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Sciences naturelles et génie; Sciences de la vie

Sylvie Hamel

Mathématique et informatique

Professeure titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

André-Aisenstadt, local 3161

514 343-6111 #3504

sylvie.hamel@umontreal.ca

Autre courriel : hamelsyl@iro.umontreal.ca (Travail)

Médias

Portraits de profs : Sylvie Hamel

Capsule vidéo produite par la Fédération québécoise des professeures et professeurs d'université (FQPPU) dans le cadre de sa campagne de valorisation "Portraits de profs".

Portrait

Expertise de recherche

Mes travaux de recherche se situent à l'interface entre l'informatique et les mathématiques avec des applications en biologie moléculaire. Plus particulièrement, je m'intéresse aux problèmes algorithmiques liés à l'analyse des données provenant du séquençage. Je m'intéresse plus particulièrement à la recherche efficace de mots et de motifs, au réarrangement de génomes et, plus récemment, au repliement de protéines en milieu aqueux. J'ai aussi des intérêts de recherche en informatique théorique, en combinatoire algébrique et en combinatoire des mots.

Pour en savoir plus…

Affiliations et responsabilités

Affiliations de recherche

Unités de recherche

Membre

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2019

Étude algorithmique et combinatoire de la méthode de Kemeny-Young et du consensus de classements

Diplômé(e) : Milosz, Robin
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2016

Étude de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau

Diplômé(e) : Milosz, Robin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2014

Analysing artefacts dependencies to evolving software systems

Diplômé(e) : Jaafar, Fehmi
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2013

Evaluating Design Decay during Software Evolution

Diplômé(e) : Hassaine, Salima
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2013

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Diplômé(e) : St-Onge, Karine
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2011

Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance

Diplômé(e) : Benoit Bouvrette, Louis Philip
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2011

Modeling protein evolution using secondary structures

Diplômé(e) : Mohaddes, Zia
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2010

Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Diplômé(e) : Doyon, Jean-Philippe
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2007

De nouveaux algorithmes de tri par transpositions

Diplômé(e) : Benoît-Gagné, Maxime
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2007

Helix Explorer : une nouvelle base de données de structures de protéines

Diplômé(e) : Tikah Marrakchi, Mohamed
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2006

Algorithme de comparaison de structures secondaires d'ARN

Diplômé(e) : Guignon, Valentin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2006

L'intervention face au phénomène des gangs : l'exemple du Centre jeunesse de Montréal - Institut universitaire

Diplômé(e) : Razik, Noureddine
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2006

Application d'algorithmes de bio-informatique à la recherche de patrons de conception

Diplômé(e) : Kaczor, Olivier
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets

Projets de recherche

2016 - 2022

Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics.

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015 - 2022

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)

Chercheur principal : Luc Vinet
Co-chercheurs : Pavel Winternitz , Alfred Michel Grundland , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Marlène Frigon , Karim Jerbi , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Alain Vinet , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Louis-Pierre Arguin , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Octavian Cornea , Matilde Lalin , Dimitrios Koukoulopoulos , Hélène Cossette , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Étienne Marceau , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Pengfei Guan , Xiaowen Chang , Michael C. Mackey , John A Toth , Henri Darmon , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Erica Moodie , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , David Stephens , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Johannes Walcher , Paul François , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , André Fortin , André Garon , Dominique Pelletier , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Pawel Gora , Richard Hall , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Alexei Kokotov , Wei Sun , Alina Stancu , Patrice Gaillardetz , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , Anne Bergeron , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Jean-François Renaud , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Pedro Peres-Neto , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Bruno L. Rémillard , Alexandre Blondin-Massé , Thomas Brüstle , Richard Fournier , Linan Chen , Jal Choksi , Clement Hyvrier , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , Hélène Cossette , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Étienne Marceau , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , André Fortin , Anne Bergeron , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Jean-François Renaud , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Pedro Peres-Neto , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Maciej Augustyniak , Jun Li , William Witczak-Krempa , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , Khader Khadraoui , Prakash Panangaden , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Geneviève Lefebvre , Karim Oualkacha , Denis Talbot , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Gena Hahn , Mireille Schnitzer , Alexander Fribergh , Benjamin Seamone , Egor Shelukhin , Alejandro Murua , Mylène Bédard , Alain Tapp , Laurent Charlin , Christian Genest , Alexandre Bureau , Nicolas Doyon , R Platt , Bruce Alan Reed , Russell Steele , Vladimir Makarenkov , Vahid Partovi Nia , Xiaowen Zhou , Cody Hyndman , Taoufik Bouezmani , Sorana Froda , Simon Guillotte , Aurélie Labbe , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2003 - 2017

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015 - 2016

Réseau Franco-Québécois de recherche sur l'ARN

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Co-chercheurs : Jérôme Waldispuhl
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(FQ) Dévelop. de partenariats stratégiques en matière d'enseignement et de recherche (CFQCU)
2008 - 2016

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)

Chercheur principal : Luc Vinet
Co-chercheurs : Pavel Winternitz , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Gena Hahn , Marlène Frigon , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Jonathan Taylor , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Christian Léger , Jean-François Angers , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Anne Bourlioux , Abraham Broer , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Octavian Cornea , Line Baribeau , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Pengfei Guan , David Avis , Michael C. Mackey , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , Henri Darmon , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Alexei Miasnikov , Erica Moodie , Thomas Wihler , Robert Seiringer , Johannes Walcher , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , André Fortin , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Pawel Gora , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Bruno L. Rémillard , Elisa Shahbazia Ohannessian , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland , Line Baribeau , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , André Fortin , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Elisa Shahbazia Ohannessian
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2011 - 2015

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS

Chercheur principal : Sylvie Hamel

Rayonnement

Publications et communications

Disciplines

  • Informatique
  • Mathématiques fondamentales
  • Biologie moléculaire
  • Génomique

Champ d’expertise

  • Analyse combinatoire
  • Combinatoire des mots
  • Génomique comparative
  • Géométrie combinatoire
  • Logique combinatoire
  • Optimisation combinatoire
  • Recherche de motifs biologiques
  • Théorie combinatoire des ensembles
  • Théorie combinatoire des groupes
  • Théorie combinatoire des nombres
  • Topologie combinatoire
  • Séquençage de génomes