Joseph Orkin
Génomique, métagénomique, protéomique
- Professeur adjoint
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Faculté des arts et des sciences - Département d'anthropologie
- Professeur adjoint
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Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques
Médias
Portrait
Expertise de recherche
Mon laboratoire utilise des outils moléculaires - génomique, métagénomique et protéomique - pour répondre à des questions anthropologiques.
Primatologie moléculaire
- Adaptation des primates à des environnements changeants et hostiles
- Génomique des populations de primates en liberté
- Écologie microbienne intestinale des primates
Anthropologie des aliments fermentés et conservés
- Écologie microbienne de la fermentation alimentaire
- Interaction bioculturelle entre l'homme et les aliments qu'il produit
Développement de nouvelles méthodes d'écologie moléculaire non invasive
- fecalFACS
- Chiens détecteurs d'excréments
Formation
- 2005 — B.A. — Philosophie — Penn State University
- 2005 — B.A. — Anthropologie — Penn State University
- 2014 — PhD — Anthropologie — Washington University in St. Louis
Affiliations et responsabilités
Enseignement et encadrement
Enseignement
Cours siglés (session en cours uniquement)
- ANT-2440 – Génétique évolutive humaine
- ANT-3809 – Séminaire d'ethnologie
- ANT-3814 – Séminaire d'anthropologie biologique
- ANT-6810 – Séminaire d'anthropologie
Programmes
- 105010 – Baccalauréat en anthropologie
- 105020 – Majeure en anthropologie
- 105040 – Mineure en anthropologie
- 107020 – Majeure en démographie
- 122012 – Baccalauréat en neuroscience cognitive
- 205010 – Maîtrise en anthropologie
- 205012 – DESS en anthropologie
- 205060 – Microprogramme de 2e cycle en anthropologie
Projets
Projets de recherche
MultiOmic Primate Adaptation to Local Environments
MultiOmic Primate Adaptation to Local Environments
Sociocultural Foodomics of Heritage Preserved Salmon
A new model system for Assessing the socio environmental determinants of the pace of aging : leverging a long term sutdy of wild capuchins_Subaward No 1000005099
Rayonnement
Publications et communications
Publications
Orkin JD, Montague MJ, Tejada-Martinez D, de Manuel M, [18 others], Melin AD. 2021. The genomics of ecological flexibility, large brains, and long lives in capuchin monkeys revealed with fecalFACS. PNAS. 118(7): e2010632118.
Orkin JD1, Kuderna LFK1, Marques-Bonet T. 2021. The diversity of primates: from biomedicine to conservation genomics. Annual Reviews of Animal Biosciences. 9: 103-124.
Flachs A and Orkin JD. 2021. On pickles: Biological and sociocultural links between fermented foods and the human gut microbiome. Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine. 17 (39).
Orkin JD, Campos FA, Myers MS, Cheves Hernandez SE, Guadumez A, Melin AD. 2019. Seasonality of the gut microbiota of free ranging white-faced capuchins in a tropical dry forest. The ISME Journal. 13: 183-196.
Orkin JD1, Webb SE1, Melin AD. 2019. Modest to small impact of social group on the gut microbiome of wild Costa Rican capuchins in a seasonal forest. American Journal of Primatology. e22985.
Orkin JD, Yang YM, Yang CY, Yu DW, Jiang XL. 2016. Cost-effective scat-detection dogs: unleashing a powerful new tool for international mammalian conservation biology. Scientific Reports. 6(34758): 1-10.
Orkin JD and Pontzer H. 2011. The narrow niche hypothesis: gray squirrels shed new light on primate origins. American Journal of Physical Anthropology. 144: 617-624.
Disciplines
- Génomique
- Anthropologie biologique
- Biologie moléculaire
Champ d’expertise
- Génétique des populations
- Bioinformatique
- Génomique du paysage
- Primatologie
- Génomique comparative
- Écologie moléculaire
- Écologie microbienne
- Conservation de la biodiversité
- Adaptation
- Évolution
- Biodiversité
- Chine
- Madagascar
- Costa Rica
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