Natural Sciences and Engineering; Applied Sciences
Timothée Poisot
Comment peut-on prédire la perte de biodiversité, et l'émergence de nouvelles maladies infectieuses?
- Professeur agrégé
-
Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques
Complexe des sciences, room B-5439
Media
Profile
Research expertise
Mes questions centrales sont:
- comment la variation spatio-temporelle des interactions biotique contribue à la distribution spatiale des propriétés écosystemiques
- comment intégrer la variabilité des interactions dans les approches de conservation et de gestion (notamment du risque infectieux)
- comment intégrer différents domaines de l'écologie pour développer des méthodes numériques permettant de prédire la structure des interactions entre espèces sachant que les observations empiriques sont difficiles/couteuses/rares.
Biography
Timothée Poisot est professeur agrégé au département de sciences biologiques de l’Université de Montréal et chercheur au Centre de sciences de la biodiversité du Québec. Il mène une étude internationale sur les calculs des risques d’une prochaine pandémie.
Awards and recognitions
- Prix d'excellence du CSBQ - 2014/04
- Société Française d'Écologie: Prix jeune chercheur - meilleur travail doctoral- 2012/07
- Prix d'excellence du CSBQ - 2012/04
- Prix d'excelence à l'Université de Montpellier II - 2008/06
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Teaching and supervision
Teaching
Courses taught (current session only)
- BIO-2045 – Simuler le vivant
- BIO-3033 – Science des données en biodiversité
- BIO-3043 – Réseaux écologiques et interactions
- BIO-6033 – Science des données en biodiversité
- BIO-6037 – Réseaux écologiques et interactions
Programs
- 123510 – Baccalauréat en sciences biologiques
- 123520 – Majeure en sciences biologiques
- 123540 – Mineure en sciences biologiques
- 150010 – Baccalauréat en microbiologie et immunologie
- 223510 – Maîtrise en sciences biologiques
- 279960 – Microprogramme de 2e cycle en analyse des mégadonnées en santé
- 323510 – Doctorat en sciences biologiques
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
2024
Évaluer le potentiel et les défis de la variation intraspécifique pour les réseaux neuronaux profonds de reconnaissance de chants d’oiseaux : l’exemple des bruants des prés (Passerculus sandwichensis) de l’île Kent, Nouveau-Brunswick
Graduate : Rondeau Saint-Jean, Camille
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2024
Tools O' the Times : understanding the common proporties of species interaction networks across space
Graduate : Strydom, Tanya
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2023
Améliorer les modèles génératifs des structures de réseaux trophiques avec la pondération de la stabilité
Graduate : Volz, Valentine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022
Laisser sa trace : utiliser les interactions pour comprendre l'évolution
Graduate : Besson, Mathilde
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2022
Biogéographie socio-écologique des lacs au Canada
Graduate : Dupont, Andréanne
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2021
Évaluation de l'unicité écologique à grande étendue spatiale à l'aide de modèles de répartition d'espèces
Graduate : Dansereau, Gabriel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2020
Nouvelle approche multispécifique intégrant les milieux aquatiques et terrestres pour l’évaluation de la connectivité du paysage
Graduate : Lecours Tessier, Daphnée
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2020
What does a bioenergetic network approach tell us about the functioning of ecological communities?
Graduate : Delmas, Eva
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Projects
Research projects
2024
- 2029
Centre de la Science de la Biodiversite du Quebec_CSBQ //Séroprévalence du CDT en milieu urbain
Lead researcher :
Andrew Gonzalez
Co-researchers :
Timothée Poisot
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2021
- 2028
Calcul Québec
Lead researcher :
Marie-Jean Meurs
Co-researchers :
Timothée Poisot
Funding sources:
FRQSC/Fonds de recherche du Québec - Société et culture (FQRSC)
Grant programs:
PVXXXXXX-(AGO) Initiative AGORA
2021
- 2027
The many paths to ecological network inference: reconciling machine learning, empirical data, and ecological knowledge
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2021
- 2027
The many paths to ecological network inference: reconciling machine learning, empirical data, and ecological knowledge
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte
2024
- 2026
Financement de recherche postdoctorale IVADO 2024 - Michael Catchen
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2020
- 2026
NSERC CREATE in ecology, evolution and environmental science: The Living Data Project
Lead researcher :
Diane Srivastava
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PV118026-FONCER : Prog. formation orientée nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche
2021
- 2025
Coupling biodiversity and ecosystem models for efficient biodiversity monitoring
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
Wellcome Trust
Grant programs:
2018
- 2025
BIOS2 : Computational Biodiversity Science and Services
Lead researcher :
Dominique Gravel
Co-researchers :
Timothée Poisot
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PV118026-FONCER : Prog. formation orientée nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche
2022
- 2024
Reconnaissance de microdialectes et de chants individuels de Bruants des prés avec un réseau neural profond
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018
- 2024
BIOS2 : Computational Biodiversity Science and Services
Lead researcher :
Dominique Gravel
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
2022
- 2023
BON in a Box 2.0
Funding sources:
Université McGill
Grant programs:
2022
- 2023
Alliance de recherche numérique du Canada - Soutien à Calcul Québec 2022-2023
Funding sources:
Alliance de recherche numérique du Canada
Grant programs:
2021
- 2023
CSBQ // K2A Network on EBV's
Lead researcher :
Andrew Gonzalez
Co-researchers :
Timothée Poisot
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2019
- 2023
Laboratoire d'écologie quantitative et informatique
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
Université de Montréal
Grant programs:
PVXXXXXX-FEI sans restriction
2019
- 2023
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au doctorat Francis Banville
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2019
- 2023
Laboratoire d'écologie quantitative et informatique
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'exploitation des infrastructures (FEI)
2015
- 2023
CALCUL QUEBEC
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
,
Anne Bruneau
,
Damian Labuda
,
Georges Michaud
,
Rémy Sauvé
,
Michel Côté
,
Jacques Drouin
,
Normand Mousseau
,
François Schiettekatte
,
Daniel Sinnett
,
Mohamed Hijri
,
Jesse Shapiro
,
Mark E. Samuels
,
Pierre-Louis Bellec
,
Armand Soldera
,
David Sénéchal
,
Nikolas Provatas
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Nicolas Moitessier
,
Stefan Sinclair
,
Georges Dionne
,
Erica Moodie
,
Victoria Kaspi
,
Lorne Archie Nelson
,
Jackalyn Marie Vogel
,
Alan C Evans
,
Brigitte Jaumard
,
Russell Davidson
,
Martin Aube
,
Ali Dolatabadi
,
Pierre Proulx
,
François Vidal
,
Claude Legault
,
Hong Guo
,
Alain Rochefort
,
André-Marie Tremblay
,
Alexandre Blais
,
Sivakumaran Nadarajah
,
François Bertrand
,
Frédéric Sirois
,
G. Peslherbe
,
Marius Paraschivoiu
,
André Dieter Bandrauk
,
Noureddine Atalla
,
Adam Skorek
,
Hugo Larochelle
,
Guillaume Bourque
,
W Robert J Funnell
,
Sang Yong Jeon
,
Guy Moore
,
Jacek A. Majewski
,
Andrew Piper
,
Luc Mongeau
,
Daniel Joseph Kirshbaum
,
Jun Song
,
Jean-Yves Trépanier
,
François Guibault
,
Éric Laurendeau
,
Wagdi Habashi
,
Thomas Fevens
,
Kalifa Goïta
,
Stéphane Moreau
,
Patrizio Antici
,
Dany Dumont
,
Jannette Frandsen
,
Gabriel Crainic
,
Marc Parizeau
,
Leandro Coelho
,
Hugo Martel
,
Laxmi Sushama
,
Guy Dumas
,
Christian Gagné
,
Pierre Gauthier
,
Louis Jean Dubé
,
Louis Pérusse
,
Alain De Champlain
,
Daniel Reinharz
,
Arnaud Droit
,
Frédéric Maps
,
Abdelkader Baggag
,
René Laprise
,
Simon Guillotte
,
Marie-Jean Meurs
,
Rober Platt
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2015
- 2023
Contribution complémentaire pour le financement de Calcul-Québec
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
,
Nikolas Provatas
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Marc Parizeau
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Regroupement stratégique
2015
- 2023
Contribution complémentaire 2015-2016 pour le financement de Calcul-Québec
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
,
Nikolas Provatas
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Marc Parizeau
Funding sources:
FRQSC/Fonds de recherche du Québec - Société et culture (FQRSC)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subvention générale et projets spéciaux (non partageable au prorata)
2021
- 2022
Assembling, predicting and refining a predator-prey metaweb for Canada Canadian metaweb prediction and forecasting
Lead researcher :
Timothée Poisot
Co-researchers :
Laura Jo Pollock
Funding sources:
ICÉÉ-CIEE/Institut canadien d'écologie et d'évolution/Canadian institute of ecology and evolution
Grant programs:
2016
- 2022
Laboratoire d'écologie quantitative et informatique
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds des leaders
2015
- 2022
Causes and consequences of spatio-temporal variation of species interactions at the community scale
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2020
- 2021
Develop a rapid assessment pipeline to project global preparedness needs for the next SARS-like coronavirus pandemic, using machine learning in support of cross-disciplinary data synthesis to identify the hotspots of these viral threats in wildlife
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
2018
- 2020
Convention de subvention 2018-2020 avec le MEI pour le soutien des activités de Calcul Québec
Lead researcher :
Timothée Poisot
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
,
Nikolas Provatas
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Marc Parizeau
Funding sources:
Ministère Économie et Innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Soutien aux organismes de recherche et innovation (PSO) - Volet 2: Soutien aux projets
2018
- 2020
Contribution ponctuelle pour le financement de Calcul Québec
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
,
Paul Charbonneau
,
Nikolas Provatas
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Marc Parizeau
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-Plateforme Calcul Québec (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2016
- 2020
Ecological Society of America (ESA) //Centre de la Science de la Biodiversité du Québec (CSBQ)
Lead researcher :
Andrew Gonzalez
Co-researchers :
Timothée Poisot
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018
- 2019
FGR CRSNG : 2018-2019
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-FGR - Subvention de recherche institutionnelle
2018
- 2019
RéseauLab: a novel social-ecological innovation system for transformative change towards sustainability
Lead researcher :
Roxane Maranger
Funding sources:
CRSH/Conseil de recherches en sciences humaines du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-FGR – Subvention de recherche institutionnelle
2017
- 2018
Convention de subvention 2016-2018 pour le soutien du MESI aux activités de Calcul Québec pour l'année 2017-2018
Lead researcher :
Timothée Poisot
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
,
Nikolas Provatas
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Pierre-Étienne Jacques
,
Marc Parizeau
Funding sources:
Ministère Économie et Innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1): Soutien à des projets de recherche
2015
- 2018
Nouveaux outils numériques pour décomposer la variation de la structure des communautés écologiques
Lead researcher :
Timothée Poisot
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale
2016
- 2017
Pôle d'Analyse et Visualisation de l'Information Climatique et Scientifique _PAVICS )programme Logiciels de recherche de CANARIE)
Lead researcher :
Timothée Poisot
Co-researchers :
Laurent J. Lewis
Funding sources:
Ouranos, Consortium sur la climatologie régionale et l'adaptation aux changements climatiques
Grant programs:
Outreach
Publications and presentations
Disciplines
- Biology and Related Sciences
- Epidemiology and Biostatistics
- Statistics
- Applied Mathematics
Areas of expertise
- Computational ecology
- Biostatistics
- Community ecology
- Model Building
- Coévolution
- Interactions biotiques
- Interaction networks
- Biodiversity
- Volutionary ecology
- Phylogenetic analysis
- Quantitative ecology
- Numerical ecology
- Scientific calculation
- Biodiversity informatics