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Sciences de la santé; Sciences de la vie

Julie Hussin

Méthodes d'apprentissage profond en recherche biomédicale

Professeure sous octroi agrégé

Faculté de médecine - Département de médecine

Autre numéro : 514 376-3330 #2028 (Travail 1)
Autre courriel : julie.hussin@umontreal.ca (Travail)

Portrait

Expertise de recherche

Julie Hussin dirige un groupe de recherche à l’Institut de Cardiologie de Montréal (ICM). Son poste consiste à réaliser et superviser des projets de recherche en génétique des populations humaines et en génomique personnalisée. Elle organise également des activités et événements pour rejoindre les bio-informaticiens du centre de recherche et créer une synergie entre les équipes qui utilisent des méthodes statistiques et informatiques à l’ICM.

Le travail de recherche la passionne depuis des années et elle adore faire de nouvelles découvertes dans les données biologiques qui n’en finissent plus d’être générées.

Biographie

Dre Julie Hussin est professeure sous octroi adjointe au Département de médecine de l’Université de Montréal et chercheuse junior 1 du FRQS. Elle dirige le groupe de bioinformatique OMICS à l’Institut de Cardiologie de Montréal (ICM). Julie est formée en biologie computationnelle et s’intéresse particulièrement à la génétique des populations, à la recherche biomédicale et aux méthodes d’apprentissage profond.

Avant de se joindre à l’ICM, elle a été boursière postdoctorale du groupe de Peter Donnelly au Wellcome Trust Centre for Human Genetics de l’Université d’Oxford et boursière invitée au Centre d’innovation Génome Québec et à l’Université McGill. De 2009 à 2013, elle a fait son doctorat avec Philip Awadalla au Centre de recherche de l’Hôpital Sainte-Justine.

Affiliations et responsabilités

Affiliations de recherche

Unités de recherche

Membre

Établissements affiliés

  • Institut de cardiologie de Montréal (ICM)

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2024

Épistasie en médecine évolutive

Diplômé(e) : Gamache, Isabel
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2023

Approches bio-informatiques protéome-centrées pour l’étude des phénotypes complexes

Diplômé(e) : Besse, Savandara Ladyson
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2023

L’impact des mutations récurrentes du SARS-CoV-2 sur l’évasion immunitaire

Diplômé(e) : Fournelle, Dominique
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2022

Modeling meiotic recombination hotspots using deep learning

Diplômé(e) : Takla, Emad
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2022

Characterizing the impact of the mutational landscape of SARS-CoV-2 on epitope presentation and CTL

Diplômé(e) : Hamelin, David
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2022

Évaluation de l’imputation des données génétiques Canadiennes-Françaises

Diplômé(e) : Pelletier, Justin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2021

Caractérisation de deux familles de pharmacogènes, les gènes CYP3A et CYP4F

Diplômé(e) : Richard-St-Hilaire, Alex
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2020

Le cœur métabolique : la métabolomique afin de mieux caractériser l’infarctus du myocarde

Diplômé(e) : Samman, Karla N.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets

Projets de recherche

2024 - 2031

Réseau Québécois en Reproduction

Chercheur principal : Derek Boerboom , Jocelyn Dubuc
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2024 - 2028

Evolutionary and Functional Dynamics of Cytochrome P450 Genes and Pseudogenes

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT) , CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Programme NOVA pour chercheur(e)s de la relève (partenariat avec CRSNG) , PVXXXXXX-Programme NOVA pour chercheur(e)s de la relève (partenariat avec FRQNT)
2024 - 2028

Evolutionary and Functional Dynamics of Cytochrome P450 Genes and Pseudogenes

Chercheur principal : Julie Hussin
2022 - 2028

Precision medicine study of treatment options in type 2 diabetes patients without cardiovascular disease

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2022 - 2028

Study of sex-specific biological factors underlying cognitive function and cardiovascular outcomes

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2022 - 2028

Interpretable Machine Learning Approaches Applied to Omics Datasets

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2022 - 2028

Interpretable Machine Learning Approaches Applied to Omics Datasets

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(DGECR) Tremplin vers la découverte
2022 - 2028

Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial

Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subvention d'équipe
2022 - 2027

Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subventions de recherche en partenariat
2022 - 2026

Approches computationnelles multi-omiques pour la recherche sur les maladies cardiovasculaires et la COVID19

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 2
2022 - 2023

Interpretability of Deep Learning Approaches Applied to Omics Datasets

Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
2022 - 2023

Canadian Data Integration Centre

Sources de financement : Ontario Institute for Cancer Research
Programmes de subvention :
2017 - 2023

Determining the genetic and environmental factors associated with metabolic phenotypes across Canada.

Co-chercheurs : Julie Hussin
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2021 - 2022

Coronavirus Variants Rapid Response Network_CoVaRR-Net (Genomic surveillance and modeling for the COVID-19 variant endgame)

Co-chercheurs : Julie Hussin
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subvention de fonctionnement (COVID-19)
2020 - 2022

Génomique computationelle et évolutive en médecine personnalisée

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2020 - 2022

Génomique computationelle et évolutive en médecine personnalisée

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 1
2019 - 2022

Biomarqueurs pour l'insuffisance cardiaque à fraction d'éjection préservée: à la recherche de cibles pour le diagnostic et des interventions thérapeutiques grâce à la métabolomique

Chercheur principal : Christine Des Rosiers
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Pierre Chaurand , Julie Hussin
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Communauté française de Belgique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2020 - 2021

Quantitative Approaches to Understand Differential Immune Responses in COVID-19

Chercheur principal : Morgan Craig
Co-chercheurs : Julie Hussin
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subventions Alliance
2020 - 2021

Analyse de données multi-omiques en recherche cardiovasculaire

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds des leaders
2018 - 2021

Les ARNs non-codants dans la physiopathologie, la thérapie et la prognostication de la fibrillation atriale.

Chercheur principal : Stanley Nattel
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Guillaume Lettre , Laurent Macle , Julie Hussin
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Recherches sur les maladies cardiovasculaires NSFC-FRQS
2019 - 2020

Deep Learning Methods in Biomedical Research: from Genomics to Multi-Omics Approaches

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :
2019

Annotation des chromosomes sexuels de l’ornithorynque par apprentissage automatique

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018 - 2019

FICM 2018-2019

Chercheur principal : Julie Hussin
Sources de financement : Fondation de l'Institut de cardiologie de Montréal
Programmes de subvention :

Rayonnement

Publications et communications

Disciplines

  • Bio-informatique
  • Sciences biomédicales
  • Génomique
  • Épidémiologie et biostatistique
  • Informatique

Champ d’expertise

  • Bases de données informatiques
  • Fouille de données (Data mining)
  • Génétique populationnelle
  • Technologies biomédicales
  • COVID-19
  • COVID19

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