Health Sciences; Medical Sciences
Brian Wilhelm
Génomique à haut débit
Secondary number:
514 343-6111 #0923
(Travail 1)
Secondary email:
brian.wilhelm@umontreal.ca
(Travail)
Profile
Research expertise
La régulation transcriptionnelle est un processus complexe qui exige le recrutement de l’ARN polymérase vers les sites dirigés de transcription, la modification de la structure locale de la chromatine et l’épissage des nouveaux transcrits. Une interruption de la coordination de ce processus, comme la transcription erronée qui active de façon inappropriée des gènes qui modifient le comportement normal des cellules, peut favoriser l’apparition d’un cancer. Dans le but de comprendre clairement la nature de cette anomalie, il est souvent nécessaire d’avoir un aperçu global du système.
Notre équipe de recherche s’intéresse actuellement à l’utilisation des technologies d’avant-garde, à haut débit, comme les biopuces à ADN et le séquençage d’ADN de nouvelle génération afin d’élucider les connexions sous-jacentes à l’activité transcriptionnelle et au comportement des cellules. Pour comprendre ce phénomène dans le contexte de la biologie du cancer, nous utilisons actuellement ces approches pour caractériser les échantillons de patients atteints de la leucémie myéloïde aiguë (LMA) dans le but d’identifier les mutations qui favorisent l’apparition de la maladie. De plus, nous utilisons la levure à fission (Schizosaccharomyces pombe) comme système modèle pour étudier le recrutement de l’ARN polymérase II et son comportement pendant la transcription. Le fait de mieux comprendre la machinerie moléculaire qui est à la base de ces processus nous permettra ultimement de mettre au point de nouveaux médicaments pour traiter le cancer.
Biography
Brian Wilhelm obtient son diplôme de doctorat en génétique médicale du UBC au Terry Fox Laboratory de Vancouver, en 2003. Il poursuit une formation postdoctorale au Wellcome Trust Sanger Institute, au Royaume-Uni dans le labo du Dr Jurg Bahler, puis au sein du laboratoire du docteur Guy Sauvageau à l’IRIC.
En 2010, Brian Wilhelm a lancé son laboratoire, l’Unité de recherche en génomique à haut débit de l’Institut, et a débuté comme professeur au Département de médecine de l’Université de Montréal.
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Teaching and supervision
Teaching
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
2021
Analyse épigénétique intégrative pour identifier de nouveaux biomarqueurs dans la leucémie myéloïde aiguë causée par des translocations chromosomiques de type KMT2A
Graduate : Milan, Thomas
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2021
The consequences of CCL23/CCR1 axis signaling in KMT2A-MLLT3 acute myeloid leukemia
Graduate : Merjaneh, Shahem
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2014
Caractérisation moléculaire d’un récent modèle d’étude de la leucémie myéloïde aigüe à caryotype normal :la lignée cellulaire CG-SH
Graduate : Gosse, Géraldine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
2020
- 2027
The impact of genetic variation on genome biology and function
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2024
- 2026
Establishing an optimized protocol for introducing mRNA CRISPR constructs into primary human cells
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subventions Alliance - International Catalyseur
2023
- 2026
Modélisation in vitro des mutations leucémiques associées au vieillissement et de leurs interactions microenvironnementales
Lead researcher :
David Knapp
Co-researchers :
Brian Wilhelm
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(FQ) Programme Samuel-De Champlain (volet Recherche)
2024
- 2025
Uncovering the molecular and genetic mechanisms of drug resistance in leukemia
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Sonia Cellot
Funding sources:
Richard and Edith Strauss Canadian Foundation
Grant programs:
2022
- 2025
Development of novel targeted therapies and diagnostic tools for high risk pediatric leukemias
Lead researcher :
Frédéric Barabé
Funding sources:
Pfizer Canada Inc.
Grant programs:
2022
- 2025
Development of novel targeted therapies and diagnostic tools for high risk pediatric leukemias
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
Ministère Économie et Innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-SynergiQc (partenariat CQDM)
2022
- 2025
Development of novel targeted therapies and diagnostic tools for high risk pediatric leukemias
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1): Soutien à des projets de recherche
2022
- 2025
Development of novel targeted therapies and diagnostic tools for high risk pediatric leukemias
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Oncopole SynergiQc (partenariat CQDM)
2022
- 2025
Development of novel targeted therapies and diagnostic tools for high risk pediatric leukemias
Funding sources:
Médimabs
Grant programs:
2022
- 2025
Development of novel targeted therapies and diagnostic tools for high risk pediatric leukemias
Funding sources:
IRICoR
Grant programs:
2021
- 2024
Using chemogenomic data to improve ML-based drug prediction
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
2021
- 2024
Using chemogenomic data to improve ML-based drug prediction
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Rafaël Najmanovich
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
2021
- 2023
Development of single-cell sequencing based method for mAb identification and validation
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subventions Alliance
2021
- 2023
Development of single-cell sequencing based method for mAb identification and validation
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
Médimabs
Grant programs:
2017
- 2023
Systematic studies of human models of acute myeloide leukemia: establishing a pipeline for novel targeted therapeutics
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
2017
- 2023
Systematic studies of human models of acute myeloide leukemia: establishing a pipeline for novel targeted therapeutics
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subventions de recherche en partenariat
2022
Development of sc-RNA based methods for mAb identification and validation
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
MITACS Inc.
Grant programs:
PVXXXXXX-Stage Accélération Québec - MITACS
2018
- 2022
MARATHON OF HOPE CANCER CENTRES NETWORK PILOT : THE MONTREAL CANCER CONSORTIUM AGREEMENT
Lead researcher :
Claude Perreault
Funding sources:
Terry Fox Research Institute
Grant programs:
2018
- 2022
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Michael David Tyers
,
Sonia Cellot
,
Frédéric Barabé
,
Kolja Eppert
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018
- 2022
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Michael David Tyers
,
Sonia Cellot
,
Frédéric Barabé
,
Kolja Eppert
Funding sources:
IRICoR
Grant programs:
PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence
2021
Development of sc-RNA based methods for mAb identification and validation - Year two
Funding sources:
MITACS Inc.
Grant programs:
PVXXXXXX-Stage Élévation Québec - MITACS
2018
- 2021
Towards a better risk-adapted therapy in young adults with acute myeloid leukemia
Lead researcher :
Josée Hébert
Funding sources:
SRC/Société de recherche sur le cancer
Grant programs:
2018
- 2021
Towards a better risk-adapted therapy in young adults with acute myeloid leukemia
Lead researcher :
Josée Hébert
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
2018
- 2021
Towards a better risk-adapted therapy in young adults with acute myeloid leukemia
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
2018
- 2021
Towards a better risk-adapted therapy in young adults with acute myeloid leukemia
Lead researcher :
Josée Hébert
Funding sources:
(16631)Société canadienne du cancer (16631)
,
COLE Foundation/Fondation Cole
Grant programs:
,
2013
- 2021
MECHANISMS FOR ESTABLISHMENT AND MAINTENANCE OF ALLELE SPECIFIC EXPRESSION OF GATA2
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2020
Development of sc-RNA based methods for mAb identification and validation
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
MITACS Inc.
Grant programs:
PVXXXXXX-Stage Élévation Québec - MITACS
2016
- 2020
Identification de nouveaux mécanismes moléculaires impliqués dans les leucémies myéloïde aigüe en pédiatrie
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 2
2015
- 2020
UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Stephen Hanessian
,
Michel Bouvier
,
Trang Hoang
,
François Major
,
Denis-Claude Roy
,
Louis Gaboury
,
Sylvie Mader
,
Sylvain Meloche
,
Marc Therrien
,
Pierre Thibault
,
Katherine Borden
,
Jean-Claude Labbé
,
Alain Verreault
,
Julie Lessard
,
Jean Roy
,
Martine Raymond
,
Vincent Archambault
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Jean-Sébastien Delisle
,
Brian Wilhelm
,
Damien D'Amours
,
Philippe P. Roux
,
Josée Hébert
,
Julie Bergeron
,
Léa Harrington
,
Michael David Tyers
,
Grégoire Leclair
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'innovation
2018
Machine Learning & Biological Systems
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subventions Connexion
2017
- 2018
Microfluidic detection of leukemia cells by electronic biomolecular sensors
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Delphine Bouilly
Funding sources:
LLS Canada/Leukemia and Lymphoma Society of Canada (The)
Grant programs:
PVXX1862-Subvention de fonctionnement
2017
Optimization of screening procedures for monoclonal antibodies directed against membrane bound proteins
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PV128974-(EGP) Programme de subvention d'engagement partenarial
2015
- 2017
TRANSCRIPTIONAL AND EPIGENETIC CONSEQUENCES OF MLL-AF9 TRANSLOCATIONS
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
Terry Fox Research Institute
,
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
,
COLE Foundation/Fondation Cole
Grant programs:
,
PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
,
PVXXXXXX-Subvention d'équipe: programme nouvelles frontières Terry Fox en cancérologie
2013
- 2017
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013
- 2017
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
,
Génome Québec
Grant programs:
,
2013
- 2017
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013
- 2016
FUNCTIONAL ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL NETWORKS IN MLL-AF9 PEDIATRIC LEUKEMIA
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
SRC/Société de recherche sur le cancer
Grant programs:
PVX12154-Subvention de fonctionnement
2012
- 2016
IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MECANISMES MOLECULAIRES IMPLIQUES DANS LES LEUCEMIES MYELOIDE AIGUE EN PEDIATRIE
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 1
2013
- 2015
ROLE AND BIOLOGY OF MLL FUSION GENES IN HUMAN LEUKEMIAS.
Lead researcher :
Frédéric Barabé
Co-researchers :
Brian Wilhelm
Funding sources:
LLS Canada/Leukemia and Lymphoma Society of Canada (The)
Grant programs:
2012
- 2015
IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MECANISMES MOLECULAIRES IMPLIQUES DANS LES LEUCEMIES MYELOIDE AIGUE EN PEDIATRIE
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2011
- 2015
RESEAU POUR LES ETUDES THERAPEUTIQUES ET GENETIQUES DES CELLULES SOUCHES-STEMNET / NOVEL STRATEGIES TO EXPAND HUMAN HEMATOPOIETIC STEM CELL POPULATIONS FOR CLINICAL USE
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Denis-Claude Roy
,
Pierre Thibault
,
Brian Wilhelm
,
Sandra Cohen
,
Keith Humphries
,
Connie Eaves
,
Peter Zandstra
,
Donna Hogge
,
James Piret
,
Marco Marra
,
Carl Hansen
,
Mick Bhatia
,
Norman Iscove
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Secrétariat Inter-Conseil et Réseaux des centres d'excellence (RCE)
Grant programs:
PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence
2012
- 2014
IMPROVED ASSIGNMENT TO BEST AVAILABLE THERAPY FOR PATIENTS WITH MYELODYSPLASIA AND ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
Terry Fox Research Institute
Grant programs:
2012
- 2014
IMPROVED ASSIGMENT TO BEST AVAILABLE THERAPY FOR PATIENTS WITH MYELODYSPLASIA AND ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Funding sources:
Terry Fox Research Institute
Grant programs:
2011
- 2013
ESTABLISHMENT OF DR. B WILHELM LAB TO DISCOVER NOVEL AND RECURRENT MUTATIONS IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
2010
- 2013
LE PROJET LEUCEGENE : SEQUENCAGE DU TRANSCRIPTOME POUR L'IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MARQUEURS PRONOSTIQUES ET CIBLES THERAPEUTIQUES DANS LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Denise Avard
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
2011
MONBUG SYMPOSIUM/COLLOQUE DU RÉSEAU DE BIOINFORMATIQUE DE MONTRÉAL
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Outreach
Publications and presentations
Publications
- Wilhelm BT, Briau M, Austin P, Faubert A, Boucher G, Chagnon P, Hope K, Girard S, Mayotte N, Landry JR, Hébert J, Sauvageau G. RNA-seq analysis of 2 closely related leukemia clones that differ in their self-renewal capacity. Blood. 2011 Jan 13;117(2):e27-38. Epub 2010 Oct 27. PubMed PMID: 20980679.
- Wilhelm BT, Marguerat S, Aligianni S, Codlin S, Watt S, Bähler J. Differential patterns of intronic and exonic DNA regions with respect to RNA polymerase II occupancy, nucleosome density and H3K36me3 marking in fission yeast. Genome Biol. 2011 Aug 22;12(8):R82. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 21859475.
- Wilhelm BT, Marguerat S, Watt S, Schubert F, Wood V, Goodhead I, Penkett CJ, Rogers J, Bähler J. Dynamic repertoire of a eukaryotic transcriptome surveyed at single-nucleotide resolution. Nature. 2008 Jun 26;453(7199):1239-43. Epub 2008 May 18. PubMed PMID: 18488015.
- Wilhelm BT, Mager DL. Rapid expansion of the Ly49 gene cluster in rat. Genomics. 2004 Jul;84(1):218-21. PubMed PMID: 15203220.
- Wilhelm BT, Landry JR, Takei F, Mager DL. Transcriptional control of murine CD94 gene: differential usage of dual promoters by lymphoid cell types. J Immunol. 2003 Oct 15;171(8):4219-26. PubMed PMID: 14530345.
Disciplines
- Genomics
- Oncology
- Bioinformatics
- Molecular Biology
Areas of expertise
- DNA and RNA Chips
- Genomics
- Genome
- Biotechnology
- Technological Innovations
- Biomedical Technologies
- Health Care Technologies
- Cancer Genetics