Sciences de la vie; Sciences naturelles et génie; Environnement et développement durable
Jesse Shapiro
Évolution des populations microbiennes en temps réel
- Professeur associé
-
Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques
Portrait
Expertise de recherche
La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:
- les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
- l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
- les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
- l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.
Formation
- 2003 — BSc — Biologie et autres sciences connexes — Université McGill
- 2004 — MSc — Biologie et autres sciences connexes — Université Oxford
- 2010 — PhD — Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique — Massachusetts Institute of Technology
- 2012 — Postdoc — Biologie et autres sciences connexes — Université Harvard
Pour en savoir plus…
- 24-08-2015 Les origines du virus de Lassa sont enfin connues
- 08-12-2016 L’UdeM reçoit 12,3 M$ pour étudier les algues bleu-vert de nos lacs
- 11-01-2017 Rencontre avec la «dame caca» du Canada
- 22-02-2017 Deux nouvelles options en sciences biologiques
- 30-03-2017 Catherine Girard présentera sa thèse en 180 secondes à la finale provinciale
- 04-05-2018 L’UdeM obtient huit nouvelles chaires de recherche du Canada et quatre renouvellements
- 19-08-2019 These Companies Are Selling Custom Diets—But Do They Work?
Affiliations et responsabilités
Affiliations de recherche
Enseignement et encadrement
Encadrement
Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)
2022
Hunting for causal variants in microbial genomes
Diplômé(e) : Chen, Peter
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2021
Évolution intra-hôte de Vibrio cholerae et interactions avec le microbiome intestinal
Diplômé(e) : Levade, Inès
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2021
L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines
Diplômé(e) : N'Guessan, Arnaud
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2018
Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain
Diplômé(e) : Girard, Catherine
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2017
Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite
Diplômé(e) : Dubois, Geneviève
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Projets
Projets de recherche
2019
- 2025
The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2019
- 2025
The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte
2017
- 2025
Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL)
Co-chercheurs :
Bernadette Pinel-Alloul
,
Roxane Maranger
,
Jesse Shapiro
,
Jan Franssen
,
Jacques Brisson
,
Christopher B. Cameron
,
Pierre Legendre
,
Daniel Boisclair
,
Marc Amyot
,
Bernard Angers
,
Sébastien Sauvé
,
Sophie Breton
,
Claude Lavoie
,
Monique Poulin
,
Andrea Bertolo
,
Andrew P. Hendry
,
Anthony Ricciardi
,
Gregor Fussman
,
Irene Gregory-Eaves
,
Elena Bennett
,
Elena Melania Cristescu
,
P. Biron
,
Dylan Fraser
,
David Walsh
,
Yannick Huot
,
Jay Lacey
,
David Bird
,
Dolorès Planas
,
Yves Prairie
,
Paul Del Giorgio
,
Béatrix Beisner
,
Philippe Juneau
,
Alison Derry
,
Gilbert Cabana
,
Hélène Glémet
,
Pierre Magnan
,
Stéphane Campeau
,
All Arkamose Assani
,
Raphaël Proulx
,
Milla Rautio
,
Marco A. Rodriguez
,
Normand Bergeron
,
Isabelle Laurion
,
Karem Chokmani
,
Maikel Rosabal Rodriguez
,
Jérôme Comte
,
Cassandre Lazar
,
Lars Lonsmann Iversen
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018
- 2023
Microbial Evolutionary Genomics
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention :
PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2015
- 2023
CALCUL QUEBEC
Co-chercheurs :
Jesse Shapiro
,
Mohamed Hijri
,
Daniel Sinnett
,
Mark E. Samuels
,
Laurent J. Lewis
,
Normand Mousseau
,
Anne Bruneau
,
Georges Michaud
,
François Schiettekatte
,
Rémy Sauvé
,
Michel Côté
,
Pierre-Louis Bellec
,
Damian Labuda
,
Jacques Drouin
,
Louis Jean Dubé
,
Guy Dumas
,
Marc Parizeau
,
Louis Pérusse
,
Alain De Champlain
,
Daniel Reinharz
,
Hugo Martel
,
Christian Gagné
,
Arnaud Droit
,
Frédéric Maps
,
R Platt
,
Alan C Evans
,
W Robert J Funnell
,
Hong Guo
,
Victoria Kaspi
,
Sang Yong Jeon
,
Nikolas Provatas
,
Russell Davidson
,
Jackalyn Marie Vogel
,
Nicolas Moitessier
,
Guy Moore
,
Sivakumaran Nadarajah
,
Abdelkader Baggag
,
Erica Moodie
,
Jacek A. Majewski
,
Andrew Piper
,
Luc Mongeau
,
Guillaume Bourque
,
Stefan Sinclair
,
Daniel Joseph Kirshbaum
,
Jun Song
,
Brigitte Jaumard
,
Jean-Yves Trépanier
,
François Guibault
,
François Bertrand
,
Alain Rochefort
,
Frédéric Sirois
,
Éric Laurendeau
,
Georges Dionne
,
Wagdi Habashi
,
G. Peslherbe
,
Thomas Fevens
,
Marius Paraschivoiu
,
Ali Dolatabadi
,
André Dieter Bandrauk
,
André-Marie Tremblay
,
Pierre Proulx
,
Noureddine Atalla
,
David Sénéchal
,
Armand Soldera
,
Kalifa Goïta
,
Alexandre Blais
,
Claude Legault
,
Stéphane Moreau
,
Hugo Larochelle
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Gabriel Crainic
,
René Laprise
,
Pierre Gauthier
,
Laxmi Sushama
,
Simon Guillotte
,
Adam Skorek
,
Patrizio Antici
,
Dany Dumont
,
François Vidal
,
Jannette Frandsen
,
Lorne Archie Nelson
,
Martin Aube
,
Leandro Coelho
,
Marie-Jean Meurs
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2016
- 2022
ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics
Chercheur principal :
Sébastien Sauvé
Co-chercheurs :
Roxane Maranger
,
Hélène Trudeau
,
Hugo Tremblay
,
Jesse Shapiro
,
Peter Dietsch
,
Nicolas Tromas
,
Charles Will Greer
,
Michèle Prévost
,
Benoit Barbeau
,
Sarah Dorner
,
Sophie Bernard
,
Paul Lanoie
,
Justin Leroux
,
Thomas Poder
,
Satinder Kaur Brar
,
Jerome Dupras
,
Maximiliano Cledon
Sources de financement :
Génome Canada
,
Génome Québec
,
Génome Canada
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
,
,
PVXXXXXX-Programme d'aide lié à la COVID-19
2016
- 2022
ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics.
Chercheur principal :
Sébastien Sauvé
Co-chercheurs :
Roxane Maranger
,
Hélène Trudeau
,
Hugo Tremblay
,
Jesse Shapiro
,
Peter Dietsch
,
Nicolas Tromas
,
Charles Will Greer
,
Michèle Prévost
,
Benoit Barbeau
,
Sarah Dorner
,
Sophie Bernard
,
Paul Lanoie
,
Justin Leroux
,
Thomas Poder
,
Satinder Kaur Brar
,
Jerome Dupras
,
Maximiliano Cledon
Sources de financement :
Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Programmes de subvention :
2014
- 2022
GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2020
- 2021
Supplément COVID-19 CRSNG_The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de
soutien à la recherche COVID-19
2018
- 2021
Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales.
Chercheur principal :
Sébastien Sauvé
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2018
- 2021
Nutrient analyzer for an aquatic research platform
Chercheur principal :
Roxane Maranger
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2018
- 2021
Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Co-chercheurs :
Leonid Chindelevitch
Sources de financement :
Génome Québec
Programmes de subvention :
2018
- 2021
Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU
Chercheur principal :
Leonid Chindelevitch
Co-chercheurs :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
Génome Canada
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2017
- 2021
Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing
Chercheur principal :
David Guttman
Co-chercheurs :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)
2016
- 2021
A toolkit for genome-wide association studies in bacteria
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Co-chercheurs :
Luis Barreiro
Sources de financement :
Génome Canada
,
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
,
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2013
- 2021
EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2017
- 2020
La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises
Chercheur principal :
Steven Kembel
Co-chercheurs :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2016
- 2019
Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection
Chercheur principal :
Sarah Dorner
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
2015
- 2018
Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms
Sources de financement :
Commission européenne (La)
Programmes de subvention :
2015
- 2018
Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale
2014
- 2018
LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :
2013
- 2018
CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention :
PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2013
- 2016
LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS
Chercheur principal :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :
2015
Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention)
Chercheur principal :
Sébastien Sauvé
Co-chercheurs :
Jesse Shapiro
Sources de financement :
Génome Québec
Programmes de subvention :
Rayonnement
Publications et communications
Disciplines
- Biologie et autres sciences connexes
- Génomique
- Virologie
- Microbiologie
- Eau et environnement
Champ d’expertise
- Qualité de l'eau
- Cyanobactéries
- Réseaux écologiques
- Bactéries
- Écologie microbienne
- Microbiologie du sol
- Biologie moléculaire
- Lutte biologique
- Génomique
- Métagénomique du sol
- COVID-19
- COVID19