Passer au contenu

/ La recherche

Je donne

Rechercher

Sciences de la santé

Nicolas Lartillot

Génétique évolutive et Phylogénie moléculaire

Portrait

Expertise de recherche

Thèmes

    Génétique évolutive
    Phylogénie moléculaire
    Inférence Bayésienne
    Chaînes de Markov Monte Carlo

Une des questions fondamentales de la théorie de l’évolution est de comprendre comment l’incroyable diversité morphologique des êtres vivants observée sur la planète a pu être produite au cours des temps géologiques.
Génétique évolutive

Dans cette optique, un premier enjeu de notre recherche est de mieux cerner les mécanismes de l’évolution génétique, à savoir, comment les processus de mutation, de recombinaison, de dérive et de sélection s’articulent entre eux, résultant en une divergence progressive des génomes des différents organismes.

En pratique, nous nous appuyons sur les principes de l’inférence Bayésienne, pour construire des modèles probabilistes de l’évolution des séquences génétique. Ces modèles sont implémentés en utilisant des algorithmes de Chaînes de Markov Monte Carlo, et sont testés sur des données de séquences génomiques provenant d’une grande variété d’organismes.
Phylogénie moléculaire

Un second objectif de recherche, lié au premier, est d’appliquer les modèles d’évolution ainsi construits à la reconstruction phylogénétique, à savoir, la reconstruction des relations de parentés entre espèces vivantes. Les modèles d’évolution actuellement utilisés en phylogénie ne sont pas totalement satisfaisants: trop simples, et ne décrivant pas correctement certains aspects essentiels des processus évolutifs réels, ils conduisent souvent à des reconstructions fausses.

Partant de ce constat, un des objectifs essentiels de notre travail est de proposer des modèles plus adéquats, prenant par exemple en compte les variations de la pression de sélection à la fois le long des séquences et au cours du temps. Ces modèles sont implémentés et sont testés pour leur capacité à améliorer la fiabilité des reconstructions phylogénétiques dans des cas difficiles, pour lesquels les modèles actuels ne donnent pas de résultats satisfaisants.

Affiliations et responsabilités

Affiliations de recherche

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2018

Bayesian codon models for detecting convergent molecular adaptation

Diplômé(e) : Parto, Sahar
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2014

Évolution moléculaire : un modèle Markov-modulé pour les processus de substitution

Diplômé(e) : Fournier, Eric
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2013

Estimation des corrélations phylogénétiques entre paramètres d'évolution moléculaire et Traits d'histoire de vie

Diplômé(e) : Poujol, Raphael
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M.A.
2010

Statistical potentials for evolutionary studies

Diplômé(e) : Kleinman, Claudia L.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

Projets

Projets de recherche

2010 - 2016

TRAINING PROGRAM IN CELLULAR DYNAMICS OF MACROMOLECULAR COMPLEXES

Chercheur principal : Christian Baron
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PV118026-FONCER : Prog. formation orientée nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche
2009 - 2013

BAYESIAN MODELS FOR LONG-RANGE POPULATION GENETICS

Chercheur principal : Nicolas Lartillot
2009 - 2013

BAYESIAN MODELS FOR LONG-RANGE POPULATION GENETICS

Chercheur principal : Nicolas Lartillot
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

Rayonnement

Publications et communications

Disciplines

  • Statistiques

Champ d’expertise

  • Aires protégées
  • Biodiversité et biocomplexité
  • Biogéographie
  • Biorestauration
  • Écosystème (terrestre et aquatique)
  • Espèces menacées ou vulnérables
  • Études actuarielles
  • Évolution et phylogénie
  • Fouille de données (Data mining)
  • Inférence paramétrique et non paramétrique
  • Méta-analyse
  • Paysage et restauration
  • Processus écologique et écophysiologique
  • Processus stochastiques
  • Statistiques théoriques
  • Théorie de la probabilité