Ma recherche porte sur les pathogènes alimentaires, leur colonisation des animaux d’élevage et leur dissémination vers la population humaine.  Ma recherche porte autant sur la caractérisation des mécanismes propres aux pathogènes alimentaires qui leur permettent d’atteindre les humains que sur l’évolution de ces bactéries au sein des autres populations bactériennes qu’elles rencontrent;  j'observe et cherche à comprendre comment les autres bactéries peuvent influencer leur présence et surtout de quelle manière la composition de ce microbiote réagit lorsque l’on change les conditions d’élevage des animaux comme par exemple en modifiant la composition de leur nourriture en y ajoutant des huiles essentielles,  des acides organiques ou des probiotiques.

Articles scientifiques

Beauchemin, J.; Fréchette, A.; Thériault, W.; Dufour, S.; Fravalo, P.; Thibodeau, A. (2022, janvier). Comparison of microbiota of recycled manure solids and straw bedding used in dairy farms in eastern Canada. Journal of Dairy Science, 105, 389 - 408.DOI : 10.3168/jds.2021-20523

Meniaï, I.; Thibodeau, A.; Quessy, S.; Parreira, V.; Fravalo, P.; Beauchamp, G.; Gaucher, M. (2021, décembre). Putative antigenic proteins identified by comparative and subtractive reverse vaccinology in necrotic enteritis-causing Clostridium perfringens isolated from broiler chickens. BMC Genomics, 22.DOI : 10.1186/s12864-021-08216-7

Shedleur-Bourguignon, F.; Thériault, W.; Longpré, J.; Thibodeau, A.; Fravalo, P. (2021, octobre). Use of an Ecosystem-Based Approach to Shed Light on the Heterogeneity of the Contamination Pattern of Listeria monocytogenes on Conveyor Belt Surfaces in a Swine Slaughterhouse in the Province of Quebec, Canada. Pathogens, 10, 1368 - 1368.DOI : 10.3390/pathogens10111368

M., Rhouma; *Braley, C.; Thériault, W.; Thibodeau, A.; Quessy, S.; Fravalo, P. (2021). Evolution of Pig Fecal Microbiota Composition and Diversity in Response to Enterotoxigenic Escherichia coli Infection and Colistin Treatment in weaned Piglets. Microorganisms.DOI : 10.3390/microorganisms9071459

*Lariviere-Gauthier, G; A. Thibodeau, A; Yergeau, E; Fravalo, P. (2021). Sows affect their piglets' faecal microbiota until fattening but not their Salmonella enterica shedding status. Letters in Applied Microbiology, 72(2), 113-120.

*Boubendir, S; Arsenault, J; Quessy, S; Thibodeau, A; Fravalo, P; Theriault, W; Fournaise, S; Gaucher, ML. (2021). Salmonella Contaminationof Broiler Chicken Carcasses at Critical Steps of the Slaughter Process and in the Environment of Two Slaughter Plants: Prevalence, Genetic Profiles, and Association with the Final Carcass Status. Journal of Food Protection, 84(2), 321-332.

*Turcotte, C; Thibodeau, A; Quessy, S; Topp, E; Beauchamp, G; Fravalo, P; Archambault, M; Gaucher, ML. (2020). Impacts of Short-Term Antibiotic Withdrawal and Long-Term Judicious Antibiotic Use on Resistance Gene Abundance and Cecal Microbiota Composition on Commercial Broiler Chicken Farms in Quebec. Frontiers in Veterinary Science.

*Trudeau, S; Thibodeau, A; Côté, JC; Gaucher, ML; Fravalo, P. (2020). Contribution of the Broiler Breeders' Fecal Microbiota to the Establishment of the Eggshell Microbiota. Frontiers in microbiology, 11, 666.

*Rabhi, N; Thibodeau, A; Cote, JC; Devillers, N; Laplante, B; Fravalo, P; Lariviere-Gauthier, G; Theriault, W; Faucitano, L; Beauchamp, G; Quessy, S. (2020). Association Between Tail-Biting and Intestinal Microbiota Composition in Pigs. Frontiers in Veterinary Science.

*Langlais, M; Thibodeau, A; Fravalo, P. (2019). A metagenomic analysis of the pre-enrichment step for the isolation of Salmonella spp. from pig feces. Journal of microbiological methods, 157, 43-46.

*Soumaila, Garba A; Thibodeau, A; Perron, A; Laurent-Lewandowski, S; Letellier, A; Fravalo, P. (2019). In vitro efficacy of potentiated egg yolk powder against Campylobacter jejuni does not correlate with in vivo efficacy. PloS One, 14(3), e0212946.

*Larivière-Gauthier, G; Thibodeau, A; Letellier, A; Yergeau, É; Fravalo, P. (2019). Salmonella shedding status of the sow affects the microbiota of their piglets at weaning. Journal of applied microbiology, 126(2), 411-423.

*Lafrance-Girard, C; Arsenault, J; Thibodeau, A; Opsteegh, M; Quessy, S. (2018). Toxoplasma gondii in Retail Beef, Lamb, and Pork in Canada: Prevalence, Quantification, and Risk Factors from a Public Health Perspective. Foodborne Pathogens and Disease, 15(12).DOI : 10.1089/fpd.2018.2479

*Kagambèga, A; Thibodeau, A; Trinetta, V; Soro, DK; Sama, FN; Bako, É; Bouda, CS; Wereme, N'Diaye A; Fravalo, P; Barro, N. (2018). Salmonella spp. and Campylobacter spp. in poultry feces and carcasses in Ouagadougou, Burkina Faso. Food science & nutrition, 6(6), 1601-1606.

*Gaucher, ML; Thibodeau, A; Fravalo, P; Archambault, M; Arsenault, J; Fournaise, S; Letellier, A; Quessy, S. (2018). Broiler chicken carcasses and their associated abattoirs as a source of enterotoxigenic Clostridium perfringens: Prevalence and critical steps for contamination. AIMS microbiology, 4(3), 439-454.

Thibodeau A., P. Fravalo, A. Perron, S. Laurent-Lewandowski, A. Letellier. Production and characterization of anti-Campylobacter jejuni IgY derived from egg yolks. Acta Vet Scand. 2017 Dec 6;59(1):80 doi: 10.1186/s 13028-017-0346-4.

Larivière-Gauthier G., A. Thibodeau, A. Letellier, É. Yergeau, P. Fravalo. Reduction of Salmonella Shedding by sows during gestation in relation to its fecal microbiome. Front Microbiol. 2017 Nov 10;8:2219. Doi: 10.3389/fmicb.2017.02219

Trigui H, K. Lee , A. Thibodeau, S. Lévesque, N. Mendis, P. Fravalo, A. Letellier, S.P. Faucher. Phenotypic and Transcriptomic Responses of Campylobacter jejuni suspended in an Artificial Freshwater medium. Front Microbiol. 2017 Sep 20;8:1781. Doi : 10.3389/fmicb.2017.01781.

Thibodeau A., A. Letellier, E. Yergeau, G. Larivière-Gauthier, P. Fravalo. Lack of evidence that Selenium-yeast improves chicken health and modulates the caecal microbiota in the context of colonisation by Campylobacter jejuni. Frontiers in microbiology. 2017 Mar 17;8:451. Doi: 10.3389/fmicb.2017.00451

Trigui H., A. Thibodeau, P. Fravalo, A. Letellier, S. Faucher. Survival in water of Campylobacterjejuni strains isolated from the slaughterhouse. Springerplus. 2015 Dec 22; 4 : 799.

Thibodeau A., P. Fravalo, É. Yergeau, J. Arsenault, L. Lahaye, A. Letellier. (2015). Chicken caecal microbiome modifications induced by Campylobacter jejuni colonization and by a non-antibiotic feed additive. PLoS One. Jul 10;10(7) : e0131978.

Thibodeau A., P. Fravalo, E.N. Taboada, S. Laurent-Lewandowski, É. Guévremont, S. Quessy, A. Letellier. Extensive characterization of Campylobacter jejuni chicken isolates to uncover genes involved in the ability to compete for gut colonization. BMC Microbiology. 10(15) : 97. Highly Accessed.

Thibodeau A., P. Fravalo, R. Gauthier, É. Guévremont, N. Bergeron, S. Laurent-Lewandowski, S. Quessy, M. Boulianne, A. Letellier. Modification of Campylobacter jejuni broiler colonization by a feed additive composed of encapsulated organic acids and essential oils. Journal of Agricultural Science and Technology A. 4(10) : 853-864.

Thibodeau A., P. Fravalo, P. Garneau, l. Masson, S. Laurent-Lewandowski, É. Guévremont, S. Quessy, J. Harel, A. Letellier. Distribution of colonization and antimicrobial resistance genes in Campylobacter jejuni isolated from chicken. Foodborne Pathogens and Disease. 10(4) : 382-391.

Thibodeau A., P. Fravalo, S. Laurent-Lewandowski, É. Guévremont, S. Quessy, A. Letellier. Presence and Characterization of Campylobacter jejuni from Québec organic chickens productions. Canadian Journal of Veterinary Research. 75(4) : 298-307.

Thibodeau A., S. Quessy, É. Guévremont, A. Houde, E. Topp, S. Diarra, A. Letellier. Antibiotic resistance in Escherichia coli and Enterococcus spp. isolates from commercial broiler chickens receiving growth-promoting doses of bacitracin or virginiamycin. Canadian Journal of Veterinary Research. 72(2) : 129-136.

Conférencier invité

• Thibodeau A., P. Fravalo, E.N. Taboada, A. Letellier. Campylobacter jejuni and chicken colonisation: different strains, different abilities. Clinical Microbiology, octobre 2016. Rome, Italy.
• Thibodeau A. Salmonella and Campylobacter, farm control strategies in poultry production. Jefo poultry tour (2014), Saint-Hyacinthe, Canada
• Thibodeau A. Contrôle de Salmonella chez le porc et de Campylobacter chez la volaille : impact de la texture/granulométrie de l’aliment et de l’ajout d’additifs naturels. Intégrer des ingrédients novateurs en alimentation porcine et avicole (2014), Drummondville, Canada.
• Thibodeau A. Où en sommes-nous dans le contrôle de Campylobacter jejuni chez la volaille. Journée de l’AVIA (2013), Saint-Hyacinthe, CanadaThibodeau A. Contrôle de Campylobacter jejuni : de la ferme à la table. Fondation Initia (2013), Saint-Hyacinthe, Canada
• Thibodeau A. Reducing Campylobacter: an integrated approach. Canadian Meat Council Technical Symposium on Pathogen Reduction (2011), Toronto, CanadaThibodeau A. Understanding Campylobacter. Canadian Poultry and Egg Processor Council 2011 Convention, St-John's, Canada

Présentations orales

• Thibodeau A., P. Fravalo, É. Yergeau, J. Arsenault, L. Lahaye, A. Letellier. Modification of the chicken cecal microbiome by Campylobacter jejuni colonization and by a feed additive. Symposium on Gut Health in Production of Food Animals 2014, St.Louis, États-Unis.
• Thibodeau A., P. Fravalo, L. Lahaye, M. Boulianne, J. Arsenault, É. Yergeau, A. Letellier. Microbiote cæcal du poulet : effet de la présence de Campylobacter jejuni et de stratégies alimentaires de contrôle. 1er Symposium annuel du CRIPA (2014), Saint-Hyacinthe, Canada.Thibodeau A., S. Laurent-Lewandowski, É. Guévremont, S. Quessy, A. Letellier. Lack of correlation between Campylobacter jejuni in vitro phenotypic properties in field isolates. 5e symposium du CRIP (2012), Saint-Hyacinthe, Canada. Award : best conference, 2^nd place, 500 $ (CA)
• Thibodeau A., J. Harel, P. Garneau, É. Guévremont, S. Quessy, S. Laurent-Lewandowski, P. Fravalo P, L. Masson, A. Letellier. Microarray characterization of Campylobacter jejuni genes involved in colonization and antimicrobial resistance of broiler chickens.4ième symposium du CRIP (2011), Saint-Hyacinthe, CanadaThibodeau A., J. Harel, P. Garneau, É. Guévremont, S. Quessy, S. Laurent-Lewandowski, P. Fravalo P, L. Masson, A. Letellier. Développement d’une puce à ADN pour l’étude de gènes associés à la colonisation du poulet par Campylobacter jejuni. 5e Colloque International Francophone de Microbiologie Animale (2011), Marrakech, Maroc
• Thibodeau A., A. Fugère, É. Guévremont, S. Quessy, S. Laurent-Lewandowski, P. Fravalo P, A. Letellier. Caractérisation d’isolats de Campylobacter jejuni provenant de poulets du Québec. ACFAS (2010), Québec, Canada
• Thibodeau A., M. Boulianne, S. Quessy, A. Letellier. Impact of antimicrobial agents use in poultry and investigation of the relationship between virulence and antimicrobial resistance in Salmonella and Campylobacter jejuni isolates. Poultry Industrial Council Research Day (2009), Guelph, Canada
• Bélanger M., P. Fravalo, R. Gauthier, A. Letellier, G. Roch, J. M. Repérant, A. Thibodeau, M. Boulianne. Mise au point d’un modèle d’infection expérimentale d’entérite nécrotique chez le poulet de chair. 4e Colloque international francophone de microbiologie animale (2008), Saint-Hyacinthe, Canada
• Tran Thi Quynh L., M. Boulianne, A. Letellier, A. Desrosiers, A. Thibodeau, S. Quessy. Étude de la réponse immunitaire de la poule pondeuse suite à la vaccination avec des bactérines de Salmonella Enteritidis. 4e Colloque international francophone de microbiologie animale (2008), Saint-Hyacinthe, Canada
• Thibodeau A., S. Quessy, É. Guévremont, A. Houde, E. Topp, S. Diarra, A. Letellier. Utilisation de bacitracine et de virginiamycine comme promoteurs de croissance chez les poulets de gril : Effet sur la performance et l’antibiorésistance. 4e Colloque international francophone de microbiologie animale (2008), Saint-Hyacinthe, Canada

Présentations par affiche (posters)

• Thibodeau A., P. Fravalo, A. Letellier. Effect of organic selenium on chicken intestinal health and C. jejuni carriage. Symposium on Gut Health in Production of Food Animals 2015, Kansas City, États-Unis.
• Soumaila Garba A., A. Thibodeau, A. Perron, S. Laurent-Lewandowski, A. Letellier, P. Fravalo. Contrôle de Campylobacter jejuni chez le poulet à griller : utilisation de poudre de jaunes d’œufs potentialisés.2ième Symposium du CRIPA, Saint-Hyacinthe, Canada, 2015-05-21
• Soumaila Garba A, A. Perron, A. Thibodeau, S. Laurent-Lewandowski, A. Letellier, P. Fravalo. Contrôle de Campylobacter jejuni chez le poulet à griller : utilisation de poudre de jaune d’oeuf. 1^er Symposium du CRIPA, Saint-Hyacinthe, Canada, 2014-06-03Thibodeau A., P. Fravalo, S. Laurent-Lewandowski, N. Bergeron, É. Guèvremont, S. Quessy, M. Boulianne, L. Lahaye, A. Letellier. Following Campylobacter jejuni colonization with the use of the high resolution melt analysis of the flaA gene. 6e symposium annuel du CRIP, Saint-Hyacinthe, Canada, 2013-05-07
• Thibodeau A., P. Fravalo, P. Garneau, L. Masson, S. Laurent-Lewandowski, S. Quessy, É. Guèvremont, J. Harel, A. Letellier. Les caractérisations phénotypique et génotypique de souches de Campylobacter jejuni suggèrent que la résistance à l’arsenic ainsi que le système de restriction modification de type I pourraient être impliqués dans la colonisation cæcale du poulet. Journée de la recherche de la Faculté de médecine vétérinaire, Saint-Hyacinthe, Canada, 2012-10-14
• Thibodeau A., P. Fravalo, S. Laurent-Lewandowski, N. Bergeron, É. Guèvremont, S. Quessy, M. Boulianne, R. Gauthier, A. Letellier. An encapsulated blend of essential oils and organic acids used as feed additive lowers broiler chicken Campylobacter carcass contamination without any beneficial effect in the caecum. Canadian Campylobacter Workshop, Ottawa, Canada, 2012-10-24
• Thibodeau A., J. Harel, P. Garneau, É. Guévremont, S. Quessy, S. Laurent-Lewandowski, P. Fravalo P, L. Masson, A. Letellier. Microarray characterization of Campylobacter jejuni genes involved in colonization and antimicrobial resistance of broiler chickens. CHRO Vancouver 2011, Vancouver, Canada, 2011-08-28Thibodeau A., J. Harel, P. Garneau, É. Guévremont, S. Quessy, S. Laurent-Lewandowski, P. Fravalo P, L. Masson, A. Letellier. Étude d’isolats de Campylobacter jejuni isolés du poulet à griller. Journée de la recherche de la Faculté de médecine vétérinaire, Saint-Hyacinthe, Canada, 2011-03-10
• Thibodeau A., É. Guévremont, S. Quessy, S. Laurent-Lewandowski, P. Fravalo, A. Letellier. Caractérisation d’isolats de Campylobacter jejuni provenant de poulets biologiques du Québec. 3^e Symposium annuel du CRIP (2010), Saint-Hyacinthe, Canada, 2010-05-10Thibodeau A., É. Guévremont, S. Quessy, A. Letellier. Étude de l’antibiorésistance chez Campylobacter jejuni. Journée de la recherche de la Faculté de médecine vétérinaire (2009), Saint — Hyacinthe, Canada, 2009-02-26
• Thibodeau A., S. Quessy, É. Guévremont, A. Houde, E. Topp, S. Diarra, A. Letellier. Antibiotic Resistance in Escherichia coli and Enterococcus spp. Obtained from Commercial Broiler Chickens Receiving Growth-Promoting Doses of Bacitracin or Virginiamycin. Americain Society for Microbiology, 107th General Meeting, Toronto, Canada, 2007-05-21