Daniel Sinnett
Déterminants génétiques de la leucémie de l’enfant
- Professeur titulaire
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Faculté de médecine - Département de pédiatrie
- Professeur accrédité
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Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire
Profile
Research expertise
Leukemogenesis and tumor suppressor genes
Oncogenesis is a multistep process that involves the accumulation of mutations in oncogenes and tumor suppressor genes. The short arm of chromosome 12 is affected by genetic rearrangements leading to the loss of genetic material in a wide range of hematological malignancies. It has been shown that chromosome 12p12.3 is associated with a putative tumor suppressor that may play an important in childhood leukemogenesis as well as in certain solid neoplasias. The transcription factor ETV6 is a suitable candidate gene. In this project, we propose to characterize ETV6 by identifying the genes targeted by this transcription repressor in order to build the corresponding regulatory network and by determining the nature of the protein partners involved in the repression complex.Genetic determinants of childhood leukemiaSporadic cancer is a complex disease, where the effect of the environment is modulated by a series of genes whose allelic forms represent functional polymorphisms (DNA variants). According to this model, the origin of childhood leukemia could be explained by a combination of genetic susceptibility factors and environmental exposures. Because of the much shorter latency period, the study of pediatric tumors allows a more realistic evaluation of the input of genetic factors and environment exposures during vulnerable periods of development (foetal life and young childhood). In this project, we propose to identify the genetic factors underlying the individual’s susceptibility to childhood leukemia by performing genetic epidemiology studies.Regulatory genomicsGenetic diversity in regulatory sequences might lead to allelic variation in gene expression levels (quantitative changes). Such variability could alter tightly regulated biological pathways (e.g. cell cycle) and then contribute to change in disease risk. In this project, we propose to determine the extent of genetic variants in regulatory regions and to validate the functional impact of these variants.Biography
Généticien moléculaire, Daniel Sinnett est professeur titulaire au Département de pédiatrie. Ses recherches portent principalement sur les déterminants génétiques et génomiques des cancers pédiatriques tels que la leucémie. Cofondateur du Childhood Leukemia International Consortium, qui regroupe des chercheurs et chercheuses de 21 pays, il s’intéresse également aux conséquences de la médecine de précision sur la prise de décision clinique et la prise en charge des survivants. Favorisant l’échange et la collaboration entre les divers intervenants du domaine médical, il est engagé auprès de la relève et travaille en étroite collaboration avec plusieurs fondations institutionnelles et privées afin d’élaborer des stratégies d’application et de diffusion des connaissances.
Awards and recognitions
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Membre de l'Académie canadienne des sciences de la santé - 2022
- Chercheur national, Fonds de la recherche en santé du Québec (FRSQ), 2006-2011
- Lauréat du programme de reconnaissance, Prix recherche, CHU Sainte-Justine, 2009
- Chercheur-boursier Senior, FRSQ, 2002-2006
- Prix d’accomplissement, Recherche Biomédicale, Faculté de Médecine/ Association des diplômés, Université de Montréal, 2005
- Prix du jeune chercheur André Dupont, 2004
- Prix Mérite du Conseil québécois de lutte contre le cancer, 2003
- Titulaire, Chaire de recherche François-Karl Viau en oncogénomique pédiatrique, 2002-présent
- Chercheur-boursier Junior 2, FRSQ, 1998-2002
- Prix d’Excellence, Fondation de la recherche sur les maladies infantiles, 1999
- Chercheur-boursier Junior 1, FRSQ, 1994-1998
- Bourse de recherche postdoctorale, Instituts de recherche en santé du Canada, 1991-1994
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Research units
Directeur
- CIUSSS NIM — Centre de recherche du CIUSSS Nord-de-l’île-de-Montréal
- RMGA — Réseau de médecine génétique appliquée
Titulaire
Membre
- CIUSSS NIM — Centre de recherche du CIUSSS Nord-de-l’île-de-Montréal
- CRDP — Centre de recherche en droit public
- Centre Robert-Cedergren de l’Université de Montréal
- Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine
- RMGA — Réseau de médecine génétique appliquée
- Réseau de recherche sur le cancer
- Regroupement droit, changements et gouvernance
Affiliated institutions
- Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine (CHU Sainte-Justine)
Teaching and supervision
Teaching
Courses taught (current session only)
Programs
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
Déconvolution des types cellulaires et quantification des infiltrats immunitaires dans les cancers pédiatriques
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Dérégulations épigénétiques suivant une perte temporaire de l’enzyme DNMT1
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Approche bio-informatique permettant de déterminer l'impact des mutations pathogènes de DNMT3A sur la spécification et la programmation de la lignée neuronale dans le syndrome de Tatton-Brown-Rahman
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Classification moléculaire des Tumeurs de Wilms par analyse RNA-Seq
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude de l’inflammation placentaire lors de complications de la grossesse
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
DNMT3A P904L : un nouveau variant dans la tumeur de Wilms
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Impact de SRP72 sur le facteur de transcription ETV6 dans la leucémie aiguë lymphoblastique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Caractérisation de la régulation des nouvelles cibles transcriptionnelles du facteur de transcription ETV6 dans la leucémie lymphoblastique aiguë
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
L’implication de la peptide-déformylase (PDF) dans la leucémie aiguë lymphoblastique de l’enfant
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Paysage génomique de la leucémie aiguë lymphoblastique de l’enfant
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Caractérisation du microDNome et sa modulation par le traitement anti-cancer
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Identification de biomarqueurs génétiques pour la détection précoce des séquelles métaboliques chez les survivants de la leucémie pédiatrique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Identification de nouvelles cibles transcriptionnelles d’ETV6, un facteur de transcription fréquemment altéré dans la leucémie aiguë lymphoblastique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cartographie génétique d’une forme familiale autosomale dominante d’anévrysmes du septum inter-ventriculaire et de communications inter-ventriculaires au chromosome 10p15
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Identification et caractérisation des cibles transcriptionnelles de ETV6, un facteur de transcription impliqué dans la leucémie de l’enfant.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Impacts fonctionnels des variants génétiques dans les promoteurs des gènes associés à la survie et à la mort cellulaire
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Alternative strategies for deciphering the genetic architecture of childhood Pre-B acute lymphoblastic leukemia
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Impacts fonctionnels des polymorphismes dans les promoteurs des gènes de l’apoptose
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Caractérisation fonctionnelle des variants génétiques de la région régulatrice (rSNP) des gènes du point de contrôle G1/S
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Détection et caractérisation des interactions dans les maladies complexes
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Identification de transcrits modulés par ETV6 : un gène candidat suppresseur de tumeur
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Identification de gènes ciblès par ETV6-AML1, un facteur de transcription chimérique retrouvé dans la leucémie de l'enfant
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Variabilité génétique dans les régions régulatrices de gènes impliqués dans le contrôle du cycle cellulaire
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Polymorphismes dans des gènes de métabolisme des corticostéroïdes : rôle dans la réponse thérapeutique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Variabilité génétique au niveau des gènes de réparation de l'ADN
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Caractérisation du locus 12p12.3 impliqué dans la leucémie lymphoblastique aiguë
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Genetic basis of neuroblastoma, a model for embryonal tumours
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Rôle de la pharmacocinétique et de la pharmacogénétique en relation avec la réponse thérapeutique en milieu pédiatrique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Variabilité génétique dans les gènes de réparation de l'ADN : rôle dans la susceptibilité à la leucémie lymphoblastique aiguë
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Régulation transcriptionnelle du gène glypican 3 (GPC3)
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Allélotypage des gènes de réparation de l'ADN dans les cancers non-héréditaires
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
Implication of early embryonic epigenetic dysregulation in fetal alcohol spectrum disorders-associated outcomes
CircRNAome in childhood TCF3-PBX1 ALL: Biomaker potential and mechanisms of circRNA dysregulation and function
Le programme VIE: Interventions intégrées pour les patients traités en oncologie pédiatrique
4D spheroids identify type I protein arginine methyltransferases as a target in NSCLC
CALCUL QUEBEC
Vascular remodeling in hypertension and cardiometabolic disease: from mice to humans.
Immuno-magnetic capture of viral particles in biofluids
MicroDNA signature for prognosis of childhood acute lymphoblastic leukemia
MicroDNA signature for prognosis of childhood acute lymphoblastic leukemia
Characterization of childhood acute lymphoblastic leukemia-specific long non-...
Projet VIE : Valorisation, implication, éducation
Characterization of childhood acute lymphoblastic leukemia-specific long non-coding RNAs (the "Project")
Gut microbiota and pediatric cancer: filling the gap.
Profilage de la méthylation des pharmacogènes pendant le traitement de la leucémie lymphoblastique aiguë chez l'enfant
Réseau de médecine génétique appliquée (RMGA).
Pharmacogenetics markers for treatment individualization in childhood patients with acute lymphoblastic leukemia
Development of single-cell RNA-seq strategy to study childhood leukemia heterogeneity a pilot study.
The Terry Fox Precision Oncology for Young people (PROFYLE) Program.
The Terry Fox Precision Oncology for Young people (PROFYLE) Program.
Attribution d’une subvention du Réseau de Médecine Génétique Appliquée (RMGA)
Plateforme Biobanque de cancers pédiatriques
Plateforme ELISpot et Luminex
Service de bioinformatique appliquée.
Identification of novel therapeutic targets by functional genomic characterization of childhood acute lymphoblastic leukemia.
GENOMIC DETERMINANTS OF COMMON LONG-TERM TREATMENT EFFECTS IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA SURVIVORS
CLINICAL EVALUATION OF SURFACE-PLASMON RESONANCE AND NANOPARTICLE-BASED FLUORESCENT DETECTION OF SERUM BIOMARKERS
CLINICAL EVALUATION OF SURFACE-PLASMON RESONANCE AND NANOPARTICLE-BASED FLUORESCENT DETECTION OF SERUM BIOMARKERS
Plateforme ELISpot et Luminex.
Service de bioinformatique appliquée.
Stratégie de thérapies ciblées personnalisées dans les cancers réfractaires ou en rechute de l'enfant (Étude TRICEPS).
Plateforme Biobanque de cancers pédiatriques.
LONG NONCODING RNAS DEREGULATED IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA
GENOMIC DETERMINANTS OF COMMON LONG-TERM TREATMENT EFFECTS IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA SURVIVORS
GENOMIC DETERMINANTS OF COMMON LONG-TERM TREATMENT EFFECTS IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA SURVIVORS
GENOMIC DETERMINANTS OF COMMON LONG-TERM TREATMENT EFFECTS IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA SURVIVORS
INVESTIGATION OF THE GENOMIC DETERMINANTS OF CHILDHOOD LEUKEMIA USING NEXT-GENERATION SEQUENCING
MICRODNA - NOVEL SOURCE OF GENETIC VARIABILITY - ROLE IN SHAPING INDIVIDUAL SENSITIVITY TO CANCER TREATMENT.
GENOMIC DETERMINANTS OF COMMON LONG-TERM TREATMENT EFFECTS IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA SURVIVORS
GENOMIC DETERMINANTS OF COMMON LONG-TERM TREATMENT EFFECT IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA SURVIVORS
SOUTIEN LOGISTIQUE/REDACTIONNEL - SALAIRE POUR PROFESSIONNEL #1
INVESTIGATION OF THE GENOMIC DETERMINANTS OF CHILDHOOD LEUKEMIA USING NEXT-GENERATION SEQUENCING
GENOMIC DETERMINANTS OF CHILDHOOD LEUKEMIA
RESEAU DE BIOBANQUES EN LEUCEMIE PEDIATRIQUE AU QUEBEC
MONTREAL BIOBANK NETWORK FOR PEDIATRIC AND YOUNG ADULT LEUKEMIA : CORE 1 PROPOSAL - CHILDREN LEUKEMIA BANK
GENETIC DETERMINANTS OF THE RESISTANCE TO CORTICOSTEROIDS, VINCRISTINE AND ASPARAGINASE IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA
GENOMIC DETERMINANTS OF CHILDHOOD LEUKEMIA
CIHR TEAM OF PREDICTION AND COMMUNICATION OF FAMILIAL RISK OF BREAST CANCER
GENOMICS OF CHILDHOOD LEUKEMIA
GENOMICS OF CHILDHOOD LEUKEMIA
GENOMICS OF CHILDHOOD LEUKEMIA
STUDIES ON THE ROLE OF NK CELL RECEPTOR GENES AND THEIR LIGANDS IN THE DEVELOPMENT OF LEUKEMIA IN HUMANS
GENOMIC DETERMINANTS OF CHILDHOOD LEUKEMIA
CRN-87521 CIHR TEAM OF PREDICTION AND COMMUNICATION OF FAMILIAL RISK OF BREAST CANCER
CIHR TEAM OF PREDICTION AND COMMUNICATION OF FAMILIAL RISK OF BREAST CANCER
REGULATORY POLYMORPHISMS IN APOPTOSIS GENES AND SUSCEPTIBILITY TO CHILDHOOD LEUKEMIA
DEVELOPPEMENT DE DEMANDE: GENOMIC DETERMINANTS OF COMMON LONG-TERM TREATMENT EFFECTS IN CHILDHOOD ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA SURVIVORS
ATELIER GENOMIQUE FRSQ-NSFC, BEIJING, CHINA
Outreach
Publications and presentations
Publications
Publications choisies
- B. Ge, D. K. Pokholok, E. Grundberg, T. Kwan, L. Morcos, J. Le, D.J. Verlaan, V. Koka, K.C.L. Lam, V. Gagné, J. Dias, R. Hoberman, A. Montpetit, M.M. Joly, E. J. Harvey, D. Sinnett, P. Beaulieu*, R. Hamon*, A. Graziani, K. Dewar, E. Harmsen, J. Majewski, A.K. Naumova, M. Blanchette, H.H.H. Göring, K.L. Gunderson, T. Pastinen (2009). Global patterns of cis-variation in human cells revealed by high-density allelic expression analysis. Nature Genetics Nov;41(11):1216-22.
- Sherborne A, Hosking FJ, Prasad RB, Kumar R, Koehler R, Vijayakrishnan J, Papaemmanuil E, Bartram CR, Stanulla M, Schrappe M, Gast A, Sheridan E, Taylor M, Kinsey SE, Lightfoot T, Roman E, Irving JAE, Allan JM, Moorman AV, Harrison CJ, Tomlinson IP, Szalai C, Semsei AF, Erdelyi DJ, Krajinovic M, Sinnett D, Healy J, Neira AG, Hemminki K, Greaves M, Houlston RS (2010). Variation at 9p21.3 (CKN2A) influences childhood acute lymphoblastic leukemia risk. Nat Genet. Jun;42(6):492-4.
- Busche S, Ge B, Vidal R, Spinella J-F, Saillour V, Richer C, Healy J, Chen S-H, Droit A, Sinnett D#, Pastinen T. (2013) Integration of high-resolution methylome and transcriptome analyses to dissect epigenomic changes in childhood acute lymphoblastic leukemia. Cancer Research, May 35(4) e157-162. #corresponding author.
- Spinella J-F, Cassart P, Richer C, Saillour V, Ouimet M, Langlois S, St-Onge P, Sontag T, Healy J, Minden M, Sinnett D (2016) The genomic characterization of pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia reveals novel recurrent driver mutations. Oncotarget 2016 Sep 1. doi: 10.18632/oncotarget.11796
- Marcoux S, Drouin S, Laverdière C, Alos N, Andelfinger GU, Bertout L, Curnier D, Friedrich MG, Kritikou EA, Levy E, Lippé S, Marcil V, Raboisson M-J, Rauch F, Robaey P, Séguin C, Sultan S, Krajinovic M, Sinnett D. (2016)The PETALE Study: Late Adverse Effects and Biomarkers in Childhood Acute Lymphoblastic Leukemia Survivors. Pediatric Blood & Cancer Dec 4. doi: 10.1002/pbc.26361 (PETALE-CIHR team leader)
Disciplines
- Molecular Biology
- Oncology
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