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Health Sciences; Medical Sciences; Life Sciences; Information and Communication Technologies

Martin Smith

Harmonisation de technologies génomiques et d'outils en IA pour la médecine moléculaire

Professeur sous octroi adjoint

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

martin.smith@umontreal.ca

Secondary number: 514 345-4931 #2544 (Travail 1)

Profile

Research expertise

Je m’intéresse à l’étude de la biologie des génomes et des mécanismes de régulation de l’activité génique. Ma recherche porte principalement sur la caractérisation et le profilage transcriptomique en combinant le développement d’outils bio-informatiques au séquençage unimoléculaire en temps réel. Un des principaux objectifs de mon laboratoire consiste à traduire les plus récentes technologies génomiques afin d'établir des nouvelles applications pour la médecine moléculaire spéciaslisée. 

Biography

Après avoir obtenu mon diplôme en microbiologie et en immunologie de l’Université de Montréal, j’ai fait une maîtrise en bio-informatique qui portait sur l’étude des séquences régulatrices dans les génomes de parasites protozoaires. J’ai ensuite fait un doctorat à l’Université du Queensland en Australie.

Mes travaux ont porté sur l’utilisation d’outils de bio-informatique et de génomique comparative pour détecter des structures secondaires d’ARN conservées dans le génome humain au cours de l’évolution dans le but de faciliter la caractérisation des longs ARN non codants.

Ma formation postdoctorale s’est poursuivie au Garvan Institute of Medical Research à Sydney (Australie). J’y ai travaillé sur le développement d’algorithmes et de chaînes de traitement de données pour l’analyse transcriptomique grâce à diverses technologies de séquençage d’ARN à haut débit.

C’est ainsi que j’ai découvert le séquençage par nanopores. Ma recherche s’est concentrée sur cette plateforme technologique en tant que directeur du programme de technologies génomiques au Centre Kinghorn de Génomique Clinique à l’Institut Garvan en 2017.

Awards and recognitions

  • Prix de performance du pré-incubateur d’entreprises CSIRO OnPrime
  • Prix d’innovation Palmer Foundation
  • Premier à séquencer une mégabase d’ADN contiguë
  • Finaliste de la compétition de démarrage d’entreprise MedTech’s Got Talent
  • Bourse de voyage de l’Association Brésilienne de Bio-informatique et de Biologie Computationelle
  • Bourse de voyage Heliflite Young Explorer
  • Bourse d’études UQRS de l’Université du Queensland et IPRS du gouvernement australien.
  • Meilleure affiche niveau Maîtrise, Colloque de bio-informatique Robert Cedergren
  • Prix de performance, Faculté des Arts et Sciences, Université de Montréal

education

  • 2012 — PhD — GénomiqueUniversity of Queensland

Affiliations and responsabilities

Research affiliations

Research units

Membre

Affiliated institutions

  • Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine (CHU Sainte-Justine)

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

Projects

Research projects

2022 - 2028

Deciphering the structurefunction relationships of long noncoding RNAs

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(DGECR) Tremplin vers la découverte
2022 - 2028

Deciphering the structurefunction relationships of long noncoding RNAs

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2022 - 2026

Regroupement en intelligence artificielle appliquée aux soins aigus de l'enfant

Lead researcher : Philippe Jouvet
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Regroupement stratégique
2022 - 2024

Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.

Lead researcher : Martin Smith
Co-researchers : Thai Hoa Tran
Funding sources: COLE Foundation/Fondation Cole
Grant programs:
2022 - 2024

Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.

Lead researcher : Martin Smith
Co-researchers : Thai Hoa Tran
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2022 - 2024

Nanopores et médecine de précision : un diagnostic quasi-instantané pour accélérer la prise en charge des patients atteints de leucémie.

Lead researcher : Martin Smith
Co-researchers : Thai Hoa Tran
Funding sources: Fondation Charles Bruneau
Grant programs:
2020 - 2024

Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.

Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 1
2020 - 2024

Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2020 - 2024

Versement additionnel COVID-19 pour un étudiant Profilage génomique et transcriptomique en temps réel.

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Crédits de relance économique – Soutien chercheurs et chercheuses
2021 - 2023

REinfection dans l'estimation du risque de COVID-19 (RECOVER) - Phase 2/Vaccin.

Lead researcher : Caroline Quach-Thanh
Funding sources: Santé Canada
Grant programs:
2020 - 2023

Génomique et dynamique cellulaire

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: COLE Foundation/Fondation Cole
Grant programs:
2022

Real-time classification and interactive sampling of single-molecules for the selective enrichment of cellular populations with nanopore sequencing

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds Nouvelles frontières en recherche - Exploration
2021 - 2022

Interactive single-molecule real-time sequencing for genomic medicine

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds des leaders
2019 - 2022

Fonds de démarrage

Lead researcher : Martin Smith
Funding sources: Fondation de l'Hôpital Ste-Justine
Grant programs:

Outreach

Publications and presentations

Publications

  • Gamaarachchi H, Samarakoon H, Jenner SP, Ferguson JM, Amos TG, Hammond JM, Saadat H, Smith MA, Parameswaran S, Deveson IW. SLOW5: A new file format enables massive acceleration of nanopore sequencing data analysis. Nature Biotechnology (in press) 2021

  • Parée B*, Rozendaal M*, Morin S, Kaufmann L, Simpson SM, Poujol R, Mostefai F, Grenier JC, Xing H, Sanchez M, Yechouron A, Racette R, Pavlov I*, Smith MA*. Patient health records and whole viral genomes from an early SARS-CoV-2 outbreak in a Quebec hospital reveal features associated with favorable outcomes. PLoS ONE 16(12):e0260714 2021

  • Singh M*, Al-Eryani G*, Carswell S, Ferguson JM, Blackburn J, Barton K, Roden D, Luciani F, Phan T, Junankar S, Jackson K, Goodnow CC*, Smith MA*, Swarbrick A*. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nature Communications 10(1):3120 2019

  • Hardwick SA*, Bassett SD*, Kaczorowski D, Blackburn J, Barton K, Bartonicek N, Carswell SL, Tilgner HU, Loy C, Halliday G, Mercer TR, Smith MA*, Mattick JS*. Targeted, high-resolution RNA sequencing of non-coding genomic regions associated with neuropsychiatric functions. Frontiers in Genetics 10:309 2019

  • Gamaarachchi H, Parameswaran S, Smith MA. Featherweight long read alignment using partitioned reference indexes. Scientific Reports, 9(1):4318 2019
  • Smith MA*, Seemann SE*, Quek XC, Mattick JS. DotAligner: identification and clustering of RNA structure motifs. Genome Biology 18(1):244 2017
  • Lu Z, Qiangfeng CZ, Lee B, Smith MA, Robinson J, Davidovich C, Gooding AR, Goodrich K, Mattick JS, Mesirov JP, Cech T, Chang HY. RNA duplex map in living cells reveals higher order transcriptome structure. Cell 165(5):1267-1279 2016
  • Smith MA, Gesell T, Stadler PF, Mattick JS. Widespread purifying selection for RNA structure in mammals. Nucleic Acids Res 41(17):8220-36 2013

Communications

  • « Dissecting RNA Biology, one molecule at a time »
    London Calling Nanopore Conference, London, UK
    Long Read Conference, Dunedin, New-Zealand
  • « Targeted Long-read Single Cell Sequencing of Tumour and Immune Cells »
    Nanopore Community Meeting, San Francisco, USA
    « Massively multiplexed targeted long-read single cell sequencing for deep phenotyping of tumour and immune cell repertoires »
    QMB Cancer, Queenstown, New-Zealand 2018
  • « Mapping recurring RNA structures to navigate the uncharted genome »
    Computational RNA Biology, Wellcome Trust, Hinxton, UK

Disciplines

  • Bioinformatics
  • Genomics
  • Clinical Sciences
  • Molecular Biology
  • Biomedical Engineering

Areas of expertise

  • Genome
  • Genomics
  • Bioinformatics
  • Gene Regulation and Expression
  • Biomedical Technologies
  • COVID-19
  • COVID19