenklusen@umontreal.ca

Autres numéros : 514 343-6327 (Travail 1) 514 343-5174 (Laboratoire)

Portrait

Expertise de recherche

La coordination précise de l’expression des gènes est une tâche essentielle pour chacune de nos cellules. Par conséquent, leur dérégulation est souvent à l’origine de toutes sortes de dysfonctionnements organiques, simplement parce que l’expression d’un gène unique, à l’intérieur d’une cellule unique, est devenue déficiente. L’objectif principal de notre laboratoire est d'utiliser des techniques d'imagerie pour déterminer comment les cellules individuelles exécutent et coordonnent les différentes étapes le long de la voie de l'expression des gènes. Nous combinons donc les techniques de microscopie avec la résolution de détecter des molécules uniques, la génétique et la biochimie pour obtenir une meilleure compréhension des règles régissant l'expression des gènes dans les systèmes complexes.

Biographie

Daniel Zenklusen est titulaire d'un doctorat en microbiologie de l'Université de Lausanne. Il est professeur sous octroi agrégé au Département de biochimie et médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l'UdeM depuis 2010.

Formation

  • 2002 — Doctorat — Biologie cellulaireUniversité de Lausanne
  • 1998 — Maîtrise — Biologie moléculaireUniversität Bern

Affiliations et responsabilités

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2017

Single molecule characterization of the roles of long non-coding RNAs in eukaryotic transcription regulation

Diplômé(e) : Rahman, Samir
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2015

Dissection du processus d’export des ARNm nucléaires par des approches de molécules uniques chez Saccharomyces cerevisae

Diplômé(e) : Saroufim, Mark-Albert
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2014

Les patrons d’expression de gènes : ont-ils évolué avec la complexité des organismes?

Diplômé(e) : Imrazene, Sandra-Rima
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets

Projets de recherche

2019 - 2023

Disséquer les mécanismes régulant l'expression des gènes utilisant des approches de molécules uniques

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Senior
2016 - 2023

Investigate The Role Of mRNP Structure In Translation And RNA Metabolism

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2017 - 2022

Determining the pathways, components and functional niches that define specialized ribosomes.

Chercheur principal : Marlene Oeffinger
Co-chercheurs : Sebastian Pechmann , Daniel Zenklusen
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2019 - 2021

Drop-based microfluidics (DBM) for single cell studies and ultrahighthroughput phenotypic screens and lab evolution

Chercheur principal : Adrian Serohijos
Co-chercheurs : Franz Bernd Lang , Stephen Michnick , Daniel Zenklusen , Bernard Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2015 - 2021

DISSECTING THE ROLE OF THE NUCLEAR BASKET IN REGULATING MRNA METABOLISM

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2017 - 2019

Disséquer les mécanismes régulant l'expression des gènes utilisant des approches de molécules uniques

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 2
2013 - 2017

DISSECTING THE KINETICS AND MECHANISMS OF GENE EXPRESSION PROCESSES USING SINGLE CELL AND SINGLE MOLECULE RESOLUTION LIVE CELL IMAGING

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :
2011 - 2017

DISSECTING THE DYNAMICS OF TRANSCRIPTION REGULATION AT A SINGLE CELL LEVEL

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2010 - 2016

TRAINING PROGRAM IN CELLULAR DYNAMICS OF MACROMOLECULAR COMPLEXES

Chercheur principal : Christian Baron
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PV118026-FONCER : Prog. formation orientée nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche
2010 - 2016

DETERMINING THE KINETICS AND MECHANISM OF MRNA EXPORT

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2011 - 2015

ANALYSE DE LA DYNAMIQUE DE L'EXPRESSION DES GENES DANS DES CELLULES UNIQUES

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheurs-boursiers: junior I et II et senior
2011 - 2015

ANALYSE DE LA DYNAMIQUE DE L'EXPRESSION DES GENES DANS DES CELLULES UNIQUES

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2010 - 2015

DISSECTING THE DYNAMICS OF TRANSCRIPTION REGULATION AT A SINGLE CELL LEVEL

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
2011 - 2014

ANALYSE DE LA DYNAMIQUE DE L'EXPRESSION DES GÈNES DANS DES CELLULES UNIQUES

Chercheur principal : Daniel Zenklusen
2010 - 2014

DETERMINING THE KINETICS AND MECHANISM OF MRNA EXPORT

Chercheur principal : Daniel Zenklusen

Rayonnement

Publications et communications

Publications

Dernières publications

  1. Adivarahan S, Livingston N, Nicholson B, Rahman S, Wu B, Rissland O, Zenklusen D. Spatial organization of single mRNPs at different stages of the gene expression pathway. Molecular Cell. 08 Nov 2018, 72(4):727-738.e5

  2. Lessard F, Igelmann S, Huot G, Le Calvé B, Montero B, St-Germain E, Mignacca L, Deschênes-Simard X, Moiseeva O, Zorca CE, Zenklusen D, Brakier-Gingras L, Bourdeau V and Ferbeyre G. Defective ribosome biogenesis in senescence reveals a novel checkpoint pathway to block cyclin dependent kinases. Nature Cell Biology. Jul;20(7):789-799

  3. Scott DD, Trahan C, Zindy PJ, Aguilar LC, Delubac M, Adivarahan S, Wei KE, Zenklusen D and Oeffinger M. Nol12 is a multifunctional endonuclease at the nexus of RNA and DNA metabolism. Nucleic Acid Research. 2017 Dec 1;45(21):12509-12528.

  4. Rahman S, Zorca C, Traboulsi T, Noutahi E, Krause M, Mader S and Zenklusen D. Single-cell profiling reveals that eRNA accumulation at enhancer-promoter loops is not required to sustain transcription. Nucleic Acid Research. 2017 Apr 7;45(6):3017-3030. 

  5. Fernandez-Martinez J, Kim SJ, Shi Y, Upla P, Pellarin R, Gagnon M, Chemmama IE, Wang J, Nudelman I, Zhang W, Williams R, Rice WJ, Stokes DL, Zenklusen D, Chait BT, Sali A, Rout MP. Structure and Function of the Nuclear Pore Complex Cytoplasmic mRNA Export Platform. Cell 2016 Nov 17;167(5):1215-1228.e25 

  6. Saroufim MA, Bensidoun P, Raymond P, Rahman S, Krause MR, Oeffinger M, Zenklusen D. The nuclear basket mediates perinuclear mRNA scanning in budding yeast. Journal of Cell Biology 2015 Dec 21;211(6):1131-40 

  7. Castelnuovo M, Rahman S, Guffanti E, Infantino V, Stutz F and Zenklusen D. Single cell analysis reveals aspects of antisense RNA regulation and mode of action in PHO84 transcription repression. Nat Struct Mol Biol. 2013 Jul;20(7):851-8.
  8. Messier, V, Zenklusen D, Mishnick S. A nutrient responsive pathway that determines M-phase timing through control of B cyclin mRNA stabilityCell. 2013 May 23;153(5):1080-93.
  9. Hocine S, Raymond P, Zenklusen D, Chao JA and Singer RH. Single-molecule analysis of gene expression using two-color RNA labeling in live yeastNature Methods  2013 Feb;10(2):119-21.
  10. Oeffinger M, Zenklusen D. To the pore and through the pore: A story of mRNA export kinetics. Biochim Biophys Acta. 2012 Jun;1819(6):494-506.

Pour consulter la liste complète des publications

Disciplines

  • Biochimie
  • Génétique médicale

Champ d’expertise

  • Expression et régulation génique
  • Génétique moléculaire
  • Mécanismes biologiques et biochimiques
  • Signalisation cellulaire et cancer
  • Cellule
  • Imagerie (Outils de caractérisation)