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Sciences naturelles et génie; Sciences pures

Chaire de recherche du Canada en génomique microbienne évolutionnaire

Chaire de recherche du Canada Faculté des arts et des sciences
Département de sciences biologiques
Autre numéro : 514 343-6033 (Information)
Autre courriel : jesse.shapiro@umontreal.ca (Personne contact)

Portrait

À propos

Objet de la recherche


Étudier l’évolution des bactéries. 
 

Importance de la recherche


Arriver à mieux comprendre comment les microbes s’adaptent aux changements dans leur environnement et comment les pathogènes sont produits et transmis. 

Mes recherches actuelles mesurent en temps réel l’évolution de populations microbiennes à l’aide du séquençage de génomes individuels et de communautés entières. Elles visent à comprendre leur évolution et à prédire comment ils s’adapteront à des environnements changeants. Ces recherches mèneront à une meilleure compréhension de base du monde microbien et, en particulier, des processus évolutifs qui influent sur notre environnement et notre santé.

Le but final est d’être en mesure d’échantillonner tout habitat, qu’il s’agisse d’un lac ou d’un patient infecté, de séquencer l’ADN de cet habitat, et de faire des prédictions quant aux risques potentiels et aux meilleures interventions possibles.

Adresses

Localisation sur le campus UdeM

Marie-Victorin, local F-208-6

Équipe

Responsables

À l’Université de Montréal

Membres

À l’Université de Montréal

Nicolas Tromas (Étudiant (Postdoctorat))

Expertise

Description de l’expertise

Suivre l’évolution des génomes microbiens


La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe, et a existé depuis des milliards d'années sur la terre, est de nature microbienne. Mais ce qui est encore plus impressionnant, mis à part le volume même de cette diversité microbienne, est sa nature dynamique : les microbes évoluent et s’adaptent constamment.

Titulaire de la Chaire de recherche du Canada en génomique microbienne évolutionnaire, Jesse Shapiro vise à mieux comprendre l’évolution des microbes et leurs processus d’adaptation à leur environnement. Pour ce faire, il suit des populations microbiennes en temps réel au moyen du séquençage de l’ADN de souches individuelles et de métagénomes (l'ADN de communautés entières).

Par exemple, Shapiro et son équipe étudient les microbes dans l’intestin humain (en particulier le choléra), les microbes présentes dans les virus hémorragiques (Lassa et Ebola), et l’évolution de la résistance aux antibiotiques des microbes.

M. Shapiro et son équipe cherche à répondre à des questions évolutionnaires fondamentales : comment par exemple les bactéries qui se reproduisent par division cellulaire clonale, et qui partage de l’ADN avec des parents éloignés, peuvent évoluer en espèces nouvelles et distinctes. Plus précisément, les chercheurs développent des méthodes pour identifier les mutations génétiques qui entraînent des caractéristiques importantes, comme la résistance aux antibiotiques ou la virulence, et qui permettent aux bactéries d’utiliser les ressources disponibles dans des écosystèmes précis et de rivaliser pour ces ressources.

Cette recherche dévoilera le monde microbien sous un nouveau jour en faisant la lumière sur les processus évolutionnaires qui affectent notre environnement et notre santé. Le but ultime est de pouvoir échantillonner n’importe quel habitat (qu’il s’agisse d’un lac ou d’un patient infecté) pour ensuite faire le séquençage d’ADN microbien de cet habitat pour prédire les risques potentiels et les options d’intervention. 

Axes de recherche

Génomique évolutionnaire en temps réel

Comprendre les mécanismes de différenciation écologique dans les populations microbiennes naturelles

Mesure de l'évolution intra-hôte des populations virales par les fièvres hémorragiques aiguës

Cadre pour la détection de signatures de sélection positive dans les génomes microbiens

Projets et financement

Financement

  • Chaires de recherche du Canada (CRC)
  • Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG)

Publications et communications

Disciplines

  • Biologie cellulaire
  • Biologie moléculaire
  • Microbiologie

Champ d’expertise

  • Mécanismes biologiques et biochimiques
  • Toxines et autres substances biologiques
  • Micro-organismes
  • Bactéries
  • Infections bactériennes
  • Interactions gènes et environnement
  • Santé environnementale
  • Génétique de l'hôte
  • Génétique moléculaire
  • Maladies génétiques
  • Marqueurs génétiques
  • Génétique évolutive
  • Virus
  • Virus (Organismes vivants)
  • Antibiotiques et résistance