François-Marc Gagnon, dont les jeunes années sont largement influencées par le milieu familial et la présence de peintres tels Charles Daudelin, Alfred Pellan, François Léger et Paul-Émile Borduas, opte pour des études à la Sorbonne où il obtient un doctorat pour son travail sur le peintre Jean Dubuffet.

Son cheminement, via une parenthèse d'une douzaine d'années chez les Dominicains, l'amène à l'École des beaux-arts de Montréal (1960) d'où il est recruté (1968) par le Département de l'histoire de l'art de l'UdeM. Le directeur d'alors le rencontrant, lui dit : « Gagnon, vous êtes canadien, vous ferez l'art canadien »! Et il s'y emploie pendant 34 ans! avec une vigueur peu commune : conférences, ateliers, cours dispensées, causeries sont autant de moyens utilisés par Gagnon. Chercheur, vulgarisateur, et auteur d'œuvres importantes dont Paul-Émile Borduas (1905-1960) : biographe critique et analyse de l'œuvre (Fides) qui lui méritent le prix du Gouverneur général en 1978. Un peu plus tard, suite à la publication de Chronique du mouvement automatiste du Québec (1941-1954) , éditeur Lanctot, il reçoit (1999) le prix Raymond Klibansky pour le meilleur livre dans le domaine des sciences humaines.

Ayant pris sa retraite en 2000, il accepte la direction de l'Institut de recherche en art canadien Gail et Stephen A. Jarilowski basé à l'Université Concordia. Il y donne des séries de conférences « grand public » au Musée des Beaux-arts de Montréal. L'UdeM a reconnu les mérites exceptionnels de François-Marc Gagnon en lui conférant le statut de professeur émérite.

François-Marc Gagnon est décédé en 2019.