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Natural Sciences and Engineering; Life Sciences

Sylvie Hamel

Mathematics and computer science

Directrice de département

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

Professeure titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

André-Aisenstadt, room 3161

514 343-6111 #3504

sylvie.hamel@umontreal.ca

Secondary email: hamelsyl@iro.umontreal.ca (Travail)

Media

Portraits de profs : Sylvie Hamel

Capsule vidéo produite par la Fédération québécoise des professeures et professeurs d'université (FQPPU) dans le cadre de sa campagne de valorisation "Portraits de profs".

Profile

Research expertise

Mes travaux de recherche se situent à l'interface entre l'informatique et les mathématiques avec des applications en biologie moléculaire. Plus particulièrement, je m'intéresse aux problèmes algorithmiques liés à l'analyse des données provenant du séquençage. Je m'intéresse plus particulièrement à la recherche efficace de mots et de motifs, au réarrangement de génomes et, plus récemment, au repliement de protéines en milieu aqueux. J'ai aussi des intérêts de recherche en informatique théorique, en combinatoire algébrique et en combinatoire des mots.

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Affiliations and responsabilities

Research affiliations

Teaching and supervision

Student supervision

Theses and dissertation supervision (Papyrus Institutional Repository)

2019

Étude combinatoire et algorithmique de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau

Graduate : Desharnais, Charles
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2016

Étude de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau

Graduate : Milosz, Robin
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2014

Analysing artefacts dependencies to evolving software systems

Graduate : Jaafar, Fehmi
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2013

Evaluating Design Decay during Software Evolution

Graduate : Hassaine, Salima
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2011

Modeling protein evolution using secondary structures

Graduate : Mohaddes, Zia
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2010

Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Graduate : Doyon, Jean-Philippe
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
2007

Helix Explorer : une nouvelle base de données de structures de protéines

Graduate : Tikah Marrakchi, Mohamed
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2007

De nouveaux algorithmes de tri par transpositions

Graduate : Benoît-Gagné, Maxime
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2006

Algorithme de comparaison de structures secondaires d'ARN

Graduate : Guignon, Valentin
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
2006

Application d'algorithmes de bio-informatique à la recherche de patrons de conception

Graduate : Kaczor, Olivier
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Projects

Research projects

2022 - 2029

Centre de recherches mathématiques (CRM)

Lead researcher : Octavian Cornea
Co-researchers : Luc Vinet , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Gena Hahn , Marlène Frigon , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Guillaume Lajoie , Margarida Carvalho , Florian Maire , Guy Wolf , Benjamin Seamone , Egor Shelukhin , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Alain Vinet , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Alejandro Murua , Frédéric Dupont-Dupuis , Paul M Gauthier , Maciej Augustyniak , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Mylène Bédard , Christian Léger , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Jun Li , Nadia El-Mabrouk , William Witczak-Krempa , Andrew Granville , Dana Schlomiuk , Iosif Polterovich , Hugo Chapdelaine , Matilde Lalin , Benoît Mâsse , Dimitrios Koukoulopoulos , Morgan Craig , Line Baribeau , Hélène Cossette , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Étienne Marceau , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Alexandre Bureau , José Manuel Urquiza , Michael Lau , Jean-Philippe Lessard , Anne-Sophie Charest , Alexandre Girouard , Khader Khadraoui , Antonio Lei , Pengfei Guan , Xiaowen Chang , Prakash Panangaden , R Platt , Michael C. Mackey , John A Toth , Henri Darmon , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Masoud Asgharian-Dastenael , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Frederic Guichard , Russell Steele , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Erica Moodie , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , David Stephens , Rustum Choksi , Abbas Khalili Mahmoudabadi , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Paul François , Hamed Hatami , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Simon Gravel , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , Vladimir Makarenkov , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Yogendra Chaubey , Chantal David , José Garrido , Pawel Gora , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Xiaowen Zhou , Marco Bertola , Arusharka Sen , Alexei Kokotov , Wei Sun , Cody Hyndman , Alina Stancu , Patrice Gaillardetz , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , Taoufik Bouezmani , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , Sorana Froda , Christophe Reutenauer , Roger Villemaire , Jean-François Renaud , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Fabrice Larribe , Christophe Hohlweg , Abdoulaye Banire Diallo , Mathieu Boudreault , Geneviève Lefebvre , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Arthur Charpentier , Frédéric Rochon , Mathieu Pigeon , Bruno L. Rémillard , Alexandre Blondin-Massé , Benoit Larose , Thomas Brüstle , Richard Fournier , Linan Chen , Clement Hyvrier , Piotr Przytycki , Alfred Michel Grundland , Denis Talbot , Habib Benali , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Ting-Huei Chen , Aurélie Labbe , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot , Laurent Charlin , Janosch Ortmann , Sarah Harrison , Tim Hoheisel , Jean Deteix , Jessica Lin , Michael Lipnowski , Giovanni Rosso , Thomas Hugh , Jean-Philippe Burelle , Julien Keller , Félix Camirand Lemyre , Marie-Pier Côté , Damir Kinzebulatov , Duncan McCoy , Klaus Herrmann , Felix Kwok , Courtney Paquette , Anush Tserunyan , Suresh Krishna , Valentino Tosatti , Patrick Brodie Allen , Jérôme Vétois
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2021 - 2023

FGR CRSNG en lien avec RN000686

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-FGR - Subvention de recherche institutionnelle
2016 - 2023

Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics.

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015 - 2023

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)

Lead researcher : Luc Vinet , Octavian Cornea
Co-researchers : Pavel Winternitz , Alfred Michel Grundland , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Marlène Frigon , Karim Jerbi , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Alain Vinet , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Louis-Pierre Arguin , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Matilde Lalin , Dimitrios Koukoulopoulos , Maciej Augustyniak , Jun Li , William Witczak-Krempa , Mireille Schnitzer , Alexander Fribergh , Benjamin Seamone , Alejandro Murua , Laurent Charlin , Hélène Cossette , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Étienne Marceau , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Alexandre Bureau , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Khader Khadraoui , Antonio Lei , Pengfei Guan , Xiaowen Chang , Prakash Panangaden , Michael C. Mackey , John A Toth , Henri Darmon , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Frederic Guichard , Russell Steele , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Erica Moodie , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , David Stephens , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Johannes Walcher , Paul François , Hamed Hatami , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , André Fortin , André Garon , Dominique Pelletier , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Pawel Gora , Richard Hall , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Xiaowen Zhou , Benoit Larose , Marco Bertola , Alexei Kokotov , Wei Sun , Cody Hyndman , Alina Stancu , Patrice Gaillardetz , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , Anne Bergeron , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , Sorana Froda , Christophe Reutenauer , Roger Villemaire , Jean-François Renaud , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Pedro Peres-Neto , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , Geneviève Lefebvre , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Karim Oualkacha , Mark Powell , Bruno L. Rémillard , Alexandre Blondin-Massé , Thomas Brüstle , Richard Fournier , Linan Chen , Clement Hyvrier , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , Denis Talbot , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Aurélie Labbe
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2020 - 2021

Supplément COVID-19 CRSNG_Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics.

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19
2003 - 2017

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
2015 - 2016

Réseau Franco-Québécois de recherche sur l'ARN

Lead researcher : Sylvie Hamel
Co-researchers : Jérôme Waldispuhl
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(FQ) Dévelop. de partenariats stratégiques en matière d'enseignement et de recherche (CFQCU)
2008 - 2016

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM)

Lead researcher : Luc Vinet
Co-researchers : Pavel Winternitz , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Gena Hahn , Marlène Frigon , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Jonathan Taylor , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Christian Léger , Jean-François Angers , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Anne Bourlioux , Abraham Broer , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Octavian Cornea , Line Baribeau , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Pengfei Guan , David Avis , Michael C. Mackey , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , Henri Darmon , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Alexei Miasnikov , Erica Moodie , Thomas Wihler , Robert Seiringer , Johannes Walcher , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , André Fortin , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Pawel Gora , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Bruno L. Rémillard , Elisa Shahbazia Ohannessian , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques
2011 - 2015

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS

Lead researcher : Sylvie Hamel

Outreach

Publications and presentations

Disciplines

  • Computer Science
  • Pure Mathematics
  • Molecular Biology
  • Genomics

Areas of expertise

  • Combinatorial analysis
  • Combinatorics on words
  • Comparative genomics
  • Combinatorial geometry
  • Combinatory logic
  • Combinatorial optimization
  • Pattern-matching for biological sequences
  • Combinatorial set theory
  • Combinatorial group theory
  • Combinatorial number theory
  • Combinatorial topology
  • Genome sequencing