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Sciences naturelles et génie; Sciences de la santé

Gertraud Burger

Évolution de la cellule eucaryote et de son fonctionnement au niveau moléculaire

Professeure titulaire

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Roger-Gaudry, local H307-13

514 343-7936

gertraud.burger@umontreal.ca

Autre numéro : 514 343-2210 (Télécopieur)

Portrait

Expertise de recherche

THÈME GÉNÉRAL

  • Comment les différentes formes de vie que nous connaissons ont-elles évoluées ?
  • Dans quels aspects leurs cellules fonctionnent-elles différemment au niveau moléculaire ?


L’ÉVOLUTION DES GÉNOMES

Nous étudions les génomes nucléaires d’eucaryotes primitifs afin d’établir les différentes trajectoires de diversification génomique. L’étude des génomes mitochondriaux vise à retracer la transition de l’endosymbionte bactérien vers une structure intégrale de la cellule eucaryote.

MÉCANISMES MOLÉCULAIRES INNOVANTS

 Nous avons découvert des stratégies inouïes d’expression des gènes chez un groupe de micro-eucaryotes. Celles-ci entrent en jeu lors du processing de l'RNA, notemment l’édition des RNA massive et leur épissage systématique en trans. L’identification des mécanismes biochimiques et des machineries moléculaires est en cours dans notre laboratoire.

SYMBIOSES - PRINCIPES ET APPLICATIONS

Le système étudié est la canneberge et ses microbes – des espèces bactériennes et fongiques vivant en collectivité à l’intérieur du même hôte végétal. Ces microbes affectent la croissance, l’assimilation de nutriments et la susceptibilité de la plante à des pathogènes. Le projet vise l’isolement et la classification d’endosymbiontes bénéfiques à la canneberge, ainsi que des essais en plein champ. De plus, le séquençage des génomes microbiens sert à identifier les gènes responsables de la ‘biofertilisation’ et du ‘biocontrôle’. Les aspects agronomiques, microbiologiques, génomiques et métabolomiques sont exécutés par nos collaborateurs. Notre laboratoire effectue le volet transcriptomique pour (i) établir l’effet des microbes sur l’expression des gènes végétaux et (ii) identifier les mécanismes moléculaires des interactions symbiotiques impliqués dans la communication hôte-endosymbionte et endosymbionte-endosymbionte.

APPROCHES EXPÉRIMENTALES

Les principales approches utilisées sont la génomique et la transcriptomique jumelées avec l'analyse bio-informatique (assemblage et annotation des ‘Omes, prédiction de la localisation sub-cellulaire des protéines),  la protéomique, la biochimie des RNA ainsi que la biologie moléculaire en général.

Nos projets comprennent des collaborations multidisciplinaires, au niveau national et international.

Biographie

BSc et MSc en biologie, doctorat et habilitation en génétique & microbiologie, Ludwig-Maximilian Universität, München, Allemagne

Stages post-doctoraux en Allemagne, Canada, Etats-Unis, France, Italie

Chercheure associée, CNRS, microbiologie, Université Paris-Sud, France

Chercheure associée, biochimie, UdeM

Pour en savoir plus…

Affiliations et responsabilités

Affiliations de recherche

Contribution au fonctionnement de l’institution

Activités au sein d’organismes ou d’entités de l’institution

Conception et implémentation des programmes d'études (1er, 2ème, et 3ème cycle) de bio-informatique a l'UdeM

Présidente des comités des études en bio-informatique 2000-2015

Présidente du comité de bourses stratégiques du IRSC-Génétique en bio-informatique 2004-2010

Membre de différents comités factultaires tels que de comités aviseurs et d’autoévaluation, de groupes de travail, etc.

Membre fondateur du Centre Robert-Cedergren en bio-informatique et génomique.

Enseignement et encadrement Ce professeur recrute

Recrutement en recherche Ce professeur recrute

Poste de doctorant en bio-informatique disponible

Encadrement

Postdoctorants

Supervision de stagiaires postdoctoraux en bio-informatique et en biochimie

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2018

An approach to improved microbial eukaryotic genome annotation

Diplômé(e) : Sarrasin, Matthew
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2018

The small subunit of the mitoribosome from Andalucia godoyi : isolation and study of its protein composition

Diplômé(e) : Gonzalez-Alcazar, Jose Angel
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2017

Décodage de l'expression de gènes cryptiques

Diplômé(e) : Moreira, Sandrine
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2013

Processus post-transcriptionnels inédits dans la mitochondrie des diplonémides

Diplômé(e) : Kiethega, Nabonswende Georgette
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2011

Study of cox1 trans-splicing in Diplonema papillatum mitochondria

Diplômé(e) : Yan, Yifei
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2010

In silico analysis of mitochondrial proteins

Diplômé(e) : Shen, Yaoqing
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2008

Insights into the function of short interspersed degenerated retroposons in the protozoan parasite Leishmania

Diplômé(e) : Smith, Martin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2008

Molecular protein function prediction using sequence similarity-based and similarity-free approaches

Diplômé(e) : Kannan, Sivakumar
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2007

Evolution of C2H2-Zinc finger genes in mammalian genomes

Diplômé(e) : Tadepally, Hamsa Dhwani
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2007

Structure et expression des gènes mitochondriaux de Diplonema papillatum

Diplômé(e) : Marande, William
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2006

Étude de l'évolution de la structure des génomes mitochondriaux chez les Euglenozoa

Diplômé(e) : Roy, Joannie
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Thèses et mémoires dirigés

Supervision de doctorants en bio-informatique et en biochimie

Supervision d'étudiants à la maîtrise en bio-informatique et en biochimie

Stages et autres supervisions

Supervision de stages de 1er et de 2ème cycle en bio-informatique et biochimie

Participation à des jurys

Participation à plus de 35 jurys et comités de thèses

Projets

Projets de recherche

2019 - 2025

Unorthodox information processing systems in mitochondria

Chercheur principal : Gertraud Burger
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , Michel Dorais , Brandon Findlay
Sources de financement : Entreprises Gillivert inc.
Programmes de subvention :
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Sources de financement : Pampev inc.
Programmes de subvention :
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG) , Université de Montréal
Programmes de subvention : PVX20973-(RDC-CRD) Partenariat de recherche / Subvention de recherche et développement coopérative ,
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Sources de financement : Transport Gaston Nadeau inc.
Programmes de subvention :
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Sources de financement : Pampev inc.
Programmes de subvention :
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Sources de financement : Transport Gaston Nadeau inc.
Programmes de subvention :
2018 - 2023

MYCATOK PROJECT: INNOVATING CRANBERRY FARMING WITH BENEFICIAL SYMBIOTIC MICROBES

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , Martine Dorais , Brandon Findlay
Sources de financement : Canneberges Bieler inc.
Programmes de subvention :
2018 - 2022

Génomique comparative d’une lignée d’eucaryotes ancienne: les jakobides

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Co-chercheurs : Gertraud Burger , David Morse
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2017 - 2020

Diplonemid

Chercheur principal : Julius Lukes , Patrick Keeling
Co-chercheurs : Gertraud Burger
Sources de financement : Gordon and Betty Moore Foundation
Programmes de subvention :
2014 - 2020

BACTERIA-LIKE INFORMATION PROCESSING IN ANCESTRAL MITOCHONDRIA

Chercheur principal : Gertraud Burger
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015 - 2016

DIPLONEMID

Chercheur principal : Julius Lukes
Co-chercheurs : Gertraud Burger
Sources de financement : Gordon and Betty Moore Foundation
Programmes de subvention :
2006 - 2016

MECHANISMS OF MICROBIAL RNA TRANS-SPLICING AND EDITING - AN INTEGRATED GENOMICS AND BIOINFORMATICS APPRAOCH

Chercheur principal : Gertraud Burger
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2011 - 2015

GENOREM IMPROVING BIOREMEDIATION OF POLLUTED SOILS THROUGH ENVIRONMENTAL GENOMICS

Chercheur principal : Franz Bernd Lang
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

Rayonnement

Organisation d’événements

Organisation de l'annuel colloque bio-informatique Robert Cedergren 2005 - 2010

Participation à des jurys (hors de l’institution)

Participation à des jurys de thèse de Dalhousie University et University of British Columbia.

Publications et communications

Publications

PUBLICATIONS CHOISIES

  • Burger G, Moreira S, Valach M (2016) “Genes in hiding”. Trends Genet 32(19)535-565
  • Burger G, Gray MW, Forget L, Lang BG (2013) “A strikingly bacteria-like and gene-rich mitochondrial genome is a hallmark of jakobid protists.” Genome Biol Evol 5:418
  • Shen YQ, Burger G (2010) “TESTLoc: protein subcellular localization prediction from EST data.” BCM Bioinformatics 11:563
     

En voir plus sur : http://megasun.bch.umontreal.ca/People/burger/pubs.html 

Disciplines

  • Biologie moléculaire
  • Informatique
  • Génétique
  • Biologie cellulaire
  • Bio-informatique

Champ d’expertise

  • Génomique
  • Protéomique
  • Bioinformatique
  • Micro-organismes
  • Protiste
  • Évolution et phylogénie
  • Expression et régulation génique
  • Chromosomes: structure / organisation
  • Mécanismes biologiques et biochimiques
  • Biorestauration