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Natural Sciences and Engineering; Applied Sciences

Timothée Poisot

Comment peut-on prédire la perte de biodiversité, et l'émergence de nouvelles maladies infectieuses?

Professeur titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

Complexe des sciences, room B-5439

514 343-7691

timothee.poisot@umontreal.ca

Media

SÉRi 7 - Vitrine technologique – Timothée Poisot - UdeM

Timothée Poisot de l’UdeM nous présente la vitrine technologique: « L'écologie computationnelle pour les décideurs » Vitrine technologique - SÉRI 7 - Végétalissime 14 mai 2019

SÉRI MONTRÉAL

« What should we eat next? » par Timothée Poisot | SÉRI Montréal, le 17 octobre 2017

Conférence de M. Timothée Poisot, professeur adjoint au département des sciences biologiques de l'Université de Montréal , sur « What should we eat next? Using machine learning to predict the structure of ecological systems » présentée le 17 octobre 2017 à l'événement SÉRI Montréal "Intelligence: (r)évolution".

SÉRI MONTRÉAL

Profile

Research expertise

Mes questions centrales sont:

  • comment la variation spatio-temporelle des interactions biotique contribue à la distribution spatiale des propriétés écosystemiques
  • comment intégrer la variabilité des interactions dans les approches de conservation et de gestion (notamment du risque infectieux)
  • comment intégrer différents domaines de l'écologie pour développer des méthodes numériques permettant de prédire la structure des interactions entre espèces sachant que les observations empiriques sont difficiles/couteuses/rares.

Biography

Timothée Poisot est professeur agrégé au département de sciences biologiques de l’Université de Montréal et chercheur au Centre de sciences de la biodiversité du Québec. Il mène une étude internationale sur les calculs des risques d’une prochaine pandémie.

Awards and recognitions

  • Prix d'excellence du CSBQ - 2014/04
  • Société Française d'Écologie: Prix jeune chercheur - meilleur travail doctoral- 2012/07
  • Prix d'excellence du CSBQ - 2012/04
  • Prix d'excelence à l'Université de Montpellier II - 2008/06

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Affiliations and responsabilities

Research affiliations

Research units

Membre

Teaching and supervision

Teaching

Courses taught (current session only)

Programs

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2024

Vers une théorie de l’entropie maximale des réseaux trophiques

Graduate : Banville, Francis
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2022

Laisser sa trace : utiliser les interactions pour comprendre l'évolution

Graduate : Besson, Mathilde
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2022

Biogéographie socio-écologique des lacs au Canada

Graduate : Dupont, Andréanne
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Projects

Research projects

2025 - 2031

The impact of abrupt warming on cultural evolution: the Late Glacial Interstadial Complex in Europe

Lead researcher : Ariane Burke
Co-researchers : Timothée Poisot , Francesco Pausata
Funding sources: CRSH/Conseil de recherches en sciences humaines du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Subvention Savoir
2024 - 2029

Centre de la Science de la Biodiversite du Quebec_CSBQ //Séroprévalence du CDT en milieu urbain

Lead researcher : Andrew Gonzalez
Co-researchers : Timothée Poisot
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2021 - 2028

Calcul Québec

Lead researcher : Marie-Jean Meurs
Co-researchers : Timothée Poisot
Funding sources: FRQSC/Fonds de recherche du Québec - Société et culture (FQRSC)
Grant programs: PVXXXXXX-(AGO) Initiative AGORA
2021 - 2027

The many paths to ecological network inference: reconciling machine learning, empirical data, and ecological knowledge

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2021 - 2027

The many paths to ecological network inference: reconciling machine learning, empirical data, and ecological knowledge

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte
2024 - 2026

Financement de recherche postdoctorale IVADO 2024 - Michael Catchen

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2020 - 2026

NSERC CREATE in ecology, evolution and environmental science: The Living Data Project

Lead researcher : Diane Srivastava
Co-researchers : Timothée Poisot , Éric Harvey
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118026-FONCER : Prog. formation orientée nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche
2021 - 2025

Coupling biodiversity and ecosystem models for efficient biodiversity monitoring

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: Wellcome Trust
Grant programs:
2018 - 2025

BIOS2 : Computational Biodiversity Science and Services

Lead researcher : Dominique Gravel
Co-researchers : Timothée Poisot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118026-FONCER : Prog. formation orientée nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche
2022 - 2024

Reconnaissance de microdialectes et de chants individuels de Bruants des prés avec un réseau neural profond

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018 - 2024

BIOS2 : Computational Biodiversity Science and Services

Lead researcher : Dominique Gravel
Co-researchers : Anne Bruneau , Timothée Poisot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
2022 - 2023

BON in a Box 2.0

Funding sources: Université McGill
Grant programs:
2022 - 2023

Alliance de recherche numérique du Canada - Soutien à Calcul Québec 2022-2023

Funding sources: Alliance de recherche numérique du Canada
Grant programs:
2021 - 2023

CSBQ // K2A Network on EBV's

Lead researcher : Andrew Gonzalez
Co-researchers : Timothée Poisot
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2019 - 2023

Laboratoire d'écologie quantitative et informatique

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: Université de Montréal
Grant programs: PVXXXXXX-FEI sans restriction
2019 - 2023

Laboratoire d'écologie quantitative et informatique

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'exploitation des infrastructures (FEI)
2019 - 2023

Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au doctorat Francis Banville

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2015 - 2023

CALCUL QUEBEC

Lead researcher : Paul Charbonneau , Timothée Poisot , Marie-Jean Meurs
Co-researchers : Laurent J. Lewis , Anne Bruneau , Damian Labuda , Georges Michaud , Rémy Sauvé , Michel Côté , Jacques Drouin , Normand Mousseau , François Schiettekatte , Daniel Sinnett , Mohamed Hijri , Jesse Shapiro , Mark E. Samuels , Lune Bellec , Armand Soldera , David Sénéchal , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Nicolas Moitessier , Stefan Sinclair , Georges Dionne , Erica Moodie , Victoria Kaspi , Lorne Archie Nelson , Jackalyn Marie Vogel , Alan C Evans , Brigitte Jaumard , Russell Davidson , Martin Aube , Ali Dolatabadi , Pierre Proulx , François Vidal , Claude Legault , Hong Guo , Alain Rochefort , André-Marie Tremblay , Alexandre Blais , Sivakumaran Nadarajah , François Bertrand , Frédéric Sirois , G. Peslherbe , Marius Paraschivoiu , André Dieter Bandrauk , Noureddine Atalla , Adam Skorek , Hugo Larochelle , Guillaume Bourque , W Robert J Funnell , Sang Yong Jeon , Guy Moore , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , Éric Laurendeau , Wagdi Habashi , Thomas Fevens , Kalifa Goïta , Stéphane Moreau , Patrizio Antici , Dany Dumont , Jannette Frandsen , Gabriel Crainic , Marc Parizeau , Leandro Coelho , Hugo Martel , Laxmi Sushama , Guy Dumas , Christian Gagné , Pierre Gauthier , Louis Jean Dubé , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Arnaud Droit , Frédéric Maps , Abdelkader Baggag , René Laprise , Simon Guillotte , Marie-Jean Meurs , Rober Platt
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2015 - 2023

Contribution complémentaire pour le financement de Calcul-Québec

Lead researcher : Paul Charbonneau , Timothée Poisot
Co-researchers : Laurent J. Lewis , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Marc Parizeau
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Regroupement stratégique
2015 - 2023

Contribution complémentaire 2015-2016 pour le financement de Calcul-Québec

Lead researcher : Paul Charbonneau , Timothée Poisot
Co-researchers : Laurent J. Lewis , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Marc Parizeau
Funding sources: FRQSC/Fonds de recherche du Québec - Société et culture (FQRSC)
Grant programs: PVXXXXXX-Subvention générale et projets spéciaux (non partageable au prorata)
2021 - 2022

Assembling, predicting and refining a predator-prey metaweb for Canada Canadian metaweb prediction and forecasting

Lead researcher : Timothée Poisot
Co-researchers : Laura Jo Pollock
Funding sources: ICÉÉ-CIEE/Institut canadien d'écologie et d'évolution/Canadian institute of ecology and evolution
Grant programs:
2016 - 2022

Laboratoire d'écologie quantitative et informatique

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds des leaders
2015 - 2022

Causes and consequences of spatio-temporal variation of species interactions at the community scale

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2020 - 2021

Develop a rapid assessment pipeline to project global preparedness needs for the next SARS-like coronavirus pandemic, using machine learning in support of cross-disciplinary data synthesis to identify the hotspots of these viral threats in wildlife

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
2018 - 2020

Convention de subvention 2018-2020 avec le MEI pour le soutien des activités de Calcul Québec

Lead researcher : Timothée Poisot
Co-researchers : Laurent J. Lewis , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Marc Parizeau
Funding sources: Ministère Économie et Innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Soutien aux organismes de recherche et innovation (PSO) - Volet 2: Soutien aux projets
2018 - 2020

Contribution ponctuelle pour le financement de Calcul Québec

Lead researcher : Timothée Poisot , Marie-Jean Meurs
Co-researchers : Laurent J. Lewis , Paul Charbonneau , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Marc Parizeau
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-Plateforme Calcul Québec (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)
2016 - 2020

Ecological Society of America (ESA) //Centre de la Science de la Biodiversité du Québec (CSBQ)

Lead researcher : Andrew Gonzalez
Co-researchers : Timothée Poisot
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2018 - 2019

FGR CRSNG : 2018-2019

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-FGR - Subvention de recherche institutionnelle
2018 - 2019

RéseauLab: a novel social-ecological innovation system for transformative change towards sustainability

Lead researcher : Roxane Maranger
Co-researchers : Kathryn Furlong , Sara Teitelbaum , Julie Talbot , Timothée Poisot
Funding sources: CRSH/Conseil de recherches en sciences humaines du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-FGR – Subvention de recherche institutionnelle
2017 - 2018

Convention de subvention 2016-2018 pour le soutien du MESI aux activités de Calcul Québec pour l'année 2017-2018

Lead researcher : Timothée Poisot
Co-researchers : Laurent J. Lewis , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Marc Parizeau
Funding sources: Ministère Économie et Innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1): Soutien à des projets de recherche
2015 - 2018

Nouveaux outils numériques pour décomposer la variation de la structure des communautés écologiques

Lead researcher : Timothée Poisot
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale
2016 - 2017

Pôle d'Analyse et Visualisation de l'Information Climatique et Scientifique _PAVICS )programme Logiciels de recherche de CANARIE)

Lead researcher : Timothée Poisot
Co-researchers : Laurent J. Lewis
Funding sources: Ouranos, Consortium sur la climatologie régionale et l'adaptation aux changements climatiques
Grant programs:

Outreach

Publications and presentations

Disciplines

  • Biology and Related Sciences
  • Epidemiology and Biostatistics
  • Statistics
  • Applied Mathematics

Areas of expertise

  • Computational ecology
  • Biostatistics
  • Community ecology
  • Model Building
  • Coévolution
  • Interactions biotiques
  • Interaction networks
  • Biodiversity
  • Volutionary ecology
  • Phylogenetic analysis
  • Quantitative ecology
  • Numerical ecology
  • Scientific calculation
  • Biodiversity informatics