Sébastien Lemieux
Bio-informatique fonctionnelle et structurale
- Professeur agrégé
-
Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire
Pavillon Marcelle-Coutu, room 3306-9
- Professeur accrédité
-
Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle
Profile
Research expertise
Au cours des dernières décennies, la biologie moléculaire a connu une augmentation constante de la quantité d’observations qui peuvent être faites en une seule expérience. Aujourd’hui, des génomes humains complets sont séquencés en quelques jours sur un seul appareil, une situation qui a été comparé à un tsunami de données sur la communauté scientifique. Cette évolution technologique passionnante a créé une barrière fortuite: la conversion des données brutes en connaissances n’est plus une tâche à la portée d’un chercheur humain. La bio-informatique est le domaine qui s’est développé pour combler cette lacune, créant essentiellement des « instruments » virtuels qui condensent des données brutes en formes résumées, qui se prêtent davantage à la découverte de connaissances.
education
- 2002 — Informatique (Ph.D.) — Informatique, Bio-informatique — Université de Montréal
- 1999 — Informatique (M.Sc.) — Informatique, Bio-informatique — Université de Montréal
- 1998 — Microbiologie (B.Sc.) — Informatique, Microbiologie — Université de Montréal
Affiliations and responsabilities
Research affiliations
Teaching and supervision
Teaching
Courses taught (current session only)
Programs
- 123510 – Baccalauréat en sciences biologiques
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 146811 – Baccalauréat en bio-informatique
- 246513 – Maîtrise en biotechnologie appliquée au milieu industriel
- 248510 – Maîtrise en sciences cliniques
- 279960 – Microprogramme de 2e cycle en analyse des mégadonnées en santé
Student supervision
Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)
Multiomic strategies for the discovery of molecular determinants of atrial fibrillation
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Improving anti-cancer therapies through a better identification and characterization of non-canonical MHC-I associated peptides
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Traitement des données scRNA-seq issues de la technologie Drop-Seq : application à l’étude des réseaux transcriptionnels dans le cancer du sein
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Apprentissage d'atlas cellulaires par la méthode de Factorized embeddings
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Reduced collision fingerprints and pairwise molecular comparisons for explainable property prediction using Deep Learning
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
La génétique humaine pour l'étude de cibles pharmacologiques
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Classification moléculaire des Tumeurs de Wilms par analyse RNA-Seq
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
L’usage des codons régule la présentation des peptides associés aux molécules du CMH-I
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Étude de la relation entre structure, dynamique et fonction de l’ARN par l’ingénierie du ribozyme VS de Neurospora
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Méthodologie pour l’analyse de données de criblage : application à l'étude de la leucémie myéloïde aiguë
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude des signatures géniques dans un contexte d’expériences de RNA- Seq
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Projects
Research projects
Development of reference-free algorithms for low coverage RNA-Seq characterization of cell states
Deciphering metabolic vulnerabilites to improve therapeutic strategies in low survival cancers
FD - Recruitment of SUMO E3 ligases as a new paradigm for transcription factor inactivation
FI - Recruitment of SUMO E3 ligases as a new paradigm for transcription factor inactivation
Enhancing the Drug Discovery Process: Bayesian Inference to evaluate Efficacy Characteristics of potential Drug Through Uncertainty
Precision therapeutic vaccines against lung cancer
Mechanisms controlling estrogen receptor alpha expression and activity in breast tumorigenesis
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia.
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au postdoc entrepreneur Muhammad Sohail
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au postdoc entrepreneur Muhammad Sohail - Soutien a la recherche
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO à la maitrise Thomas MacDougall
Développement de vaccins thérapeutiques contre les leucémies aigues myéloides et lymphoides / Oncopole
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque
Matching MHC 1-associated peptide spectra to sequencing reads using deep neural networks
Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeur IVADO - Fonds de d'opération - Sébastien Lemieux
Deep learning for precision medicine by joint analysis of gene expression profiles measured through RNA-Seq and microarrays
UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE
Expansion of human cord blood hematopoietic stem cells with UM171 in a fed-batch culture system.
Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeure IVADO - Compte pour le fonds de démarrage - Sébastien Lemieux
The canadian National Transplant Research Program : Increasing donation and improving transplantation outcomes
Gene regulatory networks controlling mammary epithelial cell differentiation
CLINICAL APPLICATION OF A NOVEL MOLECULE THAT EXPANDS HUMAN CORD BLOOD STEM CELLS
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY
Development of Tissue-Based Biomarker Panels for Breast Cancer Treatment.
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY
Development of Tissue-Based Biomarkers Panels for Breast Cancer Treatment.
LE PROJET LEUCEGENE : SEQUENCAGE DU TRANSCRIPTOME POUR L'IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MARQUEURS PRONOSTIQUES ET CIBLES THERAPEUTIQUES DANS LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE
GENE INTERDEPENDENCE IN MICROARRAY DATA ANALYSIS
Outreach
Publications and presentations
Publications
- Les publications de Sébastien Lemieux, sont disponibles ici : https://www.iric.ca/recherche/chercheurs-principaux/sebastien-lemieux/?section=publications
Disciplines
- Bioinformatics
- Computer Science
- Molecular Biology
Areas of expertise
- Bioinformatics
- DNA and RNA Chips
- Proteomics
- Leukemia
- Genome
- Computer Databases
- Data mining
- Chromosomes: Structure / Organization