Health Sciences; Life Sciences
Julie Hussin
Méthodes d'apprentissage profond en recherche biomédicale
- Professeure sous octroi agrégé
-
Faculté de médecine - Département de médecine
Secondary number:
514 376-3330 #2028
(Travail 1)
Secondary email:
julie.hussin@umontreal.ca
(Travail)
Media
Profile
Research expertise
Julie Hussin dirige un groupe de recherche à l’Institut de Cardiologie de Montréal (ICM). Son poste consiste à réaliser et superviser des projets de recherche en génétique des populations humaines et en génomique personnalisée. Elle organise également des activités et événements pour rejoindre les bio-informaticiens du centre de recherche et créer une synergie entre les équipes qui utilisent des méthodes statistiques et informatiques à l’ICM.
Le travail de recherche la passionne depuis des années et elle adore faire de nouvelles découvertes dans les données biologiques qui n’en finissent plus d’être générées.
Biography
Dre Julie Hussin est professeure sous octroi adjointe au Département de médecine de l’Université de Montréal et chercheuse junior 1 du FRQS. Elle dirige le groupe de bioinformatique OMICS à l’Institut de Cardiologie de Montréal (ICM). Julie est formée en biologie computationnelle et s’intéresse particulièrement à la génétique des populations, à la recherche biomédicale et aux méthodes d’apprentissage profond.
Avant de se joindre à l’ICM, elle a été boursière postdoctorale du groupe de Peter Donnelly au Wellcome Trust Centre for Human Genetics de l’Université d’Oxford et boursière invitée au Centre d’innovation Génome Québec et à l’Université McGill. De 2009 à 2013, elle a fait son doctorat avec Philip Awadalla au Centre de recherche de l’Hôpital Sainte-Justine.
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Research units
Membre
Affiliated institutions
- Institut de cardiologie de Montréal (ICM)
Teaching and supervision
Teaching
Courses taught (current session only)
Programs
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
2025
De la génomique à la métabolomique pour la médecine de précision via des approches statistiques et d'apprentissage automatique
Graduate : Baron, Cantin
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2025
Big Data approaches to viral genomics and evolutionary dynamics of SARS-CoV-2
Graduate : Mostefai, Fatima
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2023
Approches bio-informatiques protéome-centrées pour l’étude des phénotypes complexes
Graduate : Besse, Savandara Ladyson
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2023
L’impact des mutations récurrentes du SARS-CoV-2 sur l’évasion immunitaire
Graduate : Fournelle, Dominique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022
Modeling meiotic recombination hotspots using deep learning
Graduate : Takla, Emad
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022
Characterizing the impact of the mutational landscape of SARS-CoV-2 on epitope presentation and CTL
Graduate : Hamelin, David
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2022
Évaluation de l’imputation des données génétiques Canadiennes-Françaises
Graduate : Pelletier, Justin
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2021
Caractérisation de deux familles de pharmacogènes, les gènes CYP3A et CYP4F
Graduate : Richard-St-Hilaire, Alex
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2020
Le cœur métabolique : la métabolomique afin de mieux caractériser l’infarctus du myocarde
Graduate : Samman, Karla N.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
2024
- 2031
Réseau Québécois en Reproduction
Co-researchers :
Lawrence C. Smith
,
Bruce D. Murphy
,
Jacques Drouin
,
André Tremblay
,
Jean-Claude Labbé
,
Julie Lavoie
,
Sébastien Buczinski
,
Simon Dufour
,
Greg Fitzharris
,
Alexandre Boyer
,
Kalidou Ndiaye
,
Serge McGraw
,
Mouhamadou Diaw
,
Gustavo Zamberlam
,
Marianne Villettaz Robichaud
,
Sophie Petropoulos
,
Julie Hussin
,
Juan Carlos Arango Sabogal
,
Julie Brind'Amour
,
Guillaume St-Jean
,
Pablo Valdes Donoso
,
Sarah Kimmins
,
Paul François
,
Anthony Estienne
,
Isabella Nicola
,
Bernhard Payer
,
Nicolas Gévry
,
Daniel J. Bernard
,
Cathy Vaillancourt
,
Jacquetta M Trasler
,
Hugh Clarke
,
Bernard Robaire
,
Guylain Boissonneault
,
Éric Asselin
,
Barbara F Hales
,
Makoto Nagano
,
Rima Slim
,
Rajesha Duggavathi
,
Carlos Reyes-Moreno
,
Roger I Cue
,
Roger I Cue
,
Marc-André Sirard
,
Robert Viger
,
François Richard
,
Pierre Leclerc
,
Jacques J. Tremblay
,
Édith Charbonneau
,
Vilceu Bordignon
,
Kessen Patten
,
Claude Robert
,
Yojiro Yamanaka
,
Daniel Cyr
,
Isabelle Plante
,
Géraldine Delbès
,
Debora Santschi
,
Elsa Vasseur
,
Elsa Vasseur
,
Guylaine Sauvé
,
Clémence Belleannée
,
Kevin Wade
,
Nicolas Pilon
,
Maritza Jaramillo Patino
,
Sylvie Breton
,
William Pastor
,
Abdoulaye Banire Diallo
,
Véronique Ouellet
,
Teruko Taketo-Hosotani
,
Aimee Ryan
,
Loydie Majewska
,
Cristian Marcel O'Flaherty
,
Laurence Charton
,
Philippe Constant
,
Cristiano Côrtes
,
Sylvain Riendeau
,
Xianming Zhang
,
Étienne Audet-Walsh
,
Mariane Bertagnolli
,
Karine Dufresne
,
Isabelle Gilbert
,
Mauro Silva
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2024
- 2030
The Canadian Bioinformatics and Computational Biology Training and Community Platform (BCBHDS Platform)
Lead researcher :
Michelle Brazas
Co-researchers :
Julie Hussin
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Subvention de formation
2024
- 2029
Canada Research Chair_Responsible Multiomics Data Science
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVX50399-Chaires de recherche du Canada - CRSNG
2024
- 2028
Evolutionary and Functional Dynamics of Cytochrome P450 Genes and Pseudogenes
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
,
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Programme NOVA pour chercheur(e)s de la relève (partenariat avec CRSNG)
,
PVXXXXXX-Programme NOVA pour chercheur(e)s de la relève (partenariat avec FRQNT)
2024
- 2028
Evolutionary and Functional Dynamics of Cytochrome P450 Genes and Pseudogenes
Lead researcher :
Julie Hussin
2022
- 2028
Study of sex-specific biological factors underlying cognitive function and cardiovascular outcomes
Lead researcher :
Marie-Pierre Dubé
Co-researchers :
Jean-Claude Tardif
,
Simon de Denus
,
Louis Bherer
,
Joëlle Rouleau
,
Julie Hussin
,
Sarah Gagliano Taliun
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2022
- 2028
Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Subvention d'équipe
2022
- 2028
Precision medicine study of treatment options in type 2 diabetes patients without cardiovascular disease
Lead researcher :
Marie-Pierre Dubé
Co-researchers :
Jean-Claude Tardif
,
Simon de Denus
,
Louis Bherer
,
Julie Hussin
,
Sarah Gagliano Taliun
,
André Carpentier
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2022
- 2028
Interpretable Machine Learning Approaches Applied to Omics Datasets
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-(DGECR) Tremplin vers la découverte
2022
- 2028
Interpretable Machine Learning Approaches Applied to Omics Datasets
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2025
- 2027
Co-evolution of Cytochrome P450 and Olfactory Receptor Gene Families in Primate Species
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subventions Alliance - International Catalyseur
2024
- 2027
Utilisation de l'intelligence artificielle pour aider à la sélection des génisses dans le cadre du remplacement des vaches laitières au Québec
Lead researcher :
Pablo Valdes Donoso
Funding sources:
MAPAQ/Ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation
,
DSAHR Inc. (ASTLQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Innovation bioalimentaire 2023-2028 - Volet 2: Recherche appliquée, développement expérimental et adaptation technologique
,
2024
- 2027
Activités de transfert_Utilisation de l'intelligence artificielle pour aider à la sélection des génisses dans le cadre du remplacement des vaches laitières au Québec
Lead researcher :
Pablo Valdes Donoso
Funding sources:
MAPAQ/Ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation
Grant programs:
PVXXXXXX-Innovation bioalimentaire 2023-2028 - Volet 2: Recherche appliquée, développement expérimental et adaptation technologique
2022
- 2027
Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial
Lead researcher :
Marie-Pierre Dubé
Co-researchers :
Jacques Le Lorier
,
Jean-Claude Tardif
,
Simon de Denus
,
Grégoire Leclair
,
Louis Bherer
,
Julie Hussin
,
Sarah Gagliano Taliun
,
André Carpentier
,
Sandra Black
,
Gary Lewis
,
Walter Swardfager
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subventions de recherche en partenariat
2024
- 2026
Projet Recherche_Utilisation de l'intelligence artificielle pour aider à la sélection des génisses dans le cadre du remplacement des vaches laitières au Québec
Lead researcher :
Pablo Valdes Donoso
2022
- 2026
Approches computationnelles multi-omiques pour la recherche sur les maladies cardiovasculaires et la COVID19
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 2
2024
- 2025
Delineating the Correlates of Tissue Repair Pathways Promoted by Platelet Rich Plasma
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
MITACS Inc.
Grant programs:
PVXXXXXX-Stage Accélération Québec - MITACS
2022
- 2023
Canadian Data Integration Centre
Funding sources:
Ontario Institute for Cancer Research
Grant programs:
2022
- 2023
Interpretability of Deep Learning Approaches Applied to Omics Datasets
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
2017
- 2023
Determining the genetic and environmental factors associated with metabolic phenotypes across Canada.
Co-researchers :
Julie Hussin
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
2021
- 2022
Coronavirus Variants Rapid Response Network_CoVaRR-Net (Genomic surveillance and modeling for the COVID-19 variant endgame)
Co-researchers :
Julie Hussin
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Subvention de fonctionnement (COVID-19)
2020
- 2022
Génomique computationelle et évolutive en médecine personnalisée
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Établissement de jeunes chercheurs Juniors 1
2020
- 2022
Génomique computationelle et évolutive en médecine personnalisée
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Junior 1
2019
- 2022
Biomarqueurs pour l'insuffisance cardiaque à fraction d'éjection préservée: à la recherche de cibles pour le diagnostic et des interventions thérapeutiques grâce à la métabolomique
Lead researcher :
Christine Des Rosiers
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Communauté française de Belgique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2020
- 2021
Quantitative Approaches to Understand Differential Immune Responses in COVID-19
Lead researcher :
Morgan Craig
Co-researchers :
Julie Hussin
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Subventions Alliance
2020
- 2021
Analyse de données multi-omiques en recherche cardiovasculaire
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds des leaders
2018
- 2021
Les ARNs non-codants dans la physiopathologie, la thérapie et la prognostication de la fibrillation atriale.
Lead researcher :
Stanley Nattel
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Recherches sur les maladies cardiovasculaires NSFC-FRQS
2019
- 2020
Deep Learning Methods in Biomedical Research: from Genomics to Multi-Omics Approaches
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
2019
Annotation des chromosomes sexuels de l’ornithorynque par apprentissage automatique
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018
- 2019
FICM 2018-2019
Lead researcher :
Julie Hussin
Funding sources:
Fondation de l'Institut de cardiologie de Montréal
Grant programs:
Outreach
Publications and presentations
Disciplines
- Bioinformatics
- Biomedical Sciences
- Genomics
- Epidemiology and Biostatistics
- Computer Science
Areas of expertise
- Computer Databases
- Data mining
- Population Genetics
- Biomedical Technologies
- COVID-19
- COVID19