Nicolas Lartillot
Génétique évolutive et Phylogénie moléculaire
Portrait
Expertise de recherche
Thèmes
Génétique évolutive
Phylogénie moléculaire
Inférence Bayésienne
Chaînes de Markov Monte Carlo
Une des questions fondamentales de la théorie de l’évolution est de comprendre comment l’incroyable diversité morphologique des êtres vivants observée sur la planète a pu être produite au cours des temps géologiques.
Génétique évolutive
Dans cette optique, un premier enjeu de notre recherche est de mieux cerner les mécanismes de l’évolution génétique, à savoir, comment les processus de mutation, de recombinaison, de dérive et de sélection s’articulent entre eux, résultant en une divergence progressive des génomes des différents organismes.
En pratique, nous nous appuyons sur les principes de l’inférence Bayésienne, pour construire des modèles probabilistes de l’évolution des séquences génétique. Ces modèles sont implémentés en utilisant des algorithmes de Chaînes de Markov Monte Carlo, et sont testés sur des données de séquences génomiques provenant d’une grande variété d’organismes.
Phylogénie moléculaire
Un second objectif de recherche, lié au premier, est d’appliquer les modèles d’évolution ainsi construits à la reconstruction phylogénétique, à savoir, la reconstruction des relations de parentés entre espèces vivantes. Les modèles d’évolution actuellement utilisés en phylogénie ne sont pas totalement satisfaisants: trop simples, et ne décrivant pas correctement certains aspects essentiels des processus évolutifs réels, ils conduisent souvent à des reconstructions fausses.
Partant de ce constat, un des objectifs essentiels de notre travail est de proposer des modèles plus adéquats, prenant par exemple en compte les variations de la pression de sélection à la fois le long des séquences et au cours du temps. Ces modèles sont implémentés et sont testés pour leur capacité à améliorer la fiabilité des reconstructions phylogénétiques dans des cas difficiles, pour lesquels les modèles actuels ne donnent pas de résultats satisfaisants.
Affiliations et responsabilités
Affiliations de recherche
Enseignement et encadrement
Encadrement
Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)
Bayesian codon models for detecting convergent molecular adaptation
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Une correction à l’échelle et progressive des données Hi-C révèlent des principes fondamentaux de l’organisation tridimensionnelle et fonctionnelle du génome
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Évolution moléculaire : un modèle Markov-modulé pour les processus de substitution
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Estimation des corrélations phylogénétiques entre paramètres d'évolution moléculaire et Traits d'histoire de vie
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M.A.
Statistical potentials for evolutionary studies
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Projets
Projets de recherche
Training program in cellular dynamics of macromolecular complexes
BAYESIAN MODELS FOR LONG-RANGE POPULATION GENETICS
BAYESIAN MODELS FOR LONG-RANGE POPULATION GENETICS
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