Nadia El-Mabrouk
Génétique évolutive du développement et bio-informatique
- Professeure titulaire
-
Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle
André-Aisenstadt, local 3163
Portrait
Expertise de recherche
Malgré la remarquable unité des principaux composants du monde vivant (ADN, ARN, code génétique), nous ne sommes probablement pas encore assez conscient de toute la diversité des structures génomiques existantes, ni de la diversité des modes d'évolution les générant. En plus des substitutions, insertions et délétions ponctuelles, les génomes évoluent par une multitude de mécanismes tels que réarrangements, transferts horizontaux, pertes de gènes, hybridation, duplications simples, segmentales ou même de génomes entiers. Par la comparaison de génomes, il est possible d'inférer des scénarios d'évolution pour des familles de gènes, des clusters ou des génomes entiers, et de prédire les les charactéristiques des génomes ancestraux. En plus de permettre de documenter l'histoire de l'évolution de la vie sur terre, l'inférence d'histoires évolutives permet de répondre à une multitude de questions biologiques concernant la fonction des gènes et les spécificités génétiques des espèces. Chaque problème, chaque type de mutation (ou combinaison de mutations), nécessite une modélisation spécifique et donne lieu à des développements algorithmiques, combinatoires, statistiques, mathématiques différents. C'est à ces problèmes que nous nous consacrons.
Biographie
Nadia El-Mabrouk est professeure titulaire au département d'informatique de l'Université de Montréal. Elle detient un Ph.D. en Informatique théorique de l'universite Paris VII, obtenu en 1996. Elle est membre du Centre de Recherche Mathematiques et du Centre Robert Cedergren . Son domaine de recherche est la biologie computationnelle. Ses projets de recherche principaux sont reliés au developpement de méthodes algorithmiques et mathematiques pour la génomique comparative. Elle œuvre regulièrement dans les comité de programme des conférences de Bio-informatiques telles que RECOMB, RECOMB-CG, ISMB, ECCB et WABI.
Prix et distinctions
- Prix Condorcet-Dessaulles du Mouvement laïque québécois (MLQ) - 2018
Pour en savoir plus…
- 22-11-2017 Texte d'opinion signé par Nadia El-Mabrouk au sujet de la neutralité religieuse
- 18-01-2018 Texte d'opinion de Nadia El-Mabrouk sur l'éducation à la sexualité
- 06-02-2018 Au Québec, l’attentat contre la mosquée a laissé des traces. Nadia El-Mabrouk
- 03-12-2018 Nadia El-Mabrouk reçoit le prix Condorcet-Dessaulles
- Briser les stéréotypes à l'égard des mathématiques et de l'informatique
Affiliations et responsabilités
Affiliations de recherche
Unités de recherche
Membre
Enseignement et encadrement
Enseignement
Cours siglés (session en cours uniquement)
- BIN-6000 – Algorithmes en bio-informatique génomique
- IFT-3295 – Bio-informatique
- IFT-4055 – Projet informatique honor
- IFT-6291 – Bio-informatique génomique
Programmes
- 117510 – Baccalauréat en informatique
- 117520 – Majeure en informatique
- 119110 – Baccalauréat en mathématiques et informatique
- 119110 – Baccalauréat en mathématiques et informatique
- 120510 – Baccalauréat en physique et informatique
- 120510 – Baccalauréat en physique et informatique
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 217510 – Maîtrise en informatique
- 246810 – Maîtrise en bio-informatique
Encadrement
Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)
Edit distance metrics for measuring dissimilarity between labeled gene trees
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Assessing the robustness of genetic codes and genomes
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Méthodes et algorithmes pour l’amélioration de l’inférence de l’histoire évolutive des génomes
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Évolution des génomes par mutations locales et globales : une approche d’alignement
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Approches algorithmiques pour l’inférence d’histoires de duplication en tandem avec inversions et délétions pour des familles multigéniques
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Recherche de snoRNAs de type C/D dans le génome de S.cerevisiae en corrélation avec le signal de reconnaissance à l'enzyme RNT1p
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Recherche de structures secondaires dans les séquences biologiques
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Algorithmes pour le réarrangement des génomes par inversions
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Projets
Projets de recherche
Algorithmic approaches for phylogenomics
Centre de recherches mathématiques (CRM)
An algorithmic framework for gene family evolution
CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)
Prédiction automatique de modifications du code génétique et de l’ARN messager
EVOLUTION OF GENOME ORGANIZATION
EVOLUTION DES GENES D'ARN DE TRANSFERT A L'ECHELLE GENOMIQUE
CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)
ALGORITHMS FOR THE INFERENCE OF GENE FAMILY EVOLUTION
Rayonnement
Publications et communications
Disciplines
- Informatique
- Bio-informatique
- Génétique
Champ d’expertise
- Algorithmique
- Évolution (Biologie)
- Famille multigénique
- Bio-informatique
- Génomique comparative
- Optimisation combinatoire
- Réarrangement de génomes
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