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Medical Sciences

Daniel Zenklusen

Expression of genes in complex systems

Professeur agrégé

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Roger-Gaudry, room D-340

Secondary numbers: 514 343-6327 (Travail 1) 514 343-5174 (Laboratoire)
Secondary email: daniel.r.zenklusen@umontreal.ca (Travail)

Profile

Research expertise

Analysis of gene expression using single molecule approaches. We use imaging techniques to study the mechanisms and kinetics of different processes along the gene expression pathway in yeast and higher eukaryotes. In particular, we combine single molecule techniques and quantitative analysis methods with mathematical modeling to gain better understanding of the general rules governing the expression of genes in complex systems.

Biography

Daniel Zenklusen est titulaire d'un doctorat en microbiologie de l'Université de Lausanne et a effectué des études postdoctorales dans le laboratoire de Robert H Singer à l'Albert Einstein College of Medicine à New York. Il est professeur au Département de biochimie et médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l'UdeM depuis 2010.

education

  • 2002 — Doctorat — Biologie cellulaireUniversité de Lausanne
  • 1998 — Maîtrise — Biologie moléculaireUniversität Bern

Affiliations and responsabilities

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

Projects

Research projects

2019 - 2023

Disséquer les mécanismes régulant l'expression des gènes utilisant des approches de molécules uniques

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Senior
2016 - 2023

Investigate The Role Of mRNP Structure In Translation And RNA Metabolism

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2019 - 2022

Drop-based microfluidics (DBM) for single cell studies and ultrahighthroughput phenotypic screens and lab evolution

Lead researcher : Adrian Serohijos
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Stephen Michnick , Daniel Zenklusen , Bernard Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2017 - 2022

Determining the pathways, components and functional niches that define specialized ribosomes.

Lead researcher : Marlene Oeffinger
Co-researchers : Sebastian Pechmann , Daniel Zenklusen
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2015 - 2022

DISSECTING THE ROLE OF THE NUCLEAR BASKET IN REGULATING MRNA METABOLISM

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2017 - 2019

Disséquer les mécanismes régulant l'expression des gènes utilisant des approches de molécules uniques

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 2
2013 - 2017

DISSECTING THE KINETICS AND MECHANISMS OF GENE EXPRESSION PROCESSES USING SINGLE CELL AND SINGLE MOLECULE RESOLUTION LIVE CELL IMAGING

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2011 - 2017

DISSECTING THE DYNAMICS OF TRANSCRIPTION REGULATION AT A SINGLE CELL LEVEL

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2010 - 2016

TRAINING PROGRAM IN CELLULAR DYNAMICS OF MACROMOLECULAR COMPLEXES

Lead researcher : Christian Baron
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118026-FONCER : Prog. formation orientée nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche
2010 - 2016

DETERMINING THE KINETICS AND MECHANISM OF MRNA EXPORT

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2011 - 2015

ANALYSE DE LA DYNAMIQUE DE L'EXPRESSION DES GENES DANS DES CELLULES UNIQUES

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Bourse de chercheurs-boursiers: junior I et II et senior
2011 - 2015

ANALYSE DE LA DYNAMIQUE DE L'EXPRESSION DES GENES DANS DES CELLULES UNIQUES

Lead researcher : Daniel Zenklusen
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2010 - 2015

DISSECTING THE DYNAMICS OF TRANSCRIPTION REGULATION AT A SINGLE CELL LEVEL

Lead researcher : Daniel Zenklusen
2011 - 2014

ANALYSE DE LA DYNAMIQUE DE L'EXPRESSION DES GÈNES DANS DES CELLULES UNIQUES

Lead researcher : Daniel Zenklusen
2010 - 2014

DETERMINING THE KINETICS AND MECHANISM OF MRNA EXPORT

Lead researcher : Daniel Zenklusen

Outreach

Publications and presentations

Publications

Dernières publications

  1. Adivarahan S, Livingston N, Nicholson B, Rahman S, Wu B, Rissland O, Zenklusen D. Spatial organization of single mRNPs at different stages of the gene expression pathway. Molecular Cell. 08 Nov 2018, 72(4):727-738.e5

  2. Lessard F, Igelmann S, Huot G, Le Calvé B, Montero B, St-Germain E, Mignacca L, Deschênes-Simard X, Moiseeva O, Zorca CE, Zenklusen D, Brakier-Gingras L, Bourdeau V and Ferbeyre G. Defective ribosome biogenesis in senescence reveals a novel checkpoint pathway to block cyclin dependent kinases. Nature Cell Biology. Jul;20(7):789-799

  3. Scott DD, Trahan C, Zindy PJ, Aguilar LC, Delubac M, Adivarahan S, Wei KE, Zenklusen D and Oeffinger M. Nol12 is a multifunctional endonuclease at the nexus of RNA and DNA metabolism. Nucleic Acid Research. 2017 Dec 1;45(21):12509-12528.

  4. Rahman S, Zorca C, Traboulsi T, Noutahi E, Krause M, Mader S and Zenklusen D. Single-cell profiling reveals that eRNA accumulation at enhancer-promoter loops is not required to sustain transcription. Nucleic Acid Research. 2017 Apr 7;45(6):3017-3030. 

  5. Fernandez-Martinez J, Kim SJ, Shi Y, Upla P, Pellarin R, Gagnon M, Chemmama IE, Wang J, Nudelman I, Zhang W, Williams R, Rice WJ, Stokes DL, Zenklusen D, Chait BT, Sali A, Rout MP. Structure and Function of the Nuclear Pore Complex Cytoplasmic mRNA Export Platform. Cell 2016 Nov 17;167(5):1215-1228.e25 

  6. Saroufim MA, Bensidoun P, Raymond P, Rahman S, Krause MR, Oeffinger M, Zenklusen D. The nuclear basket mediates perinuclear mRNA scanning in budding yeast. Journal of Cell Biology 2015 Dec 21;211(6):1131-40 

  7. Castelnuovo M, Rahman S, Guffanti E, Infantino V, Stutz F and Zenklusen D. Single cell analysis reveals aspects of antisense RNA regulation and mode of action in PHO84 transcription repression. Nat Struct Mol Biol. 2013 Jul;20(7):851-8.
  8. Messier, V, Zenklusen D, Mishnick S. A nutrient responsive pathway that determines M-phase timing through control of B cyclin mRNA stabilityCell. 2013 May 23;153(5):1080-93.
  9. Hocine S, Raymond P, Zenklusen D, Chao JA and Singer RH. Single-molecule analysis of gene expression using two-color RNA labeling in live yeastNature Methods  2013 Feb;10(2):119-21.
  10. Oeffinger M, Zenklusen D. To the pore and through the pore: A story of mRNA export kinetics. Biochim Biophys Acta. 2012 Jun;1819(6):494-506.

Pour consulter la liste complète des publications

Disciplines

  • Biochemistry
  • Medical Genetics

Areas of expertise

  • Gene Regulation and Expression
  • Molecular Genetics
  • Biological and Biochemical Mechanisms
  • Cell Signaling and Cancer
  • Cell
  • Imagery (Characterization Tools)