Sciences naturelles et génie; Sciences de la vie
Sylvie Hamel
Mathématique et informatique
- Professeure titulaire
-
Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle
André-Aisenstadt, local 3161
Autre courriel :
hamelsyl@iro.umontreal.ca
(Travail)
Médias
Portrait
Expertise de recherche
Mes travaux de recherche se situent à l'interface entre l'informatique et les mathématiques avec des applications en biologie moléculaire. Plus particulièrement, je m'intéresse aux problèmes algorithmiques liés à l'analyse des données provenant du séquençage. Je m'intéresse plus particulièrement à la recherche efficace de mots et de motifs, au réarrangement de génomes et, plus récemment, au repliement de protéines en milieu aqueux. J'ai aussi des intérêts de recherche en informatique théorique, en combinatoire algébrique et en combinatoire des mots.
Pour en savoir plus…
Affiliations et responsabilités
Affiliations de recherche
Enseignement et encadrement
Enseignement
Cours siglés (session en cours uniquement)
Programmes
- 117510 – Baccalauréat en informatique
- 117520 – Majeure en informatique
- 117540 – Mineure en informatique
- 119110 – Baccalauréat en mathématiques et informatique
- 119110 – Baccalauréat en mathématiques et informatique
- 120510 – Baccalauréat en physique et informatique
- 120510 – Baccalauréat en physique et informatique
- 146810 – Baccalauréat en bio-informatique
Encadrement
Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)
2019
Étude combinatoire et algorithmique de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau
Diplômé(e) : Desharnais, Charles
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2019
Étude algorithmique et combinatoire de la méthode de Kemeny-Young et du consensus de classements
Diplômé(e) : Milosz, Robin
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2016
Étude de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau
Diplômé(e) : Milosz, Robin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2014
Analysing artefacts dependencies to evolving software systems
Diplômé(e) : Jaafar, Fehmi
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2013
Evaluating Design Decay during Software Evolution
Diplômé(e) : Hassaine, Salima
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2013
Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle
Diplômé(e) : St-Onge, Karine
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2011
Modeling protein evolution using secondary structures
Diplômé(e) : Mohaddes, Zia
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2011
Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance
Diplômé(e) : Benoit Bouvrette, Louis Philip
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2010
Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces
Diplômé(e) : Doyon, Jean-Philippe
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2007
Helix Explorer : une nouvelle base de données de structures de protéines
Diplômé(e) : Tikah Marrakchi, Mohamed
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2007
De nouveaux algorithmes de tri par transpositions
Diplômé(e) : Benoît-Gagné, Maxime
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2007
Parcours de parents immigrants dont le fils a fait l'expérience d'un gang de rue et d'une institutionnalisation : vécu familial bouleversé
Diplômé(e) : Brisebois, René-André
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2006
Algorithme de comparaison de structures secondaires d'ARN
Diplômé(e) : Guignon, Valentin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2006
L'intervention face au phénomène des gangs : l'exemple du Centre jeunesse de Montréal - Institut universitaire
Diplômé(e) : Razik, Noureddine
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2006
Application d'algorithmes de bio-informatique à la recherche de patrons de conception
Diplômé(e) : Kaczor, Olivier
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Projets
Projets de recherche
2016
- 2023
Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics.
Chercheur principal :
Sylvie Hamel
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015
- 2023
CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)
Chercheur principal :
Luc Vinet
Co-chercheurs :
Pavel Winternitz
,
Alfred Michel Grundland
,
Christiane Rousseau
,
Sabin Lessard
,
François Perron
,
Sylvie Hamel
,
Marlène Frigon
,
Karim Jerbi
,
Jacques Bélair
,
François Lalonde
,
Robert Gwyn Owens
,
Gilles Brassard
,
Alain Vinet
,
Michel Delfour
,
Yvan Saint Aubin
,
Manuel Morales
,
Paul M Gauthier
,
Manu Paranjape
,
Véronique Hussin
,
Fahima Nekka
,
Yoshua Bengio
,
Pierre Duchesne
,
Jiri Patera
,
Nadia El-Mabrouk
,
Louis-Pierre Arguin
,
Andrew Granville
,
Iosif Polterovich
,
Octavian Cornea
,
Matilde Lalin
,
Dimitrios Koukoulopoulos
,
Maciej Augustyniak
,
Jun Li
,
William Witczak-Krempa
,
Gena Hahn
,
Mireille Schnitzer
,
Alexander Fribergh
,
Benjamin Seamone
,
Egor Shelukhin
,
Alejandro Murua
,
Mylène Bédard
,
Alain Tapp
,
Laurent Charlin
,
Hélène Cossette
,
Christian Genest
,
Frédéric Gourdeau
,
Claude Levesque
,
Étienne Marceau
,
Pierre Mathieu
,
Thomas Joseph Ransford
,
Louis-Paul Rivest
,
Jean-Marie De Koninck
,
Javad Mashreghi
,
Thierry Duchesne
,
Alexandre Bureau
,
M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb
,
José Manuel Urquiza
,
Hugo Chapdelaine
,
Michael Lau
,
Nicolas Doyon
,
Alexandre Girouard
,
Khader Khadraoui
,
Antonio Lei
,
Pengfei Guan
,
Xiaowen Chang
,
Prakash Panangaden
,
R Platt
,
Michael C. Mackey
,
John A Toth
,
Henri Darmon
,
Karl Peter Russell
,
Niky Kamran
,
Jacques Claude Hurtubise
,
Adrian Iovita
,
Peter Bartello
,
Eyal Goren
,
Dmitry Jakobson
,
Vojkan Jaksic
,
Daniel Tzvi Wise
,
Bruce Alan Reed
,
Anthony Raymond Humphries
,
Frederic Guichard
,
Russell Steele
,
Erik P. Cook
,
Robert Brandenberger
,
Adrian Vetta
,
Erica Moodie
,
Keshav Dasgupta
,
Christophe Grova
,
Bruce Shepherd
,
David Stephens
,
Gantumur Tsogtgerel
,
Johanna Neslehova
,
Jean-Christophe Nave
,
Johannes Walcher
,
Paul François
,
Hamed Hatami
,
Anmar Khadra
,
Adam M. Oberman
,
Michael Yves Michel Pichot
,
Frédéric Lesage
,
Jean-Marc Lina
,
Vladimir Makarenkov
,
Alexander Maloney
,
Dana Louigi Addario-Berry
,
André Fortin
,
André Garon
,
Dominique Pelletier
,
Vahid Partovi Nia
,
Éric P. Marchand
,
Debbie Janice Dupuis
,
Syed Ali
,
Yogendra Chaubey
,
Christopher Cummins
,
Chantal David
,
Eusebius Jacobus Doedel
,
José Garrido
,
Pawel Gora
,
Richard Hall
,
John P. Harnad
,
Hershy Kisilevsky
,
Galia Dafni
,
D. Korotkin
,
Xiaowen Zhou
,
Benoit Larose
,
Marco Bertola
,
Alexei Kokotov
,
Wei Sun
,
Cody Hyndman
,
Alina Stancu
,
Patrice Gaillardetz
,
Lea Popovic
,
André Dieter Bandrauk
,
Ibrahim Assem
,
Tomasz Kaczynski
,
Shiping Liu
,
Virginie Charette
,
Vasilisa Shramchenko
,
Maxime Descoteaux
,
Taoufik Bouezmani
,
Anne Bergeron
,
François Bergeron
,
Steven P. Boyer
,
Srecko Brlek
,
Sorana Froda
,
Christophe Reutenauer
,
Roger Villemaire
,
Jean-François Renaud
,
Vestislav Apostolov
,
Steven Lu
,
Pedro Peres-Neto
,
Christophe Hohlweg
,
Mathieu Boudreault
,
Geneviève Lefebvre
,
FRANCO SALIOLA
,
Alexandre Roch
,
Simon Guillotte
,
Frédéric Rochon
,
Karim Oualkacha
,
Mark Powell
,
Bruno L. Rémillard
,
Alexandre Blondin-Massé
,
Thomas Brüstle
,
Richard Fournier
,
Linan Chen
,
Clement Hyvrier
,
Payman Kassaei
,
Piotr Przytycki
,
Denis Talbot
,
Jean-François Coeurjolly
,
Frédéric Godin
,
Marcin Sabok
,
Yi Yang
,
Anne Mackay
,
Paramita Saha Chaudhuri
,
Jérôme Vétois
,
Ting-Huei Chen
,
Aurélie Labbe
,
Mélina Mailhot
,
Alexandra Schmidt
,
Simon Philippe Caron-Huot
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2020
- 2021
Supplément COVID-19 CRSNG_Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics.
Chercheur principal :
Sylvie Hamel
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de
soutien à la recherche COVID-19
2003
- 2017
ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS
Chercheur principal :
Sylvie Hamel
Sources de financement :
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015
- 2016
Réseau Franco-Québécois de recherche sur l'ARN
Chercheur principal :
Sylvie Hamel
Co-chercheurs :
Jérôme Waldispuhl
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(FQ) Dévelop. de partenariats stratégiques en matière d'enseignement et de recherche (CFQCU)
2008
- 2016
CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)
Chercheur principal :
Luc Vinet
Co-chercheurs :
Pavel Winternitz
,
Christiane Rousseau
,
Sabin Lessard
,
François Perron
,
Sylvie Hamel
,
Gena Hahn
,
Marlène Frigon
,
Jacques Bélair
,
François Lalonde
,
Robert Gwyn Owens
,
Gilles Brassard
,
Michel Delfour
,
Yvan Saint Aubin
,
Manuel Morales
,
Jonathan Taylor
,
Paul M Gauthier
,
Manu Paranjape
,
Véronique Hussin
,
Fahima Nekka
,
Christian Léger
,
Jean-François Angers
,
Yoshua Bengio
,
Pierre Duchesne
,
Anne Bourlioux
,
Abraham Broer
,
Jiri Patera
,
Nadia El-Mabrouk
,
Andrew Granville
,
Iosif Polterovich
,
Octavian Cornea
,
Line Baribeau
,
Christian Genest
,
Frédéric Gourdeau
,
Robert Guénette
,
Claude Levesque
,
Pierre Mathieu
,
Thomas Joseph Ransford
,
Louis-Paul Rivest
,
Jean-Marie De Koninck
,
Javad Mashreghi
,
Thierry Duchesne
,
Pengfei Guan
,
David Avis
,
Michael C. Mackey
,
James Owen Ramsay
,
John A Toth
,
Sherwin A Maslowe
,
Henri Darmon
,
David B Wolfson
,
Karl Peter Russell
,
Olga Kharlampovich
,
Niky Kamran
,
Jacques Claude Hurtubise
,
Adrian Iovita
,
Peter Bartello
,
Eyal Goren
,
Dmitry Jakobson
,
Alain C. Vandal
,
Vojkan Jaksic
,
Daniel Tzvi Wise
,
Anthony Raymond Humphries
,
Alexei Miasnikov
,
Erica Moodie
,
Thomas Wihler
,
Robert Seiringer
,
Johannes Walcher
,
Frédéric Lesage
,
Jean-Marc Lina
,
André Fortin
,
André Garon
,
John Mullins
,
Éric P. Marchand
,
Debbie Janice Dupuis
,
Syed Ali
,
Yogendra Chaubey
,
Christopher Cummins
,
Chantal David
,
Pawel Gora
,
John P. Harnad
,
Hershy Kisilevsky
,
John McKay
,
Galia Dafni
,
D. Korotkin
,
Benoit Larose
,
Marco Bertola
,
Vasek Chvatal
,
Alexander Shnirelman
,
Alina Stancu
,
Lea Popovic
,
André Dieter Bandrauk
,
Ibrahim Assem
,
Tomasz Kaczynski
,
Shiping Liu
,
Virginie Charette
,
Vasilisa Shramchenko
,
Maxime Descoteaux
,
François Bergeron
,
Steven P. Boyer
,
Srecko Brlek
,
André Joyal
,
Brenda MacGibbon
,
Christophe Reutenauer
,
Vestislav Apostolov
,
Olivier Collin
,
Steven Lu
,
Bruno L. Rémillard
,
Elisa Shahbazia Ohannessian
,
Yinannis Petridis
,
David Sankoff
,
Thomas Brüstle
,
Habib Benali
,
Nantel Bergeron
,
Simon Chauve
,
Francis Clarke
,
Richard Fournier
,
Martin Jakob Gander
,
Nadia Ghazzali
,
Alfred Michel Grundland
Sources de financement :
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention :
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2011
- 2015
ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS
Chercheur principal :
Sylvie Hamel
Rayonnement
Publications et communications
Disciplines
- Informatique
- Mathématiques fondamentales
- Biologie moléculaire
- Génomique
Champ d’expertise
- Analyse combinatoire
- Combinatoire des mots
- Génomique comparative
- Géométrie combinatoire
- Logique combinatoire
- Optimisation combinatoire
- Recherche de motifs biologiques
- Théorie combinatoire des ensembles
- Théorie combinatoire des groupes
- Théorie combinatoire des nombres
- Topologie combinatoire
- Séquençage de génomes