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Health Sciences; Medical Sciences

Franz Bernd Lang

Génomique, bio-informatique et évolution

Professeur titulaire

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Roger-Gaudry, room H307-15

514 343-5842

franz.lang@umontreal.ca

Secondary number: 514 343-2210 (Télécopieur)

Profile

Research expertise

Thèmes 

  • Bactéries et champignons symbiotiques
  • Génomes et évolution de gènes
  • Bioinformatique, génomique, transcriptomique et protéomique

BACTÉRIES ET CHAMPIGNONS SYMBIOTIQUES

Les organismes multicellulaires comme les plantes et les animaux interagissent fréquemment avec des microbes symbiotiques. Ces derniers vont de bénéfiques à pathogènes et peuvent vivre dans les tissus, dans les cellules, ou au contact externe. Nous nous intéressons particulièrement aux symbiotes bénéfiques aux végétaux, afin de comprendre comment ils coopèrent avec leur hôte, au moyen du séquençage et de l’analyse de leurs génomes, transcriptomes et protéomes. Ce projet est d’une grande portée pour une agriculture durable - le remplacement des produits agro-chimiques par les bio-pesticides et les engrais minéraux par la bio-fertilisation.  

GÉNOMES ET EVOLUTION DE GÈNES

Comprendre l'architecture du génome, le contenu en gènes et l'expression génique - dans un contexte évolutif - est à la base de la compréhension des organismes vivants. Nous nous intéressons à un large éventail de bactéries, champignons et eucaryotes unicellulaires, particulièrement les espèces symbiotiques des plantes, de même qu’aux eucaryotes primitifs nous permettant de retracer l'origine des eucaryotes. Notre approche par génomique comparative nous permet d'identifier régulièrement des mécanismes moléculaires innovants, tels l'édition d'ARN, l'épissage en trans, ou le saut de ribosome.

OUTILS BIO-INFORMATIQUES POUR L’ANALYSE DE GÉNOMES

Nous développons des stratégies/procédures/outils bio-informatiques pour l'assemblage de génomes, la reconnaissance de gènes, l'annotation fonctionnelle de génomes. Notre recherche est multidisciplinaire, et basée sur des collaborations nationales et internationales.

Awards and recognitions

  • Société royale du Canada : Les Académies des arts, des lettres et des sciences du Canada 2015 - Société royale du Canada

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Affiliations and responsabilities

Research affiliations

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2018

An approach to improved microbial eukaryotic genome annotation

Graduate : Sarrasin, Matthew
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2015

Développement de méthodes d'assemblage de génomes de novo adaptées aux bactéries endosymbiotes

Graduate : Théroux, Jean-François
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2013

La RNase P mitochondriale chez Neurospora crassa

Graduate : Minoiu, Ioana
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2011

Supercomplexes multifonctionnels chez les mitochondries, et chez E. coli

Graduate : Daoud, Rachid
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2010

Purification of mitochondrial RNase P in A. nidulans

Graduate : Javadi Khomami, Pasha
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2007

Une approche phylogénomique pour inférer l'évolution des eucaryotes

Graduate : Rodríguez-Ezpeleta, Naiara
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2005

Évolution structurale et fonctionnelle de la composante ARN de la RNase P mitochondriale

Graduate : Seif, Elias
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2004

L'évolution de l'édition des ARN de transfert chez les jakobides

Graduate : Leigh, Jessica
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2004

Caractérisation structurale et fonctionnelle des ARNtm mitochondriaux de jakobides

Graduate : Jacob, Yannick
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Projects

Research projects

2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: Transport Gaston Nadeau inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: Entreprises Gillivert inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: Pampev inc.
Grant programs:
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG) , Université de Montréal
Grant programs: PVX20973-(RDC-CRD) Partenariat de recherche / Subvention de recherche et développement coopérative ,
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: Canneberges Bieler inc.
Grant programs:
2017 - 2023

Mitochondrial translation systems that break the rules

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2019 - 2022

Drop-based microfluidics (DBM) for single cell studies and ultrahighthroughput phenotypic screens and lab evolution

Lead researcher : Adrian Serohijos
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Stephen Michnick , Daniel Zenklusen , Bernard Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2018 - 2022

Génomique comparative d’une lignée d’eucaryotes ancienne: les jakobides

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Gertraud Burger , David Morse
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2017 - 2021

Prédiction automatique de modifications du code génétique et de l’ARN messager

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2019

Investigation of systematic errors in genome assembly algorithms

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2017 - 2019

Genomique de l'endosymbiose

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds des leaders
2011 - 2018

STRUCTURE AND EVOLUTION OF MITOCHONDRIAL RNASE P

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2013 - 2017

EVOLUTION DES GENES D'ARN DE TRANSFERT A L'ECHELLE GENOMIQUE

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2010 - 2017

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA EN GENOMIQUE COMPARATIVE ET EVOLUTIVE

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2011 - 2015

GENOREM IMPROVING BIOREMEDIATION OF POLLUTED SOILS THROUGH ENVIRONMENTAL GENOMICS

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2011 - 2015

STRUCTURE AND EVOLUTION OF MITOCHONDRIAL RNASE P

Lead researcher : Franz Bernd Lang
2011 - 2015

OPTIMISATION REPRODUCTIVE: LE ROLE DU GUIDAGE DES TUBES POLLINIQUES DANS LA PREVENTION DES CROISEMENTS INTERSPECIFIQUES ET LA SPECIATION CHEZ LES PLANTES

Lead researcher : Daniel Philippe Matton
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Daniel J Schoen
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2012 - 2014

A BIOFERTILIZER MANAGEMENT STRATEGY FOR SUSTAINABLE CRANBERRY PRODUCTION, USING BIOCHAR TOGETHER WITH BENEFICIAL MICROBES

Lead researcher : Franz Bernd Lang
Co-researchers : Suha Jabaji-Hare
Funding sources: MAPAQ/Ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation
Grant programs:
2010 - 2014

DEVELOPING MYCORRHIZAL GENOMIC MARKERS TO ENHANCE INDUSTRIAL PRODUCTION AND FORMULATION

Lead researcher : Mohamed Hijri
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Claude Vallée
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG) , Premier Tech ltée
Grant programs: PVX20973-(RDC-CRD) Partenariat de recherche / Subvention de recherche et développement coopérative ,

Outreach

Publications and presentations

Publications

  • Lang BF, et al. , Burger G, Nosek J (2014). Massive programmed translational jumping in mitochondria. Proc Natl Acad Sci U S A. 111:5926-31

  • Burger G, Gray MW, Forget L, Lang BF (2013). A strikingly bacteria-like and gene-rich mitochondrial genome is a hallmark of jakobid protists. Genome Biol Evol 5:418

  • Derelle R and BF Lang (2011). Rooting the eukaryotic tree with mitochondrial and bacterial proteins. Mol Biol Evol 29:1277-1289.

    https://scholar.google.ca/scholar?q=lang+bf

Disciplines

  • Biochemistry
  • Genomics
  • Genetics
  • Bioinformatics

Areas of expertise

  • Nucleic Acids
  • Cell
  • Chromosome (Living Organisms)
  • Enzymes and Proteins
  • Evolution and Phylogenesis
  • Gene (Living Organisms)
  • Biological and Biochemical Mechanisms
  • Bioactive Molecules
  • Bacteria
  • Genome
  • Genes
  • Genomics
  • Proteomics