Nadia El-Mabrouk
Génétique évolutive du développement et bio-informatique
- Professeure titulaire
-
Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle
André-Aisenstadt, room 3163
Profile
Research expertise
Despite the remarkable unity of the basic components of the living world (DNA, RNA, the genetic code), we are probably still not aware of the diversity of genome structures nor of the diversity of means genomes use to evolve. In addition to local mutations affecting genome sequences, various global mutations also affect their overall gene order and content: rearrangements, horizontal gene transfer, hybridization, losses, duplications ranging from single genes to the whole genome.
By comparing complete or partial genomes it is possible to infer evolutionary scenarios for gene families, gene clusters or entire genomes, and to predict ancestral characteristics. This has important consequences, not only for documenting the evolutionary history of life on earth, but also for answering many fundamental biological questions regarding gene function, adaptation processes and variations on the genetic and physiological specificities of species. Each problem, each type of mutation (or set of mutations), has its own model and gives rise to specific algorithmic, combinatorial, statistical and mathematical developments. Our research projects are related to these computational biology aspects of comparative genomics.Biography
Nadia El-Mabrouk est professeure titulaire au département d'informatique de l'Université de Montréal. Elle detient un Ph.D. en Informatique théorique de l'universite Paris VII, obtenu en 1996. Elle est membre du Centre de Recherche Mathematiques et du Centre Robert Cedergren . Son domaine de recherche est la biologie computationnelle. Ses projets de recherche principaux sont reliés au developpement de méthodes algorithmiques et mathematiques pour la génomique comparative. Elle œuvre regulièrement dans les comité de programme des conférences de Bio-informatiques telles que RECOMB, RECOMB-CG, ISMB, ECCB et WABI.
Awards and recognitions
- Prix Condorcet-Dessaulles du Mouvement laïque québécois (MLQ) - 2018
For more information…
- 22-11-2017 Texte d'opinion signé par Nadia El-Mabrouk au sujet de la neutralité religieuse
- 18-01-2018 Texte d'opinion de Nadia El-Mabrouk sur l'éducation à la sexualité
- 06-02-2018 Au Québec, l’attentat contre la mosquée a laissé des traces. Nadia El-Mabrouk
- 03-12-2018 Nadia El-Mabrouk reçoit le prix Condorcet-Dessaulles
- Briser les stéréotypes à l'égard des mathématiques et de l'informatique
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Research units
Membre
Teaching and supervision
Teaching
Courses taught (current session only)
- BIN-6000 – Algorithmes en bio-informatique génomique
- IFT-3295 – Bio-informatique
- IFT-4055 – Projet informatique honor
- IFT-6291 – Bio-informatique génomique
Programs
- 117510 – Baccalauréat en informatique
- 117520 – Majeure en informatique
- 119110 – Baccalauréat en mathématiques et informatique
- 119110 – Baccalauréat en mathématiques et informatique
- 120510 – Baccalauréat en physique et informatique
- 120510 – Baccalauréat en physique et informatique
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 217510 – Maîtrise en informatique
- 246810 – Maîtrise en bio-informatique
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
Edit distance metrics for measuring dissimilarity between labeled gene trees
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Assessing the robustness of genetic codes and genomes
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Méthodes et algorithmes pour l’amélioration de l’inférence de l’histoire évolutive des génomes
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Évolution des génomes par mutations locales et globales : une approche d’alignement
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Approches algorithmiques pour l’inférence d’histoires de duplication en tandem avec inversions et délétions pour des familles multigéniques
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Recherche de snoRNAs de type C/D dans le génome de S.cerevisiae en corrélation avec le signal de reconnaissance à l'enzyme RNT1p
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Recherche de structures secondaires dans les séquences biologiques
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Algorithmes pour le réarrangement des génomes par inversions
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
Algorithmic approaches for phylogenomics
Centre de recherches mathématiques (CRM)
An algorithmic framework for gene family evolution
CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)
Prédiction automatique de modifications du code génétique et de l’ARN messager
EVOLUTION OF GENOME ORGANIZATION
EVOLUTION DES GENES D'ARN DE TRANSFERT A L'ECHELLE GENOMIQUE
CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)
ALGORITHMS FOR THE INFERENCE OF GENE FAMILY EVOLUTION
Outreach
Publications and presentations
Disciplines
- Computer Science
- Bioinformatics
- Genetics
Areas of expertise
- Algorithmics
- Evolution (Biology)
- Gene family
- Bioinformatics
- Comparative genomics
- Combinatorial optimization
- Genomic rearrangements
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