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Sciences de la santé; Sciences médicales; Sciences de la vie; Technologies de l’information et des communications

Martin Smith

Harmonisation de technologies génomiques et d'outils en IA pour la médecine moléculaire

Professeur sous octroi adjoint

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

martin.smith@umontreal.ca

Autre numéro : 514 345-4931 #2544 (Travail 1)

Portrait

Expertise de recherche

Je m’intéresse à l’étude de la biologie des génomes et des mécanismes de régulation de l’activité génique. Ma recherche porte principalement sur la caractérisation et le profilage transcriptomique en combinant le développement d’outils bio-informatiques au séquençage unimoléculaire en temps réel. Un des principaux objectifs de mon laboratoire consiste à traduire les plus récentes technologies génomiques afin d'établir des nouvelles applications pour la médecine moléculaire spéciaslisée. 

Biographie

Après avoir obtenu mon diplôme en microbiologie et en immunologie de l’Université de Montréal, j’ai fait une maîtrise en bio-informatique qui portait sur l’étude des séquences régulatrices dans les génomes de parasites protozoaires. J’ai ensuite fait un doctorat à l’Université du Queensland en Australie.

Mes travaux ont porté sur l’utilisation d’outils de bio-informatique et de génomique comparative pour détecter des structures secondaires d’ARN conservées dans le génome humain au cours de l’évolution dans le but de faciliter la caractérisation des longs ARN non codants.

Ma formation postdoctorale s’est poursuivie au Garvan Institute of Medical Research à Sydney (Australie). J’y ai travaillé sur le développement d’algorithmes et de chaînes de traitement de données pour l’analyse transcriptomique grâce à diverses technologies de séquençage d’ARN à haut débit.

C’est ainsi que j’ai découvert le séquençage par nanopores. Ma recherche s’est concentrée sur cette plateforme technologique en tant que directeur du programme de technologies génomiques au Centre Kinghorn de Génomique Clinique à l’Institut Garvan en 2017.

Prix et distinctions

  • Prix de performance du pré-incubateur d’entreprises CSIRO OnPrime
  • Prix d’innovation Palmer Foundation
  • Premier à séquencer une mégabase d’ADN contiguë
  • Finaliste de la compétition de démarrage d’entreprise MedTech’s Got Talent
  • Bourse de voyage de l’Association Brésilienne de Bio-informatique et de Biologie Computationelle
  • Bourse de voyage Heliflite Young Explorer
  • Bourse d’études UQRS de l’Université du Queensland et IPRS du gouvernement australien.
  • Meilleure affiche niveau Maîtrise, Colloque de bio-informatique Robert Cedergren
  • Prix de performance, Faculté des Arts et Sciences, Université de Montréal

Formation

  • 2012 — PhD — GénomiqueUniversity of Queensland

Affiliations et responsabilités

Affiliations de recherche

Unités de recherche

Membre

Établissements affiliés

  • Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine (CHU Sainte-Justine)

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2023

Classification de transcrits d’ARN à partir de données brutes générées par le séquençage par nanopores

Diplômé(e) : Atanasova, Kristina
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets

Projets de recherche

2022 - 2028

Deciphering the structurefunction relationships of long noncoding RNAs

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(DGECR) Tremplin vers la découverte
2022 - 2028

Deciphering the structurefunction relationships of long noncoding RNAs

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2022 - 2026

Regroupement en intelligence artificielle appliquée aux soins aigus de l'enfant

Chercheur principal : Philippe Jouvet
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Regroupement stratégique
2022 - 2024

Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.

Chercheur principal : Martin Smith
Co-chercheurs : Thai Hoa Tran
Sources de financement : COLE Foundation/Fondation Cole
Programmes de subvention :
2022 - 2024

Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.

Chercheur principal : Martin Smith
Co-chercheurs : Thai Hoa Tran
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :
2022 - 2024

Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.

Chercheur principal : Martin Smith
Co-chercheurs : Thai Hoa Tran
Sources de financement : Fondation Charles Bruneau
Programmes de subvention :
2020 - 2024

Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.

Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 1
2020 - 2024

Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2020 - 2024

Versement additionnel COVID-19 pour un étudiant Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Crédits de relance économique – Soutien chercheurs et chercheuses
2021 - 2023

REinfection dans l'estimation du risque de COVID-19 (RECOVER) - Phase 2/Vaccin.

Chercheur principal : Caroline Quach-Thanh
Sources de financement : Santé Canada
Programmes de subvention :
2020 - 2023

Génomique et dynamique cellulaire

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : COLE Foundation/Fondation Cole
Programmes de subvention :
2022

Real-time classification and interactive sampling of single-molecules for the selective enrichment of cellular populations with nanopore sequencing

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds Nouvelles frontières en recherche - Exploration
2021 - 2022

Interactive single-molecule real-time sequencing for genomic medicine

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds des leaders
2019 - 2022

Fonds de démarrage

Chercheur principal : Martin Smith
Sources de financement : Fondation de l'Hôpital Ste-Justine
Programmes de subvention :

Rayonnement

Publications et communications

Publications

  • Gamaarachchi H, Samarakoon H, Jenner SP, Ferguson JM, Amos TG, Hammond JM, Saadat H, Smith MA, Parameswaran S, Deveson IW. SLOW5: A new file format enables massive acceleration of nanopore sequencing data analysis. Nature Biotechnology (in press) 2021

  • Parée B*, Rozendaal M*, Morin S, Kaufmann L, Simpson SM, Poujol R, Mostefai F, Grenier JC, Xing H, Sanchez M, Yechouron A, Racette R, Pavlov I*, Smith MA*. Patient health records and whole viral genomes from an early SARS-CoV-2 outbreak in a Quebec hospital reveal features associated with favorable outcomes. PLoS ONE 16(12):e0260714 2021

  • Singh M*, Al-Eryani G*, Carswell S, Ferguson JM, Blackburn J, Barton K, Roden D, Luciani F, Phan T, Junankar S, Jackson K, Goodnow CC*, Smith MA*, Swarbrick A*. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nature Communications 10(1):3120 2019

  • Hardwick SA*, Bassett SD*, Kaczorowski D, Blackburn J, Barton K, Bartonicek N, Carswell SL, Tilgner HU, Loy C, Halliday G, Mercer TR, Smith MA*, Mattick JS*. Targeted, high-resolution RNA sequencing of non-coding genomic regions associated with neuropsychiatric functions. Frontiers in Genetics 10:309 2019

  • Gamaarachchi H, Parameswaran S, Smith MA. Featherweight long read alignment using partitioned reference indexes. Scientific Reports, 9(1):4318 2019
  • Smith MA*, Seemann SE*, Quek XC, Mattick JS. DotAligner: identification and clustering of RNA structure motifs. Genome Biology 18(1):244 2017
  • Lu Z, Qiangfeng CZ, Lee B, Smith MA, Robinson J, Davidovich C, Gooding AR, Goodrich K, Mattick JS, Mesirov JP, Cech T, Chang HY. RNA duplex map in living cells reveals higher order transcriptome structure. Cell 165(5):1267-1279 2016
  • Smith MA, Gesell T, Stadler PF, Mattick JS. Widespread purifying selection for RNA structure in mammals. Nucleic Acids Res 41(17):8220-36 2013

Communications

  • « Dissecting RNA Biology, one molecule at a time »
    London Calling Nanopore Conference, London, UK
    Long Read Conference, Dunedin, New-Zealand
  • « Targeted Long-read Single Cell Sequencing of Tumour and Immune Cells »
    Nanopore Community Meeting, San Francisco, USA
    « Massively multiplexed targeted long-read single cell sequencing for deep phenotyping of tumour and immune cell repertoires »
    QMB Cancer, Queenstown, New-Zealand 2018
  • « Mapping recurring RNA structures to navigate the uncharted genome »
    Computational RNA Biology, Wellcome Trust, Hinxton, UK

Disciplines

  • Bio-informatique
  • Génomique
  • Sciences cliniques
  • Biologie moléculaire
  • Génie biomédical

Champ d’expertise

  • Génome
  • Génomique
  • Bioinformatique
  • Expression et régulation génique
  • Technologies biomédicales
  • COVID-19
  • COVID19

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