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Health Sciences; Medical Sciences

Pierre Thibault

Protéomique et spectrométrie bioanalytique

Professeur titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département de chimie

Pavillon Marcelle-Coutu, room 2306-17

514 343-6910

pierre.thibault@umontreal.ca

Professeur accrédité

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

pierre.thibault@umontreal.ca

Profile

Research expertise

Our research program focuses on the development and application of proteomics and bioanalytical mass spectrometry to the identification of trace-level proteins in complex cell extracts. Our research efforts bring a multidisciplinary team approach using methods and techniques from bioanalytical chemistry, protein chemistry, biochemistry and cellbiology.

More specifically, our research interests span from the development of cell fractionation methods and protein enrichment techniques for phospho- and glycoproteins to the coupling of multidimensional capillary liquid chromatography to mass spectrometry and its application to the identification of post-translational modifications (sites and stoechiometry). We are also developing chemometric and bioinformatics tools for data mining of peptides in complex protein digests. These different tools are used in proteomics research programs to gain further insights to complex cell biology paradigms such as organelle biogenesis (phagosome and endosome), cell signalling in cancer, and the identification of peptides presented by the major histocompatibility complexproteins.

Biography

Pierre Thibault dirige l’unité de recherche en protéomique et spectrométrie de masse bioanalytique de l’IRIC et est professeur titulaire au Département de chimie de l’Université de Montréal.

Au cours de sa carrière, il a mis à profit son expertise en chimie bionalytique, en spectrométrie de masse et en protéomique pour nombre de projets de recherche multidisciplinaires, tout en repoussant les limites des technologies de ces domaines. Il collabore notamment avec plusieurs équipes de recherche de l’Institut, dont celles du Dr Claude Perreault et de Sébastien Lemieux, avec qui il a conçu une plateforme de découverte d’antigènes. Les travaux de son laboratoire ont également permis de développer des outils offrant une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans l’immunité et la signalisation dans les cellules cancéreuses.

Il a débuté sa carrière au sein du Conseil national de recherches du Canada (CNRC) en tant que chercheur en chimie des protéines. Il y a entre autres mené des recherches sur la purification et la caractérisation des molécules provenant d’organismes marins.

En 2001, il est devenu directeur chez Caprion Pharmaceuticals, où il a travaillé à la conception d’une plateforme d’analyse des protéines et perfectionné les approches de protéomique quantitative pour l’identification et le profilage des protéines en faible concentration à la surface des cellules cancéreuses.

Il a ensuite joint l’Université de Montréal comme professeur titulaire et mis en place un programme de recherche sur le développement analytique en spectrométrie de masse et en protéomique.

Awards and recognitions

  • 1988 : NRC President’s award for helping to solve a major national problem, following the seafood poisoning crisis of 1987.
  • 1996 : NRC President’s outstanding award for analytical developments in biological mass spectrometry
  • 2012 : Prix Maxxam en chimie analytique
  • 2017 : Tony Pawson's award from the Canadian National Proteomic Network For his seminal contributions to mass spectrometry and proteomics
  • 2018 - Prix Acfas Urgel-Archambault

Affiliations and responsabilities

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2019

Time-Resolved Phosphoproteomics Unravel the Dynamics of Intracellular Signaling

Graduate : Kubiniok, Peter
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2018

Study of a novel evolutionarily conserved pattern of histone acetylation

Graduate : Rajan, Roshan Elizabeth
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2017

Dveloppement de nouvelles mthodes d'identification des sites de SUMOylation par protéomique

Graduate : Lamoliatte, Frederic
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2016

Quantitative proteomics methods for the analysis of histone post-translational modifications

Graduate : Abshiru, Nebiyu
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2011

Genèse de l’immunopeptidome du CMH de classe I

Graduate : Caron, Etienne
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2011

Large scale identification of protein SUMOylation by mass spectrometry in HEK293 cells

Graduate : Mahrouche, Louiza
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Other educational activities

  • Professeur associé, Département d’anatomie et biologie cellulaire, Université McGill

Projects

Research projects

2019 - 2028

Architecture and chemical modulation of genetic networks

Lead researcher : Michael David Tyers
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(FDN) Subvention Fondation
2018 - 2027

RAS-MAPK signal transduction in normal and cancer cells

Lead researcher : Marc Therrien
Co-researchers : Sylvain Meloche , Pierre Thibault , Matthew James Smith , Anne Marinier , Frank Sicheri , John Rubinstein
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(FDN) Subvention Fondation
2018 - 2024

New proteomic methods to understand the regulation of ubiquitinlike modifiers in human diseases

Lead researcher : Pierre Thibault
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2018 - 2024

High resolution profiling of phosphoproteome dynamics in normal and mutant cells defective in mitotic kinase activity

Lead researcher : Damien D'Amours
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2018 - 2024

Precision therapeutic vaccines against lung cancer

Lead researcher : Claude Perreault
Co-researchers : Pierre Thibault , Denis-Claude Roy , Sébastien Lemieux
Funding sources: IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs: PVXXXXX-Subventions pour un impact
2016 - 2024

High resolution profiling of phosphoproteome dynamics in normal and mutant cells defective in mitotic kinase activity

Lead researcher : Damien D'Amours
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2018 - 2023

Characterization of endothelial cell death biomarkers for better prediction and prevention of renal fibrosis triggered by acute kidney injury

Co-researchers : Pierre Thibault , Antony Jevnikar , Zhuxu Zhang
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2017 - 2022

Centre for Advanced Proteomic and Chemogenomic Analyses (CAPCA)

Lead researcher : Pierre Thibault
Co-researchers : Michael David Tyers
Funding sources: Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2019 - 2021

Bioluminescence resonance energy transfer detection system for the monitoring of proteinprotein interactions, posttranslational modifications and cell signalling.

Lead researcher : Michel Bouvier
Co-researchers : Pierre Thibault , Philippe P. Roux , Étienne Gagnon
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)
2018 - 2021

Développement de vaccins thérapeutiques contre les leucémies aigues myéloides et lymphoides / Oncopole

Lead researcher : Claude Perreault
Funding sources: CQDM/Consortium québécois sur la découverte du médicament , FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: , PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018 - 2021

Matching MHC 1-associated peptide spectra to sequencing reads using deep neural networks

Lead researcher : Pierre Thibault
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements , Génome Québec
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche ,
2016 - 2021

Systems biology of cell size homeostasis

Lead researcher : Michael David Tyers
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2016 - 2021

The molecular heritage of vascular injury: Roles in rejection and renal failure

Lead researcher : Marie-Josée Hébert
Co-researchers : Pierre Thibault , François Madore , Héloïse Cardinal
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2016 - 2021

The molecular heritage of vascular injury: Roles in rejection and renal failure

Co-researchers : Pierre Thibault , Marie-Josée Hébert , François Madore , Héloïse Cardinal
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2019 - 2020

Uncovering Tumor Specific Antigens in ETP Acute Lymphoblastic Leukemia

Lead researcher : Trang Hoang
Co-researchers : Pierre Thibault , Claude Perreault
Funding sources: LLS Canada/Leukemia and Lymphoma Society of Canada (The)
Grant programs: PVXX1862-Subvention de fonctionnement
2016 - 2020

Bridging the ProteoGenomics Gap for Personalized Medicine Using Transformative Mass Spectrometry Technologies

Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: Génome Québec , Génome Canada
Grant programs: , PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2014 - 2020

STRUCTURE DYNAMICS AND CONTINGENCY IN SIGNALING REGULATORY NETWORKS

Lead researcher : Stephen Michnick
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2014 - 2020

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE CONTRIBUTION OF AUTOPHAGY TO ANTIGEN PRESENTATION USING AN ITERATIVE PROTEOMICS APPROACH

Lead researcher : Michel Desjardins
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2013 - 2020

MECHANISMS OF STABLE GENE REPRESSION BY THE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA PROTEIN PML

Lead researcher : Gerardo Ferbeyre
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2015 - 2019

UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE

Lead researcher : Guy Sauvageau
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'innovation
2013 - 2019

NEW TECHNOLOGIES TO UNDERSTAND THE INTERPLAY OF PROTEIN MODIFICATIONS IN HUMAN DISEASES

Lead researcher : Pierre Thibault
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2013 - 2019

ANTIGEN-SPECIFIC ADOPTIVE T CELL IMMUNOTHERAPY OF LEUKEMIA

Lead researcher : Claude Perreault
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
2016 - 2018

Regulation of tumor supressor and E3 ligase FBW7 by the hormone-bound vitamin D receptor

Lead researcher : John H White
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: SRC/Société de recherche sur le cancer
Grant programs:
2016 - 2018

The canadian National Transplant Research Program : Increasing donation and improving transplantation outcomes

Lead researcher : Lori J. West
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation
2014 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM

Co-researchers : Pierre Thibault , Sébastien Lemieux , Claude Perreault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2014 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM

Co-researchers : Pierre Thibault , Sébastien Lemieux , Claude Perreault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2013 - 2018

THE CANADIAN NATIONAL TRANSPLANTATION RESEARCH PROGRAM (CNTRP) ; INCREASING DONATION AND IMPROVING TRANSPLANTATION OUTCOMES - PROJECT 3

Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation
2013 - 2018

THE CANADIAN NATIONAL TRANSPLANTATION RESEARCH PROGRAM (CNTRP) : INCREASING DONATION AND IMPROVING TRANSPLANTATION OUTCOMES - PROJECT 3

Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Programme de partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation
2011 - 2018

PROTEOMICS AND BIOANALYTICAL MASS SPECTROMETRY

Lead researcher : Pierre Thibault
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada
2015 - 2017

Center for Advanced Proteomics Analyses (CAPA)

Lead researcher : Pierre Thibault
Co-researchers : Michael David Tyers
Funding sources: Génome Canada
Grant programs:
2013 - 2017

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY

Lead researcher : Pierre Thibault
Co-researchers : Claude Perreault , Sébastien Lemieux
Funding sources: Génome Québec , Génome Québec
Grant programs: ,
2013 - 2017

DISCOVERY OF IMMUNODOMINANT MINOR HISTOCOMPATIBILI TY ANTIGENS (MIRA) IN HUMAN

Lead researcher : Claude Perreault
Co-researchers : Pierre Thibault , Jean-Sébastien Delisle , Denis-Claude Roy
Funding sources: AmorChem
Grant programs:
2013 - 2016

PROHITS NEXT GENERATION : A FLEXIBLE SYSTEM FOR TRACKING ANALYZING AND REPORTING

Lead researcher : Michael David Tyers
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2013 - 2016

PROHITS NEXT GENERATION : A FLEXIBLE SYSTEM FOR TRACKING ANALYZING AND REPORTING FUNCTIONNAL PROTEOMICS DATA

Lead researcher : Anne-Claude Gingras
Co-researchers : Pierre Thibault , Michael David Tyers
Funding sources: Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: ,
2013 - 2015

PROHITS NEXT GENERATION : A FLEXIBLE SYSTEM FOR TRACKING ANALYZING AND REPORTING

Lead researcher : Michael David Tyers
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2011 - 2015

RESEAU POUR LES ETUDES THERAPEUTIQUES ET GENETIQUES DES CELLULES SOUCHES-STEMNET / NOVEL STRATEGIES TO EXPAND HUMAN HEMATOPOIETIC STEM CELL POPULATIONS FOR CLINICAL USE

Lead researcher : Guy Sauvageau
Funding sources: Secrétariat Inter-Conseil et Réseaux des centres d'excellence (RCE)
Grant programs: PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence
2010 - 2015

LIPOLYSIS : BIOCHEMICAL GENETICS, PHYSIOLOGY AND MOLECULAR CIRCUITRY

Lead researcher : Grant Mitchell
Co-researchers : Pierre Thibault , Alexei Pchejetski , Marie-Hélène Roy-Gagnon
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2009 - 2015

STRUCTURE, DYNAMICS AND CONTINGENCY IN SIGNALING REGULATORY NETWORKS

Lead researcher : Stephen Michnick
Co-researchers : Pierre Thibault , Susan Meakin
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2008 - 2015

THE PHAGOSOME PROTEOME AND SYSTEMS BIOLOGY : INSIGHTS INTO NOVEL PHAGOSOME FUNCTIONS

Lead researcher : Michel Desjardins
Co-researchers : Pierre Thibault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2013

THOUSAND PROTEIN MULTIPLEXED MASS SPECTROMETRY ASSAY FOR BIOMARKER DISCOVERY (RENEWAL)

Lead researcher : Pierre Thibault
Funding sources: Innovation, Sciences et Développement économique Canada , FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: , PVXXXXXX-Stage Accélération Quebec FRQ-NT et MITACS
2010 - 2013

CREATION D'UN GROUPE D'ETUDE VISANT A MIEUX COMPRENDRE LA MALADIE DU GREFFON CONTRE L'HOTE CHRONIQUE (GVHC) ET DEVELOPPER DES BIOMARQUEURS POUR L'IDENTIFICATION PRECOCE DE LA MALADIE

Lead researcher : Jean Roy
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Recherches en médecine transfusionnelle, greffe et biovigilance
2010 - 2013

ANTIGENES MINEURS D'HISTOCOMPATIBILITE IMMUNODOMINANTS - CIBLES DE L'IMMUNOTHERAPIE DU CANCER

Lead researcher : Claude Perreault
Co-researchers : Pierre Thibault , Denis-Claude Roy
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'innovation Pfizer-FRSQ
2010 - 2012

CONTROL OF NEWLY SYNTHESIZED HISTONE DEACETYLATION AND ITS IMPLICATIONS FOR THE CLINICAL USE OF HDAC INHIBITORS

Lead researcher : Pierre Thibault
2008 - 2012

CHEMI-ENZYMATIC AND DATA MINING APPROACHES FOR THE IDENTIFICATION OF POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS

Lead researcher : Pierre Thibault
2011

PROTEOMICS; FROM PROTEIN STRUCTURES TO CLINICAL APPLICATIONS

Lead researcher : Pierre Thibault

Outreach

Publications and presentations

Publications

  • J. Saba, E. Bonneil, C. Pomies, K. Eng, P.Thibault, “Enhanced Sensitivity in Proteomics Experiments Using FAIMS Coupled to a Hybrid Linear Ion Trap/Orbitrap Mass Spectrometer”, J. Proteome Res., 8, 3355–3366 (2009)
  • P. Drogaris, Y. Le Blanc, J. Fitzgerald, N. Lowndes, A. Verreault, P. Thibault, “Enhanced protein detection using a novel trapping mode on a hybrid quadrupole-linear ion trap Q-Trap)”, Anal. Chem., 81, 6300-6309 (2009)
  • M. Boutin, C. Berthelette, F. G. Gervais, M.-B. Scholand, J. Hoidal, M. F. Leppert, K. P. Bateman, P. Thibault, “High Sensitivity NanoLC-MS/MS Analysis of Urinary Desmosine and Isodesmosine”, Anal. Chem, 81, 1881-1887 (2009)
  • M. Trost, L. English, M. Courcelles, M. Desjardins, P. Thibault, “Deciphering the Phagosomal Proteome in Interferon-g Activated Macrophages”, Immunity, 30, 143-154 (2009)
  • Bendall S.C., Hughes C., Campbell J.L., Stewart MH, Pittock P., Liu S., Bonneil E., Thibault P., Bhatia M., Lajoie G.A., “An enhanced mass spectrometry approach reveals human embryonic stem cell growth factors in culture”, Mol. Cell. Proteomics, 8, 421-432 (2009)
  • M. Gharib, M. Marcantonio, S.G. Lehmann, M. Courcelles, S. Meloche, A. Verreault, P. Thibault, “Artifactual O-sulfation of silver-stained proteins: Implications for the assignment of phosphorylation and sulfation sites”, Mol. Cell. Proteomics, 8, 506-518 (2009)
  • P. Drogaris, H. Wurtele, H. Masumoto, A. Verreault, P. Thibault, “Comprehensive profiling of histone modifications using a label-free approach and its applications in determining structure-function relationships”, Anal. Chem, 80, 6698-6707 (2008)
  • A. Carrière, M. Cargnello, L.-A. Julien, H. Gao, E. Bonneil, P. Thibault, P. P. Roux, “Oncogenic MAPK Signaling Regulates mTORC1 Assembly by Promoting Raptor Phosphorylation via ERK and RSK”, Current Biol, 18, 1269-1277 (2008)
  • Y. Tang, M. A Holbert, H. Wurtele, K. Meeth, W. Rocha, M. Gharib, E. Jiang, P. Thibault, A.Verreault, P. A Cole, R. Marmorstein, “Fungal Rtt109 histone acetyltransferase is an unexpected structural homolog of metazoan p300/CBP”, Nature Struct. Mol. Biol., 15, 738-745 (2008)
  • M. Marcantonio, M. Trost, M. Courcelles, M. Desjardins, P. Thibault, “Combined enzymatic and data mining approaches for comprehensive phosphoproteome analyses; application to cell signaling events of interferon-γ stimulated macrophages”, Mol Cell Proteomics, 7, 645-660 (2008)
  • M.-H. Fortier, E. Caron, M.-P. Hardy, G. Voisin, S. Lemieux, C. Perreault, P. Thibault, “The MHC I immunopeptidome is moulded by the transcriptome”, J. Exp. Med., 205, 595-610 (2008)
  • C.A. Smith, K.M. Lau, Z. Rahmani, S. E. Dho, G. Brothers, Y. Min She, D. M. Berry, E. Bonneil, P. Thibault, F. Schweisguth, R. Le Borgne, C.J. McGlade, “aPKC-mediated phosphorylation regulates asymmetric membrane localization of the cell fate determinant Numb”, EMBO J., 26, 468-480 (2007)

Disciplines

  • Chemistry
  • Biochemistry

Areas of expertise

  • Bioanalytical chemistry
  • Mass spectrometry
  • Proteins
  • Protein modifications
  • Cell signalling
  • Analytical chemistry