Jesse Shapiro
Évolution des populations microbiennes en temps réel
- Professeur associé
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Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques
Portrait
Expertise de recherche
La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:
- les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
- l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
- les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
- l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.
Formation
- 2003 — BSc — Biologie et autres sciences connexes — Université McGill
- 2004 — MSc — Biologie et autres sciences connexes — Université Oxford
- 2010 — PhD — Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique — Massachusetts Institute of Technology
- 2012 — Postdoc — Biologie et autres sciences connexes — Université Harvard
Pour en savoir plus…
- 24-08-2015 Les origines du virus de Lassa sont enfin connues
- 08-12-2016 L’UdeM reçoit 12,3 M$ pour étudier les algues bleu-vert de nos lacs
- 11-01-2017 Rencontre avec la «dame caca» du Canada
- 22-02-2017 Deux nouvelles options en sciences biologiques
- 30-03-2017 Catherine Girard présentera sa thèse en 180 secondes à la finale provinciale
- 04-05-2018 L’UdeM obtient huit nouvelles chaires de recherche du Canada et quatre renouvellements
- 19-08-2019 These Companies Are Selling Custom Diets—But Do They Work?
Affiliations et responsabilités
Affiliations de recherche
Enseignement et encadrement
Encadrement
Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)
Eco-evolutionary dynamics of microbial communities in disturbed freshwater ecosystems
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Hunting for causal variants in microbial genomes
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Évolution intra-hôte de Vibrio cholerae et interactions avec le microbiome intestinal
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Projets
Projets de recherche
The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL)
Microbial Evolutionary Genomics
CALCUL QUEBEC
ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics
ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics.
GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION
Supplément COVID-19 CRSNG_The origins of bacterial species and pangenomes in the wild
Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales.
Nutrient analyzer for an aquatic research platform
Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec
Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU
Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing
A toolkit for genome-wide association studies in bacteria
EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS
La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises
Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection
Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms
Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries
LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS
CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE
LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS
Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention)
Rayonnement
Publications et communications
Disciplines
- Biologie et autres sciences connexes
- Génomique
- Virologie
- Microbiologie
- Eau et environnement
Champ d’expertise
- Qualité de l'eau
- Cyanobactéries
- Réseaux écologiques
- Bactéries
- Écologie microbienne
- Microbiologie du sol
- Biologie moléculaire
- Lutte biologique
- Génomique
- Métagénomique du sol
- COVID-19
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