Natural Sciences and Engineering; Health Sciences
Sébastien Lemieux
Bio-informatique fonctionnelle et structurale
- Professeur agrégé
-
Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire
Pavillon Marcelle-Coutu, room 3306-9
- Professeur accrédité
-
Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle
Profile
Research expertise
Au cours des dernières décennies, la biologie moléculaire a connu une augmentation constante de la quantité d’observations qui peuvent être faites en une seule expérience. Aujourd’hui, des génomes humains complets sont séquencés en quelques jours sur un seul appareil, une situation qui a été comparé à un tsunami de données sur la communauté scientifique. Cette évolution technologique passionnante a créé une barrière fortuite: la conversion des données brutes en connaissances n’est plus une tâche à la portée d’un chercheur humain. La bio-informatique est le domaine qui s’est développé pour combler cette lacune, créant essentiellement des « instruments » virtuels qui condensent des données brutes en formes résumées, qui se prêtent davantage à la découverte de connaissances.
education
- 2002 — Informatique (Ph.D.) — Informatique, Bio-informatique — Université de Montréal
- 1999 — Informatique (M.Sc.) — Informatique, Bio-informatique — Université de Montréal
- 1998 — Microbiologie (B.Sc.) — Informatique, Microbiologie — Université de Montréal
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Teaching and supervision
Teaching
Courses taught (current session only)
Programs
- 123510 – Baccalauréat en sciences biologiques
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 246513 – Maîtrise en biotechnologie appliquée au milieu industriel
- 248510 – Maîtrise en sciences cliniques
- 279960 – Microprogramme de 2e cycle en analyse des mégadonnées en santé
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
2024
Multiomic strategies for the discovery of molecular determinants of atrial fibrillation
Graduate : Leblanc, Francis J.A.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2023
Improving anti-cancer therapies through a better identification and characterization of non-canonical MHC-I associated peptides
Graduate : Ruiz Cuevas, Maria Virginia
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2023
Traitement des données scRNA-seq issues de la technologie Drop-Seq : application à l’étude des réseaux transcriptionnels dans le cancer du sein
Graduate : David, Marjolaine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022
Apprentissage d'atlas cellulaires par la méthode de Factorized embeddings
Graduate : Trofimov, Assya
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2022
Reduced collision fingerprints and pairwise molecular comparisons for explainable property prediction using Deep Learning
Graduate : MacDougall, Thomas
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2021
La génétique humaine pour l'étude de cibles pharmacologiques
Graduate : Legault, Marc-André
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2021
Classification moléculaire des Tumeurs de Wilms par analyse RNA-Seq
Graduate : Roux, Cedric
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2019
L’usage des codons régule la présentation des peptides associés aux molécules du CMH-I
Graduate : Daouda, Tariq
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2019
Étude de la relation entre structure, dynamique et fonction de l’ARN par l’ingénierie du ribozyme VS de Neurospora
Graduate : Girard, Nicolas
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2018
Méthodologie pour l’analyse de données de criblage : application à l'étude de la leucémie myéloïde aiguë
Graduate : Labelle, Caroline
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2018
Étude des signatures géniques dans un contexte d’expériences de RNA- Seq
Graduate : Trofimov, Assya
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2015
A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting
Graduate : Boisvert, Jacques
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2012
Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique
Graduate : Courcelles, Mathieu
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2011
Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression
Graduate : Lefebvre, François
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2010
Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique
Graduate : Voisin, Gregory
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2009
Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique
Graduate : Scott-Boyer, Marie Pier
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
2022
- 2028
Development of reference-free algorithms for low coverage RNA-Seq characterization of cell states
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2023
- 2027
Deciphering metabolic vulnerabilites to improve therapeutic strategies in low survival cancers
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Vincent-Philippe Lavallée
,
Geneviève Deblois
,
Quoc-Huy Trinh
,
Neil Renwick
,
Yuzhuo Wang
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
2021
- 2024
FD - Recruitment of SUMO E3 ligases as a new paradigm for transcription factor inactivation
Lead researcher :
Sylvie Mader
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds Nouvelles frontières en recherche - Exploration
2021
- 2024
FI - Recruitment of SUMO E3 ligases as a new paradigm for transcription factor inactivation
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds Nouvelles frontières en recherche - Exploration
2020
- 2024
Enhancing the Drug Discovery Process: Bayesian Inference to evaluate Efficacy Characteristics of potential Drug Through Uncertainty
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018
- 2024
Precision therapeutic vaccines against lung cancer
Lead researcher :
Claude Perreault
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
PVXXXXX-Subventions pour un impact
2017
- 2024
Mechanisms controlling estrogen receptor alpha expression and activity in breast tumorigenesis
Lead researcher :
Sylvie Mader
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2017
- 2024
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia.
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Philippe P. Roux
,
Josée Hébert
,
Vincent-Philippe Lavallée
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
,
Génome Canada
,
BMS/Bristol-Myers Squibb
,
Génome Canada
Grant programs:
,
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
,
,
PVXXXXXX-Programme d'aide lié à la COVID-19
2020
- 2023
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet recherche collaborative
2020
- 2023
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
2020
- 2023
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Données omiques contre le cancer
2019
- 2023
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Funding sources:
BMS/Bristol-Myers Squibb
Grant programs:
2020
- 2022
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au postdoc entrepreneur Muhammad Sohail
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2020
- 2022
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au postdoc entrepreneur Muhammad Sohail - Soutien a la recherche
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2019
- 2022
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO à la maitrise Thomas MacDougall
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018
- 2022
Développement de vaccins thérapeutiques contre les leucémies aigues myéloides et lymphoides / Oncopole
Lead researcher :
Claude Perreault
Co-researchers :
Pierre Thibault
,
Sébastien Lemieux
,
Jean-Sébastien Delisle
,
Michel Tremblay
,
Xavier Roucou
Funding sources:
CQDM/Consortium québécois sur la découverte du médicament
,
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
,
PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018
- 2022
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Michael David Tyers
,
Sonia Cellot
,
Frédéric Barabé
,
Kolja Eppert
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018
- 2022
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Philippe P. Roux
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
,
Génome Québec
Grant programs:
,
2018
- 2022
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Michael David Tyers
,
Sonia Cellot
,
Frédéric Barabé
,
Kolja Eppert
Funding sources:
IRICoR
Grant programs:
PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence
2018
- 2021
Matching MHC 1-associated peptide spectra to sequencing reads using deep neural networks
Lead researcher :
Pierre Thibault
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
,
Génome Québec
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
,
2018
- 2021
Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeur IVADO - Fonds de d'opération - Sébastien Lemieux
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
2018
- 2021
Deep learning for precision medicine by joint analysis of gene expression profiles measured through RNA-Seq and microarrays
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
,
Génome Québec
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
,
2015
- 2020
UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Stephen Hanessian
,
Michel Bouvier
,
Trang Hoang
,
François Major
,
Denis-Claude Roy
,
Louis Gaboury
,
Sylvie Mader
,
Sylvain Meloche
,
Marc Therrien
,
Pierre Thibault
,
Katherine Borden
,
Jean-Claude Labbé
,
Alain Verreault
,
Julie Lessard
,
Jean Roy
,
Martine Raymond
,
Vincent Archambault
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Jean-Sébastien Delisle
,
Brian Wilhelm
,
Damien D'Amours
,
Philippe P. Roux
,
Josée Hébert
,
Julie Bergeron
,
Léa Harrington
,
Michael David Tyers
,
Grégoire Leclair
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'innovation
2015
- 2020
Expansion of human cord blood hematopoietic stem cells with UM171 in a fed-batch culture system.
Lead researcher :
Sandra Cohen
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Guy Sauvageau
,
Jean Roy
,
Sébastien Lemieux
,
Denis Roy
,
Silvy Lachance
,
Keith Humphries
,
Connie Eaves
,
Peter Zandstra
,
Donna Hogge
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
2018
- 2019
Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeure IVADO - Compte pour le fonds de démarrage - Sébastien Lemieux
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
2016
- 2018
The canadian National Transplant Research Program : Increasing donation and improving transplantation outcomes
Lead researcher :
Lori J. West
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Denis-Claude Roy
,
Yves Berthiaume
,
Michel White
,
Shijie Qi
,
Pierre Thibault
,
Jean-François Cailhier
,
Marie-Chantal Fortin
,
Elie Haddad
,
Sébastien Lemieux
,
Héloïse Cardinal
,
Lynne Sénécal
,
Silvy Lachance
,
Catherine Litalien
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation
2015
- 2018
Gene regulatory networks controlling mammary epithelial cell differentiation
Lead researcher :
Sylvie Mader
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
PV132873-Subventions pour l'innovation
2015
- 2018
CLINICAL APPLICATION OF A NOVEL MOLECULE THAT EXPANDS HUMAN CORD BLOOD STEM CELLS
Lead researcher :
Jean Roy
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Denis-Claude Roy
,
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Sandra Cohen
,
Silvy Lachance
,
Keith Humphries
,
Peter Zandstra
,
Donna Hogge
,
Frédéric Barabé
,
Connie Eaves
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2014
- 2018
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2014
- 2018
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2013
- 2018
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
2016
- 2017
Development of Tissue-Based Biomarker Panels for Breast Cancer Treatment.
Lead researcher :
Sylvie Mader
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
MITACS Inc.
,
Ministère Économie et Innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Stage Accélération Québec - MITACS
,
PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1B): Soutien à des projets rech. (Mitacs)
2013
- 2017
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
,
Génome Québec
Grant programs:
,
2013
- 2017
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013
- 2017
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013
- 2017
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY
Lead researcher :
Pierre Thibault
Funding sources:
Génome Québec
,
Génome Québec
Grant programs:
,
2016
Development of Tissue-Based Biomarkers Panels for Breast Cancer Treatment.
Lead researcher :
Sylvie Mader
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
2010
- 2013
LE PROJET LEUCEGENE : SEQUENCAGE DU TRANSCRIPTOME POUR L'IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MARQUEURS PRONOSTIQUES ET CIBLES THERAPEUTIQUES DANS LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Denise Avard
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
2008
- 2012
GENE INTERDEPENDENCE IN MICROARRAY DATA ANALYSIS
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Outreach
Publications and presentations
Publications
- Les publications de Sébastien Lemieux, sont disponibles ici : https://www.iric.ca/recherche/chercheurs-principaux/sebastien-lemieux/?section=publications
Disciplines
- Bioinformatics
- Computer Science
- Molecular Biology
Areas of expertise
- Bioinformatics
- DNA and RNA Chips
- Proteomics
- Leukemia
- Genome
- Computer Databases
- Data mining
- Chromosomes: Structure / Organization