Profile
Research expertise
Les identités cellulaires peuvent être considérées comme un paysage d’états attracteurs. Dans ce modèle, l’espace total de tous les états moléculaires possibles est rythmé par un petit nombre d’états stables (« états attracteurs »), définis par des réseaux de régulation génétique auto-renforçants. Comme la probabilité qu’une cellule à un moment donné existe dans un état moléculaire donné est proportionnelle à la stabilité de cet état, nous pouvons visualiser l’espace moléculaire comme un paysage de probabilité similaire au concept des paysages de Waddington. Comprendre les réseaux associés à ces états attracteurs et comment ils changent au cours des transitions identitaires permettrait de manipuler les cellules dans des états avantageux, ou loin des nuisibles. L’objectif principal de mon programme de recherche est de questionner plusieurs questions liées à ces concepts: Y a-t-il un seul chemin entre deux états ou y en a-t-il plusieurs? Comment un état de départ donné influence-t-il la probabilité de transition et le chemin? Existe-t-il des états attracteurs intermédiaires communs dans plusieurs transitions?
La reprogrammation cellulaire / différenciation directe nécessite une perte des caractéristiques différenciées existantes, suivie de l’activation d’un nouveau programme permettant d’établir la nouvelle identité cellulaire fonctionnelle. Ce processus contient toutes les étapes mécaniques nécessaires pour comprendre la détermination de l’identité et représente donc un modèle idéal pour comprendre la base moléculaire de l’identité cellulaire. Nous utilisons une combinaison de techniques analytiques monocellulaires et de circuits génétiques synthétiques pour manipuler les déterminants moléculaires de l’identité cellulaire et mesurer les effets de ces perturbations. Les connaissances acquises grâce à ces études amélioreront notre capacité à produire des types de cellules thérapeutiquement pertinents, à mieux comprendre comment l’identité cellulaire peut être perturbée lors de l’oncogenèse et à identifier de nouvelles cibles pour une intervention thérapeutique.
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Teaching and supervision
Teaching
Projects
Research projects
The Terry Fox New Frontiers Program Project Grant in Strategies to Divert Malignant Potentials in Acute Leukemia
Precise HLA Gene Editing to Extend Transplants To Underserved Patients
Precise HLA Gene Editing to Extend Transplants To Underserved Patients
Modélisation in vitro des mutations leucémiques associées au vieillissement et de leurs interactions microenvironnementales
Methods development for the measurement of single-cell molecular state
Methods development for the measurement of single-cell molecular state
Understanding the cellular mechanisms of age associated clonal hematopoiesis
Cellular engineering to enhance T cell production from pluripotent stem cells
Modeling the progression from clonal hematopoiesis to leukemia
Caractérisation fonctionnelle et mécanistique de l'établissement et la perte de l'identité cellulaire
Caractérisation fonctionnelle et mécanistique de l'établissement et la perte de l'identité cellulaire
Standardization of iPSC quality by optimization of the peripheral blood reprogramming process.
Enabling a platform for customized pluripotent stem cell derived T-cell therapies
Exploration de la mécanique moléculaire soutenant l'établissement et de la perte d'identité cellulaire fonctionnelle
Versement additionnel COVID-19 pour un étudiant Caractérisation fonctionnelle et mécanistique de l'établissement et la perte de l'identité cellulaire
Supplément COVID-19 CRSNG_Methods development for the measurement of single-cell molecular state
Outreach
Publications and presentations
Publications
- Knapp, D.J.H.F., Michaels, Y.S., Jamilly, M., Ferry, Q.R.V., Barbosa, H., Milne, T.A., and Fulga, T.A. (2019). Decoupling tRNA promoter and processing activities enables specific Pol-II Cas9 guide RNA expression. Nature Communications 10, 1490.
- Knapp, D.J.H.F., Hammond, C.A., Wang, F., Aghaeepour, N., Miller, P.H., Beer, P.A., Pellacani, D., VanInsberghe, M., Hansen, C., Bendall, S.C., et al. (2019). A topological view of human CD34+ cell state trajectories from integrated single-cell output and proteomic data. Blood 133, 927–939.
- Knapp, D.J.H.F., Hammond, C.A., Hui, T., van Loenhout, M.T.J., Wang, F., Aghaeepour, N., Miller, P.H., Moksa, M., Rabu, G.M., Beer, P.A., et al. (2018). Single-cell analysis identifies a CD33+ subset of human cord blood cells with high regenerative potential. Nat. Cell Biol. 20, 710–720.
- Knapp, D.J.H.F., Hammond, C.A., Aghaeepour, N., Miller, P.H., Pellacani, D., Beer, P.A., Sachs, K., Qiao, W., Wang, W., Humphries, R.K., et al. (2017). Distinct signaling programs control human hematopoietic stem cell survival and proliferation. Blood 129, 307–318.
- Knapp, D.J.H.F., Kannan, N., Pellacani, D., and Eaves, C.J. (2017). Mass Cytometric Analysis Reveals Viable Activated Caspase-3(+) Luminal Progenitors in the Normal Adult Human Mammary Gland. Cell Rep 21, 1116–1126.
Disciplines
- Cell Biology
- Medical Genetics
Areas of expertise
- Cell
- Cellular Differentiation
- Molecular Genetics
- Oncogenes
- Gene Therapy
- COVID-19
- COVID19
Aide en ligne pour votre profil | Nous joindre
Le Répertoire des professeurs est propulsé par les données du SADVR et est un projet du CENR.