Retraité de l'Université de Montréal depuis 2005, c'est en 1969 qu'il y débute sa carrière. Il y enseigne tout d'abord le droit administratif, puis le droit du travail. Il est nommé arbitre de grief en 1970 et concilie dès lors une certaine pratique du droit avec ses tâches universitaires.

Au fil des ans, M^e Gagnon a assumé différentes fonctions et participé à un certain nombre de projets de recherche. En 1977, il a agi comme secrétaire de la Commission Martin-Bouchard dont les travaux portaient sur les relations de travail dans les secteurs public et parapublic. Puis, au cours des années 1987 à 1989, il a présidé une commission d'enquête dont les travaux portaient cette fois sur des allégations d'abus sexuels commis sur des enfants résidant dans un centre d'accueil de la région de Montréal. En 1988, il a œuvré à titre d'arbitre concernant les litiges portant sur les bénéfices de retraite des juges de la Cour du Québec. Me Gagnon a aussi été membre du Bureau fédéral d'information des consommateurs sur la mise en œuvre de la taxe sur les produits et services au cours des années 1990 et 1991.