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Sciences naturelles et génie; Sciences de la santé

Sébastien Lemieux

Bio-informatique

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

Professeur sous octroi agrégé

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Pavillon Jean Coutu, local 3306-9

s.lemieux@umontreal.ca

Autre numéro : 514 343-6111 #0635 (Travail 1)

Portrait

Expertise de recherche

Au cours des dernières décennies, la biologie moléculaire a connu une augmentation constante de la quantité d’observations qui peuvent être faites en une seule expérience. Aujourd’hui, des génomes humains complets sont séquencés en quelques jours sur un seul appareil, une situation qui a été comparé à un tsunami de données sur la communauté scientifique. Cette évolution technologique passionnante a créé une barrière fortuite: la conversion des données brutes en connaissances n’est plus une tâche à la portée d’un chercheur humain. La bio-informatique est le domaine qui s’est développé pour combler cette lacune, créant essentiellement des « instruments » virtuels qui condensent des données brutes en formes résumées, qui se prêtent davantage à la découverte de connaissances.

Formation

  • 2002 — Informatique (Ph.D.) — Informatique, Bio-informatiqueUniversité de Montréal
  • 1999 — Informatique (M.Sc.) — Informatique, Bio-informatiqueUniversité de Montréal
  • 1998 — Microbiologie (B.Sc.) — Informatique, MicrobiologieUniversité de Montréal

Affiliations et responsabilités

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2019

Étude de la relation entre structure, dynamique et fonction de l’ARN par l’ingénierie du ribozyme VS de Neurospora

Diplômé(e) : Girard, Nicolas
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2019

L’usage des codons régule la présentation des peptides associés aux molécules du CMH-I

Diplômé(e) : Daouda, Tariq
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2018

Méthodologie pour l’analyse de données de criblage : application à l'étude de la leucémie myéloïde aiguë

Diplômé(e) : Labelle, Caroline
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2018

Étude des signatures géniques dans un contexte d’expériences de RNA- Seq

Diplômé(e) : Trofimov, Assya
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2015

A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting

Diplômé(e) : Boisvert, Jacques
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2012

Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique

Diplômé(e) : Courcelles, Mathieu
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2011

Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression

Diplômé(e) : Lefebvre, François
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2010

Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique

Diplômé(e) : Voisin, Gregory
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2009

Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

Diplômé(e) : Scott-Boyer, Marie Pier
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets

Projets de recherche

2018 - 2024

Precision therapeutic vaccines against lung cancer

Chercheur principal : Claude Perreault
Co-chercheurs : Pierre Thibault , Denis-Claude Roy , Sébastien Lemieux
Sources de financement : IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Programmes de subvention : PVXXXXX-Subventions pour un impact
2019 - 2023

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Anne Marinier , Sébastien Lemieux , Philippe P. Roux
Sources de financement : BMS/Bristol-Myers Squibb
Programmes de subvention :
2017 - 2023

Mechanisms controlling estrogen receptor alpha expression and activity in breast tumorigenesis

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2017 - 2023

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia.

Chercheur principal : Guy Sauvageau , Frédéric Barabé
Sources de financement : Génome Québec , Génome Canada , BMS/Bristol-Myers Squibb
Programmes de subvention : , PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. ,
2019 - 2022

Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO à la maitrise Thomas MacDougall

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018 - 2022

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia

Chercheur principal : Josée Hébert , Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Frédéric Barabé , Ma'n Hilmi Mohammad Zawati , Philippe P. Roux , Anne Marinier , Sébastien Lemieux
Sources de financement : Génome Canada , Génome Québec
Programmes de subvention : ,
2018 - 2021

Développement de vaccins thérapeutiques contre les leucémies aigues myéloides et lymphoides / Oncopole

Chercheur principal : Claude Perreault
Sources de financement : CQDM/Consortium québécois sur la découverte du médicament , FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : , PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018 - 2021

Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque

Chercheur principal : Brian Wilhelm
Sources de financement : IRICoR
Programmes de subvention : PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence
2018 - 2021

Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque

Chercheur principal : Brian Wilhelm
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018 - 2020

Matching MHC 1-associated peptide spectra to sequencing reads using deep neural networks

Chercheur principal : Pierre Thibault
Co-chercheurs : Claude Perreault , Yoshua Bengio , Sébastien Lemieux
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements , Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche ,
2018 - 2020

Deep learning for precision medicine by joint analysis of gene expression profiles measured through RNA-Seq and microarrays

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Co-chercheurs : Yoshua Bengio , Guy Sauvageau
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements , Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche ,
2018 - 2020

Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeur IVADO - Fonds de d'opération - Sébastien Lemieux

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
2015 - 2020

Expansion of human cord blood hematopoietic stem cells with UM171 in a fed-batch culture system.

Chercheur principal : Sandra Cohen , Sandra Cohen
Sources de financement : IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Programmes de subvention :
2018 - 2019

Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeure IVADO - Compte pour le fonds de démarrage - Sébastien Lemieux

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
2015 - 2019

UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'innovation
2016 - 2018

The canadian National Transplant Research Program : Increasing donation and improving transplantation outcomes

Chercheur principal : Jean-François Cailhier
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation
2015 - 2018

CLINICAL APPLICATION OF A NOVEL MOLECULE THAT EXPANDS HUMAN CORD BLOOD STEM CELLS

Chercheur principal : Jean Roy , Jean Roy
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2015 - 2018

Gene regulatory networks controlling mammary epithelial cell differentiation

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Louis Gaboury , Sébastien Lemieux
Sources de financement : IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Programmes de subvention : PV132873-Subventions pour l'innovation
2014 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2014 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM

Chercheur principal : Pierre Thibault
Co-chercheurs : Claude Perreault , Sébastien Lemieux , Claude Perreault
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2013 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY

Chercheur principal : Claude Perreault , Claude Perreault
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux , Pierre Thibault
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :
2016 - 2017

Development of Tissue-Based Biomarker Panels for Breast Cancer Treatment.

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux
Sources de financement : MITACS Inc. , Ministère Économie et Innovation
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Stage Accélération Québec - MITACS , PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1B): Soutien à des projets rech. (Mitacs)
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013 - 2017

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY

Chercheur principal : Pierre Thibault
Co-chercheurs : Claude Perreault , Sébastien Lemieux
Sources de financement : Génome Québec , Génome Québec
Programmes de subvention : ,
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Chercheur principal : Josée Hébert , Guy Sauvageau
Sources de financement : Génome Canada , Génome Québec
Programmes de subvention : ,
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2016

Development of Tissue-Based Biomarkers Panels for Breast Cancer Treatment.

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux
2010 - 2013

LE PROJET LEUCEGENE : SEQUENCAGE DU TRANSCRIPTOME POUR L'IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MARQUEURS PRONOSTIQUES ET CIBLES THERAPEUTIQUES DANS LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :
2008 - 2012

GENE INTERDEPENDENCE IN MICROARRAY DATA ANALYSIS

Chercheur principal : Sébastien Lemieux

Rayonnement

Publications et communications

Publications

Disciplines

  • Bio-informatique
  • Informatique
  • Biologie moléculaire

Champ d’expertise

  • Bioinformatique
  • Micropuces d'ADN et d'ARN
  • Protéomique
  • Cancer du sang
  • Génome
  • Bases de données informatiques
  • Fouille de données (Data mining)
  • Chromosomes: structure / organisation