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Natural Sciences and Engineering; Health Sciences

Gertraud Burger

Evolution of the eukaryotic cell and how it functions at the molecular level

Professeure titulaire

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Roger-Gaudry, room H307-13

514 343-7936

gertraud.burger@umontreal.ca

Secondary number: 514 343-2210 (Télécopieur)

Profile

Research expertise

Global Theme

  • How did the different life forms we know today evolve?
  • In which aspects do their cells function differently at the molecular level?

Genome Evolution

We are studying nuclear genomes of primitive eukaryotes, to establish the different tracks in genome diversification. In turn, the investigation of mitochondrial genomes aims at tracing back the transition from an endosymbiotic bacterium to an integral substructure of the eukaryotic cell..

Molecular Mechanisms

We have discovered a most unusual mode of gene expression in a micro-eukaryotes, which involves massive RNA editing and trans-splicing. Our aim is to uncover the underlying biochemical mechanisms and to dissect the molecular machineries.

Symbioses – principles and applications

The chosen system is cranberry and its microbes – multiple bacterial and fungal species living together in their host, inside plant cells. These microbes affect growth, nutrient assimilation, and pathogen susceptibility of the plant. The project aims at the isolation and classification of endosymbionts that are beneficial to cranberries, and also at field trials to test ‘biofertilisation’ and ‘biocontrol’ of selected microbes. Further, sequencing of microbe genomes will determine the genes involved in beneficial effects on the plant. These two aspects will be performed by our collaborators. Our laboratory will conduct transcriptomics (i) to establish the effect of microbes on plant gene expression, and (ii) to study the host-microbe and microbe-microbe crosstalk.

Experimental Approaches

Our principal experimental approaches are genomics and transcriptomics joined with bioinformatics analyses (assembly and functional annotation of ‘Omes; prediction of protein subcellular localization); proteomics, ARN biochemistry, and general molecular biology.

My research projects include multi-disciplinary, national and international collaborations.

Selected Publications

  • Burger G, Moreira S, Valach M (2016) “Genes in hiding”. Trends Genet 32(19)535-565
  • Burger G, Gray MW, Forget L, Lang BG (2013) “A strikingly bacteria-like and gene-rich mitochondrial genome is a hallmark of jakobid protists.” Genome Biol Evol 5:418
  • Shen YQ, Burger G (2010) “TESTLoc: protein subcellular localization prediction from EST data.” BCM Bioinformatics 11:563

Biography

BSc et MSc en biologie, doctorat et habilitation en génétique & microbiologie, Ludwig-Maximilian Universität, München, Allemagne

Stages post-doctoraux en Allemagne, Canada, Etats-Unis, France, Italie

Chercheure associée, CNRS, microbiologie, Université Paris-Sud, France

Chercheure associée, biochimie, UdeM

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Affiliations and responsabilities

Research affiliations

University service and activities

Activities within organizations or entities of the institution

Conception et implémentation des programmes d'études (1er, 2ème, et 3ème cycle) de bio-informatique a l'UdeM

Présidente des comités des études en bio-informatique 2000-2015

Présidente du comité de bourses stratégiques du IRSC-Génétique en bio-informatique 2004-2010

Membre de différents comités factultaires tels que de comités aviseurs et d’autoévaluation, de groupes de travail, etc.

Membre fondateur du Centre Robert-Cedergren en bio-informatique et génomique.

Teaching and supervision Currently recruiting

Recruitment in research Currently recruiting

Poste de doctorant en bio-informatique disponible

Student supervision

Post-doctoral Supervision

Supervision de stagiaires postdoctoraux en bio-informatique et en biochimie

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2018

An approach to improved microbial eukaryotic genome annotation

Graduate : Sarrasin, Matthew
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2018

The small subunit of the mitoribosome from Andalucia godoyi : isolation and study of its protein composition

Graduate : Gonzalez-Alcazar, Jose Angel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2017

Décodage de l'expression de gènes cryptiques

Graduate : Moreira, Sandrine
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2013

Processus post-transcriptionnels inédits dans la mitochondrie des diplonémides

Graduate : Kiethega, Nabonswende Georgette
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2011

Study of cox1 trans-splicing in Diplonema papillatum mitochondria

Graduate : Yan, Yifei
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2010

In silico analysis of mitochondrial proteins

Graduate : Shen, Yaoqing
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2008

Molecular protein function prediction using sequence similarity-based and similarity-free approaches

Graduate : Kannan, Sivakumar
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2007

Evolution of C2H2-Zinc finger genes in mammalian genomes

Graduate : Tadepally, Hamsa Dhwani
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2007

Structure et expression des gènes mitochondriaux de Diplonema papillatum

Graduate : Marande, William
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2006

Étude de l'évolution de la structure des génomes mitochondriaux chez les Euglenozoa

Graduate : Roy, Joannie
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Theses and dissertation supervision

Supervision de doctorants en bio-informatique et en biochimie

Supervision d'étudiants à la maîtrise en bio-informatique et en biochimie

Stages and Others

Supervision de stages de 1er et de 2ème cycle en bio-informatique et biochimie

Jury Member

Participation à plus de 35 jurys et comités de thèses

Projects

Research projects

2019 - 2025

Unorthodox information processing systems in mitochondria

Lead researcher : Gertraud Burger
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , Michel Dorais , Brandon Findlay
Funding sources: Entreprises Gillivert inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Funding sources: Pampev inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , Michel Dorais , Brandon Findlay , Martine Dorais
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG) , Université de Montréal
Grant programs: PVX20973-(RDC-CRD) Partenariat de recherche / Subvention de recherche et développement coopérative ,
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Funding sources: Transport Gaston Nadeau inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Funding sources: Pampev inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Funding sources: Transport Gaston Nadeau inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Funding sources: Canneberges Bieler inc.
Grant programs:
2018 - 2022

Génomique comparative d’une lignée d’eucaryotes ancienne: les jakobides

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , David Morse
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2017 - 2020

Diplonemid

Lead researcher : Gertraud Burger
Co-researchers : Julius Lukes , Patrick Keeling
Funding sources: Gordon and Betty Moore Foundation
Grant programs:
2014 - 2020

BACTERIA-LIKE INFORMATION PROCESSING IN ANCESTRAL MITOCHONDRIA

Lead researcher : Gertraud Burger
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015 - 2016

DIPLONEMID

Lead researcher : Gertraud Burger
Co-researchers : Julius Lukes
Funding sources: Gordon and Betty Moore Foundation
Grant programs:
2006 - 2016

MECHANISMS OF MICROBIAL RNA TRANS-SPLICING AND EDITING - AN INTEGRATED GENOMICS AND BIOINFORMATICS APPRAOCH

Lead researcher : Gertraud Burger
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2011 - 2015

GENOREM IMPROVING BIOREMEDIATION OF POLLUTED SOILS THROUGH ENVIRONMENTAL GENOMICS

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:

Outreach

Organisation d’événements

Organisation de l'annuel colloque bio-informatique Robert Cedergren 2005 - 2010

Participation à des jurys (hors de l’institution)

Participation à des jurys de thèse de Dalhousie University et University of British Columbia.

Publications and presentations

Publications

PUBLICATIONS CHOISIES

  • Burger G, Moreira S, Valach M (2016) “Genes in hiding”. Trends Genet 32(19)535-565
  • Burger G, Gray MW, Forget L, Lang BG (2013) “A strikingly bacteria-like and gene-rich mitochondrial genome is a hallmark of jakobid protists.” Genome Biol Evol 5:418
  • Shen YQ, Burger G (2010) “TESTLoc: protein subcellular localization prediction from EST data.” BCM Bioinformatics 11:563
     

En voir plus sur : http://megasun.bch.umontreal.ca/People/burger/pubs.html 

Disciplines

  • Molecular Biology
  • Computer Science
  • Genetics
  • Cell Biology
  • Bioinformatics

Areas of expertise

  • Genomics
  • Proteomics
  • Bioinformatics
  • Microorganisms
  • Protist
  • Evolution and Phylogenesis
  • Gene Regulation and Expression
  • Chromosomes: Structure / Organization
  • Biological and Biochemical Mechanisms
  • Bioremediation