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Sciences de la vie; Sciences naturelles et génie; Environnement et développement durable

Jesse Shapiro

Évolution des populations microbiennes en temps réel

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

jesse.shapiro@umontreal.ca

Portrait

Expertise de recherche

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

  1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
  2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
  3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
  4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.

Formation

  • 2003 — BSc — Biologie et autres sciences connexes — Université McGill
  • 2004 — MSc — Biologie et autres sciences connexes — Université Oxford
  • 2010 — PhD — Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique — Massachusetts Institute of Technology
  • 2012 — Postdoc — Biologie et autres sciences connexes — Université Harvard

Pour en savoir plus…

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2017

Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite

Diplômé(e) : Dubois, Geneviève
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets

Projets de recherche

2019 - 2025

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2019 - 2025

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte
2017 - 2025

Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL)

Chercheur principal : Beatrix Beisner
Co-chercheurs : Bernadette Pinel-Alloul , Roxane Maranger , Jesse Shapiro , Jan Franssen , Jean-François Lapierre , Jacques Brisson , Christopher B. Cameron , Pierre Legendre , Daniel Boisclair , Marc Amyot , Bernard Angers , Sébastien Sauvé , Sophie Breton , Claude Lavoie , Monique Poulin , Andrea Bertolo , Andrew P. Hendry , Anthony Ricciardi , Gregor Fussman , Irene Gregory-Eaves , Elena Bennett , Elena Melania Cristescu , P. Biron , Dylan Fraser , David Walsh , Yannick Huot , Jay Lacey , David Bird , Dolorès Planas , Yves Prairie , Paul Del Giorgio , Béatrix Beisner , Philippe Juneau , Alison Derry , Gilbert Cabana , Hélène Glémet , Pierre Magnan , Stéphane Campeau , All Arkamose Assani , Raphaël Proulx , Milla Rautio , Marco A. Rodriguez , Normand Bergeron , Isabelle Laurion , Karem Chokmani
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018 - 2023

Microbial Evolutionary Genomics

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2015 - 2023

CALCUL QUEBEC

Chercheur principal : Paul Charbonneau , Timothée Poisot
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Mohamed Hijri , Daniel Sinnett , Mark E. Samuels , Laurent J. Lewis , Normand Mousseau , Anne Bruneau , Georges Michaud , François Schiettekatte , Rémy Sauvé , Michel Côté , Pierre-Louis Bellec , Damian Labuda , Jacques Drouin , Louis Jean Dubé , Guy Dumas , Marc Parizeau , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Hugo Martel , Christian Gagné , Arnaud Droit , Frédéric Maps , R Platt , Alan C Evans , W Robert J Funnell , Hong Guo , Victoria Kaspi , Sang Yong Jeon , Nikolas Provatas , Russell Davidson , Jackalyn Marie Vogel , Nicolas Moitessier , Guy Moore , Sivakumaran Nadarajah , Abdelkader Baggag , Erica Moodie , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Guillaume Bourque , Stefan Sinclair , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Brigitte Jaumard , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , François Bertrand , Alain Rochefort , Frédéric Sirois , Éric Laurendeau , Georges Dionne , Wagdi Habashi , G. Peslherbe , Thomas Fevens , Marius Paraschivoiu , Ali Dolatabadi , André Dieter Bandrauk , André-Marie Tremblay , Pierre Proulx , Noureddine Atalla , David Sénéchal , Armand Soldera , Kalifa Goïta , Alexandre Blais , Claude Legault , Stéphane Moreau , Hugo Larochelle , Pierre-Étienne Jacques , Gabriel Crainic , René Laprise , Pierre Gauthier , Laxmi Sushama , Simon Guillotte , Adam Skorek , Patrizio Antici , Dany Dumont , François Vidal , Jannette Frandsen , Lorne Archie Nelson , Martin Aube , Leandro Coelho
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2014 - 2022

GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2018 - 2021

Nutrient analyzer for an aquatic research platform

Chercheur principal : Roxane Maranger
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Jean-François Lapierre , Marc Amyot
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2018 - 2021

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU

Chercheur principal : Leonid Chindelevitch
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2018 - 2021

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Leonid Chindelevitch
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :
2018 - 2021

Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales.

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Jerome Dupras , Fernando Martínez-Jerónimo
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2017 - 2021

Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing

Chercheur principal : David Guttman
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)
2016 - 2021

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics.

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Roxane Maranger , Hélène Trudeau , Hugo Tremblay , Jesse Shapiro , Peter Dietsch , Nicolas Tromas , Charles Will Greer , Michèle Prévost , Benoit Barbeau , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Paul Lanoie , Justin Leroux , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Jerome Dupras , Maximiliano Cledon
Sources de financement : Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Programmes de subvention :
2016 - 2021

A toolkit for genome-wide association studies in bacteria

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Luis Barreiro
Sources de financement : Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2016 - 2021

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Roxane Maranger , Hélène Trudeau , Hugo Tremblay , Jesse Shapiro , Peter Dietsch , Nicolas Tromas , Charles Will Greer , Michèle Prévost , Benoit Barbeau , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Paul Lanoie , Justin Leroux , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Jerome Dupras , Maximiliano Cledon
Sources de financement : Génome Canada , Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. ,
2013 - 2021

EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2017 - 2020

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises

Chercheur principal : Steven Kembel
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2016 - 2019

Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection

Chercheur principal : Sarah Dorner
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Sébastien Sauvé
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
2015 - 2018

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms

Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Nicolas Tromas
Sources de financement : Commission européenne (La)
Programmes de subvention :
2015 - 2018

Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale
2014 - 2018

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :
2013 - 2018

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2013 - 2016

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :
2015

Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention)

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

Rayonnement

Publications et communications

Disciplines

  • Biologie et autres sciences connexes
  • Génomique
  • Virologie
  • Microbiologie
  • Eau et environnement

Champ d’expertise

  • Qualité de l'eau
  • Cyanobactéries
  • Réseaux écologiques
  • Bactéries
  • Écologie microbienne
  • Microbiologie du sol
  • Biologie moléculaire
  • Lutte biologique
  • Génomique
  • Métagénomique du sol
  • COVID-19
  • COVID19