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Natural Sciences and Engineering; Health Sciences

Sébastien Lemieux

Bio-informatique

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

Professeur sous octroi agrégé

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Pavillon Jean Coutu, room 3306-9

s.lemieux@umontreal.ca

Secondary number: 514 343-6111 #0635 (Travail 1)

Profile

Research expertise

Au cours des dernières décennies, la biologie moléculaire a connu une augmentation constante de la quantité d’observations qui peuvent être faites en une seule expérience. Aujourd’hui, des génomes humains complets sont séquencés en quelques jours sur un seul appareil, une situation qui a été comparé à un tsunami de données sur la communauté scientifique. Cette évolution technologique passionnante a créé une barrière fortuite: la conversion des données brutes en connaissances n’est plus une tâche à la portée d’un chercheur humain. La bio-informatique est le domaine qui s’est développé pour combler cette lacune, créant essentiellement des « instruments » virtuels qui condensent des données brutes en formes résumées, qui se prêtent davantage à la découverte de connaissances.

education

  • 2002 — Informatique (Ph.D.) — Informatique, Bio-informatiqueUniversité de Montréal
  • 1999 — Informatique (M.Sc.) — Informatique, Bio-informatiqueUniversité de Montréal
  • 1998 — Microbiologie (B.Sc.) — Informatique, MicrobiologieUniversité de Montréal

Affiliations and responsabilities

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2019

L’usage des codons régule la présentation des peptides associés aux molécules du CMH-I

Graduate : Daouda, Tariq
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2018

Étude des signatures géniques dans un contexte d’expériences de RNA- Seq

Graduate : Trofimov, Assya
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2015

A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting

Graduate : Boisvert, Jacques
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2010

Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique

Graduate : Voisin, Gregory
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2009

Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

Graduate : Scott-Boyer, Marie Pier
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Projects

Research projects

2018 - 2024

Precision therapeutic vaccines against lung cancer

Lead researcher : Claude Perreault
Co-researchers : Pierre Thibault , Denis-Claude Roy , Sébastien Lemieux
Funding sources: IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs: PVXXXXX-Subventions pour un impact
2019 - 2023

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia

Lead researcher : Guy Sauvageau
Co-researchers : Anne Marinier , Sébastien Lemieux , Philippe P. Roux
Funding sources: BMS/Bristol-Myers Squibb
Grant programs:
2017 - 2023

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia.

Lead researcher : Guy Sauvageau , Frédéric Barabé
Funding sources: Génome Québec , Génome Canada , BMS/Bristol-Myers Squibb
Grant programs: , PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. ,
2017 - 2023

Mechanisms controlling estrogen receptor alpha expression and activity in breast tumorigenesis

Lead researcher : Sylvie Mader
Co-researchers : Sébastien Lemieux
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
2019 - 2022

Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO à la maitrise Thomas MacDougall

Lead researcher : Sébastien Lemieux
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
2018 - 2022

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia

Lead researcher : Josée Hébert , Guy Sauvageau
Co-researchers : Frédéric Barabé , Sébastien Lemieux , Anne Marinier , Philippe P. Roux , Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
Funding sources: Génome Canada , Génome Québec
Grant programs: ,
2018 - 2021

Développement de vaccins thérapeutiques contre les leucémies aigues myéloides et lymphoides / Oncopole

Lead researcher : Claude Perreault
Co-researchers : Pierre Thibault , Jean-Sébastien Delisle , Sébastien Lemieux , Michel Tremblay , Xavier Roucou , HMR Transfert
Funding sources: CQDM/Consortium québécois sur la découverte du médicament , FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: , PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018 - 2021

Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque

Lead researcher : Brian Wilhelm
Funding sources: IRICoR
Grant programs: PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence
2018 - 2021

Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque

Lead researcher : Brian Wilhelm
Funding sources: FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs: PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
2018 - 2020

Deep learning for precision medicine by joint analysis of gene expression profiles measured through RNA-Seq and microarrays

Lead researcher : Sébastien Lemieux
Co-researchers : Yoshua Bengio , Guy Sauvageau
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements , Génome Québec
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche ,
2018 - 2020

Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeur IVADO - Fonds de d'opération - Sébastien Lemieux

Lead researcher : Sébastien Lemieux
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
2018 - 2020

Matching MHC 1-associated peptide spectra to sequencing reads using deep neural networks

Lead researcher : Pierre Thibault
Co-researchers : Sébastien Lemieux , Claude Perreault , Yoshua Bengio
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements , Génome Québec
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche ,
2015 - 2020

Expansion of human cord blood hematopoietic stem cells with UM171 in a fed-batch culture system.

Lead researcher : Sandra Cohen
Funding sources: IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
2018 - 2019

Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeure IVADO - Compte pour le fonds de démarrage - Sébastien Lemieux

Lead researcher : Sébastien Lemieux
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
2015 - 2019

UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE

Lead researcher : Guy Sauvageau
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'innovation
2016 - 2018

The canadian National Transplant Research Program : Increasing donation and improving transplantation outcomes

Lead researcher : Lori J. West
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation
2015 - 2018

CLINICAL APPLICATION OF A NOVEL MOLECULE THAT EXPANDS HUMAN CORD BLOOD STEM CELLS

Lead researcher : Jean Roy
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques
2015 - 2018

Gene regulatory networks controlling mammary epithelial cell differentiation

Lead researcher : Sylvie Mader
Co-researchers : Louis Gaboury , Sébastien Lemieux
Funding sources: IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs: PV132873-Subventions pour l'innovation
2014 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM

Co-researchers : Pierre Thibault , Sébastien Lemieux , Claude Perreault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2014 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM

Co-researchers : Pierre Thibault , Sébastien Lemieux , Claude Perreault
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
2013 - 2018

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY

Co-researchers : Sébastien Lemieux , Pierre Thibault , Claude Perreault
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2016 - 2017

Development of Tissue-Based Biomarker Panels for Breast Cancer Treatment.

Lead researcher : Sylvie Mader
Co-researchers : Sébastien Lemieux
Funding sources: MITACS Inc. , Ministère Économie et Innovation
Grant programs: PVXXXXXX-Stage Accélération Québec - MITACS , PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1B): Soutien à des projets rech. (Mitacs)
2013 - 2017

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY

Lead researcher : Pierre Thibault
Co-researchers : Claude Perreault , Sébastien Lemieux
Funding sources: Génome Québec , Génome Québec
Grant programs: ,
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Lead researcher : Guy Sauvageau
Funding sources: Génome Québec
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Lead researcher : Guy Sauvageau
Funding sources: Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
2013 - 2017

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA

Lead researcher : Josée Hébert , Guy Sauvageau
Funding sources: Génome Canada , Génome Québec
Grant programs: ,
2016

Development of Tissue-Based Biomarkers Panels for Breast Cancer Treatment.

Lead researcher : Sylvie Mader
Co-researchers : Sébastien Lemieux
2010 - 2013

LE PROJET LEUCEGENE : SEQUENCAGE DU TRANSCRIPTOME POUR L'IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MARQUEURS PRONOSTIQUES ET CIBLES THERAPEUTIQUES DANS LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE

Lead researcher : Guy Sauvageau
Co-researchers : Michel Bouvier , Brian Wilhelm , Sébastien Lemieux , Josée Hébert , Frédéric Barabé , Denise Avard
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:
2008 - 2012

GENE INTERDEPENDENCE IN MICROARRAY DATA ANALYSIS

Lead researcher : Sébastien Lemieux

Outreach

Publications and presentations

Publications

Disciplines

  • Bioinformatics
  • Computer Science
  • Molecular Biology

Areas of expertise

  • Bioinformatics
  • DNA and RNA Chips
  • Proteomics
  • Leukemia
  • Genome
  • Computer Databases
  • Data mining
  • Chromosomes: Structure / Organization