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Health Sciences; Life Sciences

Julie Hussin

Méthodes d'apprentissage profond en recherche biomédicale

Professeure sous octroi agrégé

Faculté de médecine - Département de médecine

Secondary number: 514 376-3330 #2028 (Travail 1)
Secondary email: julie.hussin@umontreal.ca (Travail)

Profile

Research expertise

Julie Hussin dirige un groupe de recherche à l’Institut de Cardiologie de Montréal (ICM). Son poste consiste à réaliser et superviser des projets de recherche en génétique des populations humaines et en génomique personnalisée. Elle organise également des activités et événements pour rejoindre les bio-informaticiens du centre de recherche et créer une synergie entre les équipes qui utilisent des méthodes statistiques et informatiques à l’ICM.

Le travail de recherche la passionne depuis des années et elle adore faire de nouvelles découvertes dans les données biologiques qui n’en finissent plus d’être générées.

Biography

Dre Julie Hussin est professeure sous octroi adjointe au Département de médecine de l’Université de Montréal et chercheuse junior 1 du FRQS. Elle dirige le groupe de bioinformatique OMICS à l’Institut de Cardiologie de Montréal (ICM). Julie est formée en biologie computationnelle et s’intéresse particulièrement à la génétique des populations, à la recherche biomédicale et aux méthodes d’apprentissage profond.

Avant de se joindre à l’ICM, elle a été boursière postdoctorale du groupe de Peter Donnelly au Wellcome Trust Centre for Human Genetics de l’Université d’Oxford et boursière invitée au Centre d’innovation Génome Québec et à l’Université McGill. De 2009 à 2013, elle a fait son doctorat avec Philip Awadalla au Centre de recherche de l’Hôpital Sainte-Justine.

Affiliations and responsabilities

Research affiliations

Research units

Membre

Affiliated institutions

  • Institut de cardiologie de Montréal (ICM)

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2024

Épistasie en médecine évolutive

Graduate : Gamache, Isabel
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2023

Approches bio-informatiques protéome-centrées pour l’étude des phénotypes complexes

Graduate : Besse, Savandara Ladyson
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2023

L’impact des mutations récurrentes du SARS-CoV-2 sur l’évasion immunitaire

Graduate : Fournelle, Dominique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022

Modeling meiotic recombination hotspots using deep learning

Graduate : Takla, Emad
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022

Characterizing the impact of the mutational landscape of SARS-CoV-2 on epitope presentation and CTL

Graduate : Hamelin, David
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022

Évaluation de l’imputation des données génétiques Canadiennes-Françaises

Graduate : Pelletier, Justin
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2021

Caractérisation de deux familles de pharmacogènes, les gènes CYP3A et CYP4F

Graduate : Richard-St-Hilaire, Alex
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2020

Le cœur métabolique : la métabolomique afin de mieux caractériser l’infarctus du myocarde

Graduate : Samman, Karla N.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Projects

Research projects

2024 - 2031

Réseau Québécois en Reproduction

Lead researcher : Derek Boerboom , Jocelyn Dubuc
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2024 - 2028

Evolutionary and Functional Dynamics of Cytochrome P450 Genes and Pseudogenes

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT) , CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Programme NOVA pour chercheur(e)s de la relève (partenariat avec CRSNG) , PVXXXXXX-Programme NOVA pour chercheur(e)s de la relève (partenariat avec FRQNT)
2024 - 2028

Evolutionary and Functional Dynamics of Cytochrome P450 Genes and Pseudogenes

Lead researcher : Julie Hussin
2022 - 2028

Precision medicine study of treatment options in type 2 diabetes patients without cardiovascular disease

Lead researcher : Marie-Pierre Dubé
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2022 - 2028

Study of sex-specific biological factors underlying cognitive function and cardiovascular outcomes

Lead researcher : Marie-Pierre Dubé
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2022 - 2028

Interpretable Machine Learning Approaches Applied to Omics Datasets

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2022 - 2028

Interpretable Machine Learning Approaches Applied to Omics Datasets

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(DGECR) Tremplin vers la découverte
2022 - 2028

Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial

Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Subvention d'équipe
2022 - 2027

Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial

Lead researcher : Marie-Pierre Dubé
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Subventions de recherche en partenariat
2022 - 2026

Approches computationnelles multi-omiques pour la recherche sur les maladies cardiovasculaires et la COVID19

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 2
2022 - 2023

Interpretability of Deep Learning Approaches Applied to Omics Datasets

Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
2022 - 2023

Canadian Data Integration Centre

Funding sources: Ontario Institute for Cancer Research
Grant programs:
2017 - 2023

Determining the genetic and environmental factors associated with metabolic phenotypes across Canada.

Co-researchers : Julie Hussin
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2021 - 2022

Coronavirus Variants Rapid Response Network_CoVaRR-Net (Genomic surveillance and modeling for the COVID-19 variant endgame)

Co-researchers : Julie Hussin
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Subvention de fonctionnement (COVID-19)
2020 - 2022

Génomique computationelle et évolutive en médecine personnalisée

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2020 - 2022

Génomique computationelle et évolutive en médecine personnalisée

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 1
2019 - 2022

Biomarqueurs pour l'insuffisance cardiaque à fraction d'éjection préservée: à la recherche de cibles pour le diagnostic et des interventions thérapeutiques grâce à la métabolomique

Lead researcher : Christine Des Rosiers
Co-researchers : Jean-Claude Tardif , Pierre Chaurand , Julie Hussin
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Communauté française de Belgique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2020 - 2021

Quantitative Approaches to Understand Differential Immune Responses in COVID-19

Lead researcher : Morgan Craig
Co-researchers : Julie Hussin
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Subventions Alliance
2020 - 2021

Analyse de données multi-omiques en recherche cardiovasculaire

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds des leaders
2018 - 2021

Les ARNs non-codants dans la physiopathologie, la thérapie et la prognostication de la fibrillation atriale.

Lead researcher : Stanley Nattel
Co-researchers : Jean-Claude Tardif , Guillaume Lettre , Laurent Macle , Julie Hussin
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Recherches sur les maladies cardiovasculaires NSFC-FRQS
2019 - 2020

Deep Learning Methods in Biomedical Research: from Genomics to Multi-Omics Approaches

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2019

Annotation des chromosomes sexuels de l’ornithorynque par apprentissage automatique

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018 - 2019

FICM 2018-2019

Lead researcher : Julie Hussin
Funding sources: Fondation de l'Institut de cardiologie de Montréal
Grant programs:

Outreach

Publications and presentations

Disciplines

  • Bioinformatics
  • Biomedical Sciences
  • Genomics
  • Epidemiology and Biostatistics
  • Computer Science

Areas of expertise

  • Computer Databases
  • Data mining
  • Population Genetics
  • Biomedical Technologies
  • COVID-19
  • COVID19