Titulaire de la chaire de recherche du Canada en analyse de données pour la médecine de précision, Marie-Pierre Dubé est professeure titulaire aux départements de Médecine et de Médecine sociale et préventive de l’Université de Montréal. Son équipe de recherche est située à l’Institut de Cardiologie de Montréal (statgen.org) et comprend des bio-informaticiens, des biostatisticiens, et des étudiants inscrits à des programmes d’études variés, dont l’épidémiologie, la bio-informatique, sciences biomédicales et pharmacologie.

Les projets de recherche portent sur les maladies cardiovasculaires et le diabète ainsi que la réponse aux médicaments pour les traiter. En utilisant des approches s’appuyant sur la bio-informatique et les statistiques, l’équipe mène des études épidémiologiques minant de larges jeux de données génomiques et protéomiques incluant la UK Biobank (500 000 participants), la biobanque de l’ICM (17 000 participants), et des études cliniques de médicaments (plus de 100 études, plus de 100 000 participants).

Marie-Pierre Dubé est professeure titulaire à l’Université de Montréal et elle est directrice du Centre de pharmacogénomique Beaulieu-Saucier de l'Institut de Cardiologie de Montréal. Elle détient la Chaire de recherche du Canada en Médecine de précision et analyse de données et elle a reçu de nombreux prix dont trois bourses de carrières des Fonds de recherche du Québec en Santé et le prix des Champions en Génétique du Canadian Gene Cure Foundation. Elle enseigne l’épidémiologie génétique à l’École de santé publique de l’université de Montréal et a dirigé de nombreux étudiants aux études graduées dans les domaines de l’épidémiologie génétique, les statistiques génétiques et la bio-informatique. Ses travaux de recherche sont bien financés, notamment par les Instituts de recherche en santé du Canada et le Gouvernement du Québec. Elle a publié plus de 200 articles dans des journaux scientifiques à comité de lecture. Ses travaux portent principalement sur l’analyse génomique d’études portant sur les médicaments pour les maladies cardiovasculaires et métaboliques, et sur l’impact du sexe, du genre et de la génétique sur l’efficacité et la sécurité des médicaments.

Les étudiants souhaitant faire un projet de maîtrise, doctorat, ou études postdoctorales en épidémiologie génétique ou en bio-informatique, sont invités à postuler.
Voici quelques projets de recherche possibles: 

• Étude de sous-populations de patients répondant mieux aux médicaments, selon des scores polygéniques.
• Étude de la protection cardiovasculaire attribuable à des médicaments antidiabétiques, selon le profil génétique et la protéomique.
• Études des mutations somatiques liées à l’hématopoïèse clonale dans la maladie cardiovasculaire.
• Développement d'un outil bio-informatique pour intégrer des données protéomiques et génomiques et son application à l'étude de la santé cardiovasculaire.
• Étude de l’impact des températures extrêmes sur la santé.
• Étude de l’impact de l’usage d’alcool sur la santé.

Méthodes et données : Les étudiants pourront travailler avec des cohortes populationnelles (UK Biobank, Biobanque de l'ICM, Cartagène, ÉLCV, Quebec warfarin cohort) ainsi qu'avec des données tirées d'essais randomisés de médicaments pour les maladies cardiovasculaires et le diabète (plus de 100 études, incluant statines, anticoagulants, antidiabétiques, colchicine et plus). Les données disponibles incluent les données socio-démographiques, l'historique médical des patients, l'usage de médicament, les issues cliniques survenues en cours de suivi, des biomarqueurs circulants (incluant la protéomique), et des données génomiques (génotypage, séquençage, hématopoïèse clonale). Les méthodes incluent des modèles de régression (linéaire, logistique, survie), des modèles de séries temporelles, des algorithmes d'apprentissage automatique, et l'usage d'outils bio-informatiques existants.  

Profil d’étudiants/intérêts recherchés : Étudiants avec des connaissances en génétique, connaissance de logiciels statistiques (SPSS, R, ou SAS), habiletés avec les bases de données. Pour les étudiants en bio-informatique, connaissance de python, bash et linux. 

Financement : Aide à la préparation d’une demande de bourse aux IRSC, FRQS et autres organismes subventionnaires. Ces bourses sont attribuées en fonction de la qualité du dossier académique (notes, publications, prix) et du projet de recherche.

Articles choisis 

(étudiants; employés§)

1. Sun M, Cyr M-C^§, Sandoval J^§, Lemieux-Perreault L-P^§, Busque L, Tardif J-C, Dubé MP. Somatic mosaic chromosomal alterations and death of cardiovascular disease causes among cancer survivors: an analysis of the UK Biobank. medRxiv. 2022:2022.08.20.22279019, pending publication
2. Pharmacogenetics-guided dalcetrapib therapy after an acute coronary syndrome: the dal-GenE trial. Tardif JC, Pfeffer MA, Kouz S, Koenig W, Maggioni AP, McMurray JJV, Mooser V, Waters DD, Grégoire JC, L'Allier PL, Jukema WJ, White HD, Heinonen T, Black DM, Laghrissi-Thode F, Levesque S, Guertin MC, Dubé MP; dal-GenE Investigators. Eur Heart J. 2022 Jul 20:ehac374. PMID: 35856777
3. Including diverse and admixed populations in genetic epidemiology research. Caliebe A, Tekola-Ayele F, Darst BF, Wang X, Song YE, Gui J, Sebro RA, Balding DJ, Saad M, Dubé MP; IGES ELSI Committee. Genet Epidemiol. 2022 Jul 16. PMID: 35842778
4. Pharmacogenomic study of heart failure and candesartan response from the CHARM programme. Dubé MP, Chazara O, Lemaçon A, Asselin G^§, Provost S^§, Barhdadi A^§, Lemieux Perreault LP^§, Mongrain I^§, Wang Q, Carss K, Paul DS, Cunningham JW, Rouleau J, Solomon SD, McMurray JJV, Yusuf S, Granger CB, Haefliger C, de Denus S, Tardif JC. ESC Heart Fail. 2022 Jun 23. doi: 10.1002/ehf2.14026. PMID: 35736394
5. ExPheWas: a platform for cis-Mendelian randomization and gene-based association scans. Legault MA, Lemieux Perreault LP^§, Tardif JC, Dubé MP. Nucleic Acids Res. 2022 Apr
6. Construction of a femininity score in the UK Biobank and its association with angina diagnosis prior to myocardial infarction. Levinsson A, de Denus S, Sandoval J^§, Lemieux Perreault LP^§, Rouleau J, Tardif JC, Hussin J, Dubé MP. Sci Rep. 2022 Feb 2;12(1):1780. PMID: 35110607
7. Genetics of symptom remission in outpatients with COVID-19. Dubé MP, Lemacon A, Barhdadi A^§, Lemieux Perreault L-P^§, Oussaid E^§, Asselin G^§, Provost S^§, Sun M, Sandoval J^§, Legault MA, Mongrain I^§, Dubois A^§, Valois D^§, Dedelis E^§, Lousky J^§, Choi J^§, Goulet E, Savard C, Chicoine L-M, Cossette M, Chabot-Blanchet M, Guertin M-C, de Denus S, Bouabdallaoui N, Marchand R, Bassevitch Z, Nozza A, Gaudet D, Allier PL, Hussin J, Boivin G, Busseuil D, Tardif J-C. Sci Rep. 2021 May 25;11(1):10847. PMID: 34035401
8. Pharmacogenomics of the Efficacy and Safety of Colchicine in COLCOT. Dubé MP, Legault MA, Lemaçon A, Lemieux Perreault LP^§, Fouodjio R^§, Waters DD, Kouz S, Pinto FJ, Maggioni AP, Diaz R, Berry C, Koenig W, Lopez-Sendon J, Gamra H, Kiwan GS, Asselin G^§, Provost S^§, Barhdadi A^§, Sun M, Cossette M, Blondeau L, Mongrain I^§, Dubois A^§, Rhainds D, Bouabdallaoui N, Samuel M, de Denus S, L'Allier PL, Guertin MC, Roubille F, Tardif JC. Circ Genom Precis Med. 2021 Apr;14(2):e003183. PMID: 33560138
9. A genetic model of ivabradine recapitulates results from randomized clinical trials. Legault MA, Sandoval J^§, Provost S^§, Barhdadi A^§, Lemieux Perreault LP^§, Shah S, Lumbers RT, de Denus S, Tyl B, Tardif JC, Dubé MP. PLoS One. 2020 Jul 21;15(7):e0236193. PMID: 32692755
10. High-sensitivity C-reactive protein is associated with clonal hematopoiesis of indeterminate potential. Busque L*, Sun M, Buscarlet M, Ayachi S, Feroz Zada Y^§, Provost S^§, Bourgoin V, Mollica L, Meisel M, Hinterleitner R, Jabri B, Dubé MP*, Tardif JC^*. Blood Adv. 2020 Jun 9;4(11):2430-2438. PMID: 32492156 (* corresponding authors)
11. Association of Chromosome 9p21 with Subsequent Coronary Heart Disease Events: A GENIUS-CHD Study of Individual Participant Data. Patel RS, et al. Circ Genom Precis Med. 2019 Apr;12(4):e002471. PMID: 30897348
12. Subsequent Event Risk in Individuals with Established Coronary Heart Disease: Design and Rationale of the GENIUS-CHD Consortium. Patel R, et al. Circ Genom Precis Med. 2019 Apr;12(4):e002470. PMID: 30896328
13. Nuclear receptor gene polymorphisms and warfarin dose requirements in the Quebec Warfarin Cohort. Shahabi P, Lamothe F^§, Dumas S, Rouleau-Mailloux É, Feroz Zada Y^§, Provost S^§, Asselin G^§, Mongrain I^§, Valois D^§, Gaulin Marion MJ^§, Lemieux Perreault LP^§, Perreault S, Dubé MP. Pharmacogenomics J. 2019 Apr;19(2):147-156. PMID: 29298995
14. Pharmacogenetic content of commercial genome-wide genotyping arrays. Lemieux Perreault LP^§, Zaïd N, Cameron M, Mongrain I^§, Dubé MP. Pharmacogenomics. 2018 Oct;19(15):1159-1167. Epub 2018 Oct 1. PMID: 30272537
15. Sex, drugs, and heart failure: a sex-sensitive review of the evidence base behind current heart failure clinical guidelines. Levinsson A, Dubé MP*, Tardif JC, de Denus S. ESC Heart Fail. 2018 Oct;5(5):745-754. PMID: 29916560 (*corresponding author)
16. Pharmacogenomics of blood lipid regulation. Legault MA, Tardif JC, Dubé MP. Pharmacogenomics. 2018 May;19(7):651-665. PMID: 29706123
17. Rationale, design and preliminary results of the Quebec Warfarin Cohort Study. Perreault S, Shahabi P, Côté R, Dumas S, Rouleau-Mailloux É, Feroz Zada Y^§, Provost S^§, Mongrain I^§, Dorais M, Huynh T, Kouz S, Diaz A, Blostein M, de Denus S, Turgeon J, Ginsberg J, Lelorier J, Lalonde L, Busque L, Kassis J, Talajic M, Tardif JC, Dubé MP. Clin Cardiol. 2018 May;41(5):576-585 PMID: 29542828
18. Protein-altering variants associated with body mass index implicate pathways that control energy intake and expenditure in obesity. Turcot V, et al. Nat Genet. 2018 Jan;50(1):26-41. PMID: 29273807
19. Exome-wide association study of plasma lipids in >300,000 individuals. Liu DJ, et al. Nat Genet. 2017 Dec;49(12):1758-1766, PMID: 29083408
20. CYP3A4 genotype is associated with sildenafil concentrations in patients with heart failure with preserved ejection fraction. de Denus S, Rouleau JL, Mann DL, Huggins GS, Pereira NL, Shah SH, Cappola TP, Fouodjio R^§, Mongrain I^§, Dubé MP. Pharmacogenomics J. 2018 Apr;18(2) :232-237. PMID: 28440343
21. CETP: Pharmacogenomics-Based Response to the CETP Inhibitor Dalcetrapib. Tardif JC, Rhainds D, Rhéaume E, Dubé MP. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2017 Mar;37(3):396-400. PMID: 28126828
22. genipe: An automated genome-wide imputation pipeline with automatic reporting and statistical tools. Lemieux Perreault LP^§, Legault MA, Asselin G^§, Dubé MP. Bioinformatics. 2016, 32(23): 3661-3663 PMID: 27497439
23. Meta-analysis of genome-wide association studies of HDL cholesterol response to statins. Postmus I, et al. J Med Genet. 2016 Dec;53(12):835-845. PMID: 27587472
24. Genotype-Dependent Effects of Dalcetrapib on Cholesterol Efflux and Inflammation: Concordance with Clinical Outcomes. Tardif JC, Rhainds D, Brodeur M, Feroz Zada Y^§, Fouodjio R^§, Provost S^§, Boulé M, Alem S, Grégoire JC, L'Allier PL, Ibrahim R, Guertin MC, Mongrain I^§, Olsson AG, Schwartz GG, Rhéaume É, Dubé MP. Circ Cardiovasc Genet. 2016 Aug;9(4):340-8. PMID: 27418594
25. Coding variation in ANGPTL4, LPL, and SVEP1 and the risk of coronary disease. Myocardial Infarction Genetics CARDIoGRAM Exome Consortia Investigators. New England Journal of Medicine, March 24; 374(12):1134-44, 2016. PMID: 26934567
26. Impact of regular physical activity on weekly warfarin dose requirement. Rouleau-Mailloux É, Shahabi P, Dumas S, Feroz Zada Y^§, Provost S^§, Hu J, Nguyen J, Bouchama N, Mongrain I^§, Talajic M, Tardif JC, Perreault S, Dubé MP. J Thromb Thrombolysis. 2016 Feb;41(2):328-35, PMID: 26238769
27. Pharmacogenomic Determinants of the Cardiovascular Effects of Dalcetrapib. Tardif JC, Rhéaume E, Lemieux Perreault LP, Grégoire JC, Feroz Zada Y^§, Asselin G^§, Provost S^§, Barhdadi A^§, Rhainds D, L’Allier PL, Ibrahim R, Upmanyu R, Niesor EJ, Benghozi R, Suchankova G, Laghrissi-Thode F, Guertin MC, Olsson AG, Mongrain I^§, Schwartz GG, Dubé MP. Circ Cardiovasc Genet, 2015 Apr;8(2):372-82; PMID: 25583994
28. Pharmacogenetic meta-analysis of genome-wide association studies of LDL cholesterol response to statins. Postmus I, et al. Nat Commun 2014 Oct 28;5:5068. PMID: 25350695
29. CKM and LILRB5 are associated with serum levels of creatine kinase in statin users. Dubé MP, Zetler R, Barhdadi A^§, Brown A, Mongrain I^§, Normand V^§, Laplante N, Asselin G^§, Feroz Zada Y^§, Provost S^§, deDenus S, Turgeon J, Réhaume E, Phillips MS, Tardif JC. Circ Cardiovasc Genet. 2014 Dec;7(6):880-6. PMID: 25214527
30. Comparison of genotype clustering tools with rare variants. Lemieux Perreault LP, Legault MA, Barhdadi A^§, Provost S^§, Normand V^§, Tardif JC, Dubé MP. BMC Bioinformatics. 2014 Feb 21;15(1):52. PMID: 24559245
31. Validation of warfarin pharmacogenetic algorithms in clinical practice. Marin-Leblanc M, Perreault S, Bahroun I, Lapointe M, Mongrain I^§, Provost S^§, Turgeon J, Talajic M, Brugada R, Phillips M, Tardif JC, Dubé MP. Pharmacogenomics. 2012 Jan;13(1):21-9. PMID: 22176621
32. Partitioning of copy-number genotypes in pedigrees. Lemieux Perreault LP, Andelfinger G, Asselin G^§, Dubé MP. BMC Bioinformatics 2010, 11:226. PMID: 20438641
33. Testing for Gene-Gene Interaction with AMMI Models. Barhdadi A, Dubé MP. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 2010, Vol. 9:Iss. 1, Article 2. PMID: 20196752
34. Application of Homozygosity Haplotype Analysis to Genetic Mapping with High-Density SNP Genotype Data. Jiang H, Orr A, Guernsey DL, Robitaille J, Asselin G^§, Samuels ME, Dubé MP. PLoS ONE 2009; 4(4):e5280. Apr 28. PMID: 19399176
35. Genetic predictors of depressive symptoms in cardiac patients. McCaffery JM, Duan QL, Frasure-Smith N, Barhdadi A, Lespérance F, Théroux P, Rouleau GA, Dubé MP. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2009 Apr 5; 150B(3):381-8. PMID: 18618671