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Sciences naturelles et génie; Sciences de la vie

Nadia El-Mabrouk

Génétique évolutive du développement et bio-informatique

Professeure titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

André-Aisenstadt, local 3163

514 343-7481

nadia.el-mabrouk@umontreal.ca

Autre numéro : 514 343-5834 (Télécopieur)
Autre courriel : mabrouk@iro.umontreal.ca (Travail)

Portrait

Expertise de recherche

Malgré la remarquable unité des principaux composants du monde vivant (ADN, ARN, code génétique), nous ne sommes probablement pas encore assez conscient de toute la diversité des structures génomiques existantes, ni de la diversité des modes d'évolution les générant. En plus des substitutions, insertions et délétions ponctuelles, les génomes évoluent par une multitude de mécanismes tels que réarrangements, transferts horizontaux, pertes de gènes, hybridation, duplications simples, segmentales ou même de génomes entiers. Par la comparaison de génomes, il est possible d'inférer des scénarios d'évolution pour des familles de gènes, des clusters ou des génomes entiers, et de prédire les les charactéristiques des génomes ancestraux. En plus de permettre de documenter l'histoire de l'évolution de la vie sur terre, l'inférence d'histoires évolutives permet de répondre à une multitude de questions biologiques concernant la fonction des gènes et les spécificités génétiques des espèces. Chaque problème, chaque type de mutation (ou combinaison de mutations), nécessite une modélisation spécifique et donne lieu à des développements algorithmiques, combinatoires, statistiques, mathématiques différents. C'est à ces problèmes que nous nous consacrons.

Biographie

Nadia El-Mabrouk est professeure titulaire au département d'informatique de l'Université de Montréal. Elle detient un Ph.D. en Informatique théorique de l'universite Paris VII, obtenu en 1996. Elle est membre du Centre de Recherche Mathematiques et du Centre Robert Cedergren . Son domaine de recherche est la biologie computationnelle. Ses projets de recherche principaux sont reliés au developpement de méthodes algorithmiques et mathematiques pour la génomique comparative. Elle œuvre regulièrement dans les comité de programme des conférences de Bio-informatiques telles que RECOMB, RECOMB-CG, ISMB, ECCB et WABI.

Prix et distinctions

  • Prix Condorcet-Dessaulles du Mouvement laïque québécois (MLQ) - 2018

Affiliations et responsabilités

Enseignement et encadrement

Encadrement

Thèses et mémoires dirigés (dépôt institutionnel Papyrus)

2019

Méthodes et algorithmes pour l’amélioration de l’inférence de l’histoire évolutive des génomes

Diplômé(e) : Noutahi, Finagnon Marc-Rolland Emmanuel
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2017

Évolution des génomes par mutations locales et globales : une approche d’alignement

Diplômé(e) : Benzaid, Billel
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2016

Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Diplômé(e) : Lafond, Manuel
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2014

Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements

Diplômé(e) : Tremblay Savard, Olivier
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
2012

Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités

Diplômé(e) : Doroftei, Andrea
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2012

Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux

Diplômé(e) : Gagnon, Yves
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
2007

Recherche de snoRNAs de type C/D dans le génome de S.cerevisiae en corrélation avec le signal de reconnaissance à l'enzyme RNT1p

Diplômé(e) : Christin, Sébastien
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets

Projets de recherche

2018 - 2024

An algorithmic framework for gene family evolution

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015 - 2022

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)

Chercheur principal : Luc Vinet
Co-chercheurs : Pavel Winternitz , Alfred Michel Grundland , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Marlène Frigon , Karim Jerbi , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Alain Vinet , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Louis-Pierre Arguin , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Octavian Cornea , Matilde Lalin , Dimitrios Koukoulopoulos , Hélène Cossette , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Étienne Marceau , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Pengfei Guan , Xiaowen Chang , Michael C. Mackey , John A Toth , Henri Darmon , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Erica Moodie , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , David Stephens , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Johannes Walcher , Paul François , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , André Fortin , André Garon , Dominique Pelletier , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Pawel Gora , Richard Hall , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Alexei Kokotov , Wei Sun , Alina Stancu , Patrice Gaillardetz , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , Anne Bergeron , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Jean-François Renaud , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Pedro Peres-Neto , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Bruno L. Rémillard , Alexandre Blondin-Massé , Thomas Brüstle , Richard Fournier , Linan Chen , Jal Choksi , Clement Hyvrier , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , Hélène Cossette , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Étienne Marceau , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , André Fortin , Anne Bergeron , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Jean-François Renaud , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Pedro Peres-Neto , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Maciej Augustyniak , Jun Li , William Witczak-Krempa , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , Khader Khadraoui , Prakash Panangaden , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Geneviève Lefebvre , Karim Oualkacha , Denis Talbot , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Gena Hahn , Mireille Schnitzer , Alexander Fribergh , Benjamin Seamone , Egor Shelukhin , Alejandro Murua , Mylène Bédard , Alain Tapp , Laurent Charlin , Christian Genest , Alexandre Bureau , Nicolas Doyon , R Platt , Bruce Alan Reed , Russell Steele , Vladimir Makarenkov , Vahid Partovi Nia , Xiaowen Zhou , Cody Hyndman , Taoufik Bouezmani , Sorana Froda , Simon Guillotte , Aurélie Labbe , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2017 - 2021

Prédiction automatique de modifications du code génétique et de l’ARN messager

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2013 - 2019

EVOLUTION OF GENOME ORGANIZATION

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2013 - 2017

EVOLUTION DES GENES D'ARN DE TRANSFERT A L'ECHELLE GENOMIQUE

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
2008 - 2016

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)

Chercheur principal : Luc Vinet
Co-chercheurs : Pavel Winternitz , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Gena Hahn , Marlène Frigon , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Jonathan Taylor , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Christian Léger , Jean-François Angers , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Anne Bourlioux , Abraham Broer , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Octavian Cornea , Line Baribeau , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Pengfei Guan , David Avis , Michael C. Mackey , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , Henri Darmon , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Alexei Miasnikov , Erica Moodie , Thomas Wihler , Robert Seiringer , Johannes Walcher , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , André Fortin , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Pawel Gora , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Bruno L. Rémillard , Elisa Shahbazia Ohannessian , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland , Line Baribeau , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , André Fortin , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Elisa Shahbazia Ohannessian
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2008 - 2012

ALGORITHMS FOR THE INFERENCE OF GENE FAMILY EVOLUTION

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk

Rayonnement

Publications et communications

Disciplines

  • Informatique
  • Bio-informatique
  • Génétique

Champ d’expertise

  • Algorithmique
  • Évolution (Biologie)
  • Famille multigénique
  • Bio-informatique
  • Génomique comparative
  • Optimisation combinatoire
  • Réarrangement de génomes