Martin Smith
Harmonisation de technologies génomiques et d'outils en IA pour la médecine moléculaire
- Professeur sous octroi adjoint
-
Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire
Profile
Research expertise
Je m’intéresse à l’étude de la biologie des génomes et des mécanismes de régulation de l’activité génique. Ma recherche porte principalement sur la caractérisation et le profilage transcriptomique en combinant le développement d’outils bio-informatiques au séquençage unimoléculaire en temps réel. Un des principaux objectifs de mon laboratoire consiste à traduire les plus récentes technologies génomiques afin d'établir des nouvelles applications pour la médecine moléculaire spéciaslisée.
Biography
Après avoir obtenu mon diplôme en microbiologie et en immunologie de l’Université de Montréal, j’ai fait une maîtrise en bio-informatique qui portait sur l’étude des séquences régulatrices dans les génomes de parasites protozoaires. J’ai ensuite fait un doctorat à l’Université du Queensland en Australie.
Mes travaux ont porté sur l’utilisation d’outils de bio-informatique et de génomique comparative pour détecter des structures secondaires d’ARN conservées dans le génome humain au cours de l’évolution dans le but de faciliter la caractérisation des longs ARN non codants.
Ma formation postdoctorale s’est poursuivie au Garvan Institute of Medical Research à Sydney (Australie). J’y ai travaillé sur le développement d’algorithmes et de chaînes de traitement de données pour l’analyse transcriptomique grâce à diverses technologies de séquençage d’ARN à haut débit.
C’est ainsi que j’ai découvert le séquençage par nanopores. Ma recherche s’est concentrée sur cette plateforme technologique en tant que directeur du programme de technologies génomiques au Centre Kinghorn de Génomique Clinique à l’Institut Garvan en 2017.
Awards and recognitions
- Prix de performance du pré-incubateur d’entreprises CSIRO OnPrime
- Prix d’innovation Palmer Foundation
- Premier à séquencer une mégabase d’ADN contiguë
- Finaliste de la compétition de démarrage d’entreprise MedTech’s Got Talent
- Bourse de voyage de l’Association Brésilienne de Bio-informatique et de Biologie Computationelle
- Bourse de voyage Heliflite Young Explorer
- Bourse d’études UQRS de l’Université du Queensland et IPRS du gouvernement australien.
- Meilleure affiche niveau Maîtrise, Colloque de bio-informatique Robert Cedergren
- Prix de performance, Faculté des Arts et Sciences, Université de Montréal
education
- 2012 — PhD — Génomique — University of Queensland
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Research units
Membre
Affiliated institutions
- Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine (CHU Sainte-Justine)
Teaching and supervision
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
Classification de transcrits d’ARN à partir de données brutes générées par le séquençage par nanopores
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
Deciphering the structurefunction relationships of long noncoding RNAs
Deciphering the structurefunction relationships of long noncoding RNAs
Regroupement en intelligence artificielle appliquée aux soins aigus de l'enfant
Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.
Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.
Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.
Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.
Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.
Versement additionnel COVID-19 pour un étudiant Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.
REinfection dans l'estimation du risque de COVID-19 (RECOVER) - Phase 2/Vaccin.
Génomique et dynamique cellulaire
Real-time classification and interactive sampling of single-molecules for the selective enrichment of cellular populations with nanopore sequencing
Interactive single-molecule real-time sequencing for genomic medicine
Fonds de démarrage
Outreach
Publications and presentations
Publications
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Gamaarachchi H, Samarakoon H, Jenner SP, Ferguson JM, Amos TG, Hammond JM, Saadat H, Smith MA, Parameswaran S, Deveson IW. SLOW5: A new file format enables massive acceleration of nanopore sequencing data analysis. Nature Biotechnology (in press) 2021
-
Parée B*, Rozendaal M*, Morin S, Kaufmann L, Simpson SM, Poujol R, Mostefai F, Grenier JC, Xing H, Sanchez M, Yechouron A, Racette R, Pavlov I*, Smith MA*. Patient health records and whole viral genomes from an early SARS-CoV-2 outbreak in a Quebec hospital reveal features associated with favorable outcomes. PLoS ONE 16(12):e0260714 2021
-
Singh M*, Al-Eryani G*, Carswell S, Ferguson JM, Blackburn J, Barton K, Roden D, Luciani F, Phan T, Junankar S, Jackson K, Goodnow CC*, Smith MA*, Swarbrick A*. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nature Communications 10(1):3120 2019
-
Hardwick SA*, Bassett SD*, Kaczorowski D, Blackburn J, Barton K, Bartonicek N, Carswell SL, Tilgner HU, Loy C, Halliday G, Mercer TR, Smith MA*, Mattick JS*. Targeted, high-resolution RNA sequencing of non-coding genomic regions associated with neuropsychiatric functions. Frontiers in Genetics 10:309 2019
- Gamaarachchi H, Parameswaran S, Smith MA. Featherweight long read alignment using partitioned reference indexes. Scientific Reports, 9(1):4318 2019
- Smith MA*, Seemann SE*, Quek XC, Mattick JS. DotAligner: identification and clustering of RNA structure motifs. Genome Biology 18(1):244 2017
- Lu Z, Qiangfeng CZ, Lee B, Smith MA, Robinson J, Davidovich C, Gooding AR, Goodrich K, Mattick JS, Mesirov JP, Cech T, Chang HY. RNA duplex map in living cells reveals higher order transcriptome structure. Cell 165(5):1267-1279 2016
- Smith MA, Gesell T, Stadler PF, Mattick JS. Widespread purifying selection for RNA structure in mammals. Nucleic Acids Res 41(17):8220-36 2013
Communications
- « Dissecting RNA Biology, one molecule at a time »
London Calling Nanopore Conference, London, UK
Long Read Conference, Dunedin, New-Zealand - « Targeted Long-read Single Cell Sequencing of Tumour and Immune Cells »
Nanopore Community Meeting, San Francisco, USA
« Massively multiplexed targeted long-read single cell sequencing for deep phenotyping of tumour and immune cell repertoires »
QMB Cancer, Queenstown, New-Zealand 2018 - « Mapping recurring RNA structures to navigate the uncharted genome »
Computational RNA Biology, Wellcome Trust, Hinxton, UK
Disciplines
- Bioinformatics
- Genomics
- Clinical Sciences
- Molecular Biology
- Biomedical Engineering
Areas of expertise
- Genome
- Genomics
- Bioinformatics
- Gene Regulation and Expression
- Biomedical Technologies
- COVID-19
- COVID19